Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PDS5B_0012500

Sequence Length

1161 nt

GC Content

0.3798

GUUUAAUGAUAUCCAUGUACCAAUCCGCCUGGAAUGUGUGAAAUUUGCUAGCCAUUGUCUCAUGAACCAUCCUGAUUUAGCAAAAGACUUAACAGAGUAUCUUAAAGUGAGGUCACAUGACCCUGAGGAAGCUAUUAGACAUGAUGUUAUUGUGUCAAUAGUUACAGCUGCUAAAAAGGAUAUUCUUCUGGUCAAUGAUCACUUACUUAAUUUUGUGAGAGAGAGAACAUUAGACAAACGAUGGAGAGUACGCAAAGAAGCCAUGAUGGGACUUGCCCAAAUUUAUAAGAAAUAUGCUUUACAGUCAGCAGCUGGAAAAGAUGCUGCAAAACAGAUAGCAUGGAUCAAAGACAAAUUGCUACAUAUAUAUUAUCAAAAUAGUAUUGAUGAUCGACUACUUGUUGAACGGAUCUUUGCUCAAUACAUGGUUCCUCACAAUUUAGAAACUACAGAACGGAUGAAAUGCUUAUAUUACUUGUAUGCCACACUGGAUUUAAAUGCUGUGAAAGCAUUGAAUGAAAUGUGGAAAUGUCAAAAUCUGCUCCGACAUCAAGUAAAGGAUUUGCUUGACUUGAUUAAGCAACCCAAAACAGAUGCCAGUGUCAAGGCCAUAUUUUCAAAAGUGAUGGUUAUUACAAGAAAUUUACCUGAUCCUGGUAAGGCUCAGGAUUUCAUGAAGAAAUUCACACAGGUGUUAGAAGAUGAUGAGAAAAUAAGAAAGCAGUUAGAAGUACUUGUUAGUCCAACAUGCUCCUGCAAGCAGGCUGAAGGUUGUGUGCGUGAAAUAACUAAGAAGUUGGGCAACCCCAAACAGCCUACAAAUCCUUUCCUGGAAAUGAUCAAGUUUCUCUUGGAGAGGAUAGCACCUGUGCACAUAGAUACCGAAUCUAUCAGUGCUCUUAUUAAACAAGUGAACAAAUCAAUAGAUGGAACAGCAGAUGAUGAAGAUGAGGGUGUUCCAACUGAUCAAGCCAUCAGAGCAGGUCUUGAACUGCUUAAGGUACUCUCAUUUACACAUCCCAUCUCAUUUCAUUCUGCUGAAACAUUUGAAUCAUUACUGGCUUGUCUGAAAAUGGAUGAUGAAAAAGUAGCAGAAGCUGCACUACAAAUUUUCAAAAACACAGGAAGCAAAAUUGAAGAGGAUUUUCCACACAUCAGAUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-285.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -309.49

Frequency: 0.0000

Diversity: 263.44

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((...))(((.((((.((........)).))))(((((((........((((..((((((..(((.(((((((..(((((((....((((....)))).((((..((...((((....)))))).))))(((((((.((((((((...))))))))))))))).....))))))).)))))(((((((..(((((((.((.(((.((((......)))).))).)).)))).))).......)))))))..((......)).....((((.....))))..............(((((.........(((((..........))))).........))))))).))).))))))...))))(((..(((((((....)))))))..))).(((((.....)))))..((((((((..(((((...((.(((((..............(((((.....((((.....)))).....)))))..(((((....((((((.((((.....))))))))))....))))).............((((.....(((((((.(((......))).)))))))..))))..(((...((((((((((((....((((((((((....)))).)))))).......(((((...(((((.(((....))).)))))))))).((((....)))).(((((((((.....(((.((.((.((((((...((........)).))))))..)))).)))(((......)))((((((..((((((.........))))))......(((((....))))).))))))....(((((((((.((((((......))))))...))))))))))))))))))((((((((((.....))))))..))))..(((((.....))))).........((((((...(((((((((((((.((((.((((((......(((....(((....((((((........))))))..)))....))).....)))))))))))))..))).)))))))...))))))......)))))))..)))))....)))....(((((((((.((((...))))))).....)))))).......))))).))..))))).))))))))..)))))))...)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((...})(((.((((.((........)).))))(((((((.....{{.((((.{((((((..(((.(((((((..(((((((....((((....)))}.||||.....,.((((....))))},,,,|.(((((((.((((((((...))))))))))))))).}..,))))))).))))|{((((({,,(((((((.((.(((.(({{.....,)))).))).)).)))).)))...,,,,))}})))}.((......}|,,,..((((.....)))).........,,..|{((((......,..(((((..........))))).........))))))}.))}.})))}}.,.)))}|{{..{{(((((,,..}}}}}}),,))),(((((.....)))))..{(((((((..(((({...((.(((((.....,,{.{,.....,,,....,,||,..,,{,{{,,,...,||||.,(((((.,..(((({((((((.....))))))))))....)))))..,{{{{......,,,,..}}}|{(((((,{({...,}})))}}}}}}}},.}}||..({{...((((((((((({,.,.{(((((((({....})))},))))}...,,..(((((...(((((.(((....))).)))))))))).{(({....)))},(((((((((,....{{{.((.{{.{{((((...((........}}.)))))}..)}}).))){|},,,|,..,}|||{((.,((((((.,,.,,....|||||....,}}||,|,.}}),}}.,)))))).,..{((((((((.((((((......))))))...))))))))))))))))))((((((((((.....))))))..))))..,.........,}|||.....,,..,(((((...((((((((((((,{((((.((((((...,,.(((....(((....((((((........))))))..)))....))).,...)))))))))))))..))),}))))))...))))))......}))))))..)))))....}))....{{{{{{,(({(({{..,)))),,}.....}))))}.......))))).))..))))).)))))))}..)))))))...)))