Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PDS5B_0016900

Sequence Length

2049 nt

GC Content

0.3914

AGCAUUGAAUGAAAUGUGGAAAUGUCAAAAUCUGCUCCGACAUCAAGUAAAGGAUUUGCUUGACUUGAUUAAGCAACCCAAAACAGAUGCCAGUGUCAAGGCCAUAUUUUCAAAAGUGAUGGUUAUUACAAGAAAUUUACCUGAUCCUGGUAAGGCUCAGGAUUUCAUGAAGAAAUUCACACAGGUGUUAGAAGAUGAUGAGAAAAUAAGAAAGCAGUUAGAAGUACUUGUUAGUCCAACAUGCUCCUGCAAGCAGGCUGAAGGUUGUGUGCGUGAAAUAACUAAGAAGUUGGGCAACCCCAAACAGCCUACAAAUCCUUUCCUGGAAAUGAUCAAGUUUCUCUUGGAGAGGAUAGCACCUGUGCACAUAGAUACCGAAUCUAUCAGUGCUCUUAUUAAACAAGUGAACAAAUCAAUAGAUGGAACAGCAGAUGAUGAAGAUGAGGGUGUUCCAACUGAUCAAGCCAUCAGAGCAGGUCUUGAACUGCUUAAGGUACUCUCAUUUACACAUCCCAUCUCAUUUCAUUCUGCUGAAACAUUUGAAUCAUUACUGGCUUGUCUGAAAAUGGAUGAUGAAAAAGUAGCAGAAGCUGCACUACAAAUUUUCAAAAACACAGGAAGCAAAAUUGAAGAGGAUUUUCCACACAUCAGAUCAGCCUUGCUUCCUGUUUUACAUCACAAAUCUAAAAAAGGACCCCCCCGUCAAGCCAAAUAUGCCAUUCAUUGUAUCCAUGCGAUAUUUUCUAGUAAAGAGACCCAGUUUGCACAGAUAUUUGAGCCUCUGCAUAAGAGCCUAGAUCCAAGCAACCUGGAACAUCUCAUAACACCAUUGGUUACUAUUGGUCAUAUUGCUCUCCUUGCACCUGAUCAAUUUGCUGCUCCUUUGAAAUCUUUGGUAGCUACUUUCAUUGUGAAAGAUCUUCUCAUGAAUGAUCGGCUUCCAGGGAAAAAGACAACUAAACUUUGGGUUCCAGAUGAAGAAGUAUCUCCUGAGACAAUGGUCAAAAUUCAGGCUAUUAAAAUGAUGGUUCGAUGGCUACUUGGAAUGAAAAAUAAUCACAGUAAAUCAGGAACUUCUACCUUAAGAUUGCUAACAACAAUAUUGCAUAGUGAUGGAGACUUGACAGAACAGGGGAAAAUUAGUAAACCAGAUAUGUCACGUCUGAGACUUGCUGCUGGGAGUGCUAUUGUGAAGCUGGCACAAGAACCCUGUUACCAUGAAAUCAUCACAUUAGAACAAUAUCAGCUAUGUGCAUUAGCUAUCAACGAUGAAUGCUAUCAAGUAAGACAAGUGUUUGCCCAGAAACUUCACAAAGGCCUUUCCCGUUUACGGCUUCCACUUGAGUAUAUGGCAAUCUGUGCCCUUUGUGCAAAAGAUCCUGUAAAGGAGAGAAGAGCUCAUGCUAGGCAAUGUUUGGUGAAAAAUAUAAAUGUAAGGCGGGAGUAUCUGAAGCAGCAUGCAGCUGUUAGUGAAAAAUUAUUGUCUCUUCUACCAGAGUAUGUUGUUCCAUAUACAAUUCACCUUUUGGCACAUGACCCAGAUUAUGUCAAAGUACAGGAUAUUGAACAACUUAAAGAUGUUAAAGAAUGUCUUUGGUUUGUUCUGGAAAUAUUAAUGGCUAAAAAUGAAAAUAACAGUCACGCUUUUAUCAGAAAGAUGGUAGAAAAUAUUAAACAAACAAAAGAUGCCCAAGGACCAGAUGAUGCAAAAAUGAAUGAAAAACUGUACACUGUGUGUGAUGUUGCCAUGAAUAUCAUCAUGUCAAAGAGUACUACAUACAGUUUGGAAUCUCCUAAAGACCCGGUACUACCAGCUCGUUUCUUCACUCAACCUGACAAGAAUUUCAGUAACACCAAAAAUUAUCUGCCUCCUGAAAUGAAAUCAUUUUUCACUCCUGGAAAACCUAAAACAACCAAUGUUCUAGGAGCUGUUAACAAGCCACUUUCAUCAGCAGGCAAGCAAUCUCAGACCAAAUCAUCACGAAUGGAAACUGUAAGCAAUGCAAGCAGCAGCUCAAAUCCAAGCUCUCCUGGAAGAAUAAAGGGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-508.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -549.75

Frequency: 0.0000

Diversity: 460.85

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.(((...(((((((((..(((((............)))))((((((((...)))))))).((((((...(((.(........).)))....)))))).))))))))).....(((((....)))))..(((((...(((((.(((....))).)))))))))).((((....))))((..(((((((..(((((.......(((((((..((((...((.(((..((((.....)))))))))))))..(((((.((.(((((((.((.((....(((((....)))))....))..)).))))))).)).(((((((((.((((((......))))))...)))))))))....)))))((((((((((.....))))))..))))))))))).......(((.....)))..(((((...(((((((((((((.((((.((((((......(((....(((....((((((........))))))..)))....))).....)))))))))))))..))).)))))))...)))))(((((((...(((((((.(......(((((((((.(((.(((((....)))))...................(((((((((((..((((.(((((...))).....))...))))..)))))))))))))).)))))....)))).....((......))).)))))))...)))..))))((((((....))))))..(((((.....))))).((((.((((...(((.....((.((((.....)))).))..)))...)))).))))..)))))..)))))))..))......((((((((...(((.......)))..))))))))((((((((.........(((((((.((((..(((((...)))))(((((((....))).)))))))).)))))))..............(((.((((.........((((((...((((((..(((((((((....((.((((((((...)))))))).)))))))).))).......................)))))))))))))))).)))((((((.(((......((.(((.((((((......(((((......((.............)).....))))).((((((((((((((((((((((.(((.((((((((((((.....(((((.((((.........(((((......((......))(((((.......)))))......))))).((((....)))).)))).).))))..))))...)))))))).))))))).(((....))).((((((((..(((((.((((.....))))...)))))..)))((((((((.(((((((((((((((.((((..(((((((((......))))))...)))..)))).)))).)))..((((((.....))))))(((((....))))).)))))))).((((((...(((((.......))))).....)))))).((((((......)))))).....))))))))...((((((.(((((((((((....))))))))))).))))))))))).......(((((...........((((((......((((((((......))))))))..........................((((.((((((((.......(((.((((((((.....((((((((((.(((((.(((((......))))).)))....)).))))))))))..(((...)))....((.(.(((...))).).)))))).)))).)))..((((........))))...........))))))))..))))((((((....))))))...(((((((((..................)))))))))))))))...))))).......))))).)))))...)))))))).....))))))..))).))..))).))))))...))))))))........))))))(((((............)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((.(((..{(((((((((..,((((............))))|((((((({...,)))))))}((((((...(((.{........).)))....)))))).)))))))))}}...((((({{{,.,,,|..(((((...(((((.(((....))).)))))))))).|{{{....}))}|{{,(((((((..{((((.,,.,,.{((({{...((,,...,..||{||||||..|,,},}}|||},,||}..{|{{{,((.{((((((.,{.{{....{{|||....})}||,{..,,},}}.})))))).,..(((((((((.((((((......))))))...))))))))),}}}}))))((((((((((.....))))))..)))),,}}}},.....,}|||.....,},..{((((...((((((((((((,{((((.((((((...,,.(((....(((....((((((........))))))..)))....))).,...)))))))))))))..))),}))))))...))))}||{|{{|,..(((((((.(,.....{((((({((,{{,.(((((,...}))))...................(((((((((((..((((.{{{((...,,,.....))...))))..)))))))))))})}.)))),....}}},.....{{.....,},}.)))))))...}}),,}}})|{{{{{,,..|||}}}||{{{{(.,,..}}}}}.((((.((((...(({.,,,,,(.((((.....))))}}},,)))...)))).))))..}})))..}}}}}}}..,|,,....((((((((...(((.......)))..)))))))).,((((((.{{{,....(((((((.((((..,{(((,,{||||,{,,,|||,}},))),)),,)))).)))))))...,,.........{(({(({{.,,}},...((((((...((((((.,(,,{{(({{....((.((((((({...}))))))).)))))))|,|||..,{........,),.,}},...)))))))))))),,,,.,,,((((((.{{{......{(.(((.((((((|.....(((((.....,({.............)).,...))))).((((((((((((((((((((((.(((.(((((((((((({,...{{((,.((((,,..((,...,,|({{{,.,(..........,|||}}})...{(((..(({....)))..)))}}},.}},.}))}.).})))),))))...)))))))).))),,))}||(,...|||.((((((((..(((((.((((.....))))...)))))..)))((((((((.(((((((((((((((.((((..(((((((((......))))))...)))..)))).)))).)))..{(((((.....)))))|{(({{....})}}}.)))))))).{{{{{({,,(({{{.....,,))}}}....,}|||||.({((((......}))))),,...))))))))...((((((.(((((((((((....))))))))))).))))))})))}.......{((((.....,.....{{{{{{,,....((((((((......)))))))).....................,....((((.((((((((.......{{{.((((((((,,,..{(((((((((.,.(((.(((((......))))).)))....},,)))))))))),|((,...}})....{{.,.(((...})).}.,}}}}},}}}}.}}}..{({{........))))...........))))))))..)))){{,{((,,,.}}}}))}},(((((((({.................,)))))))))))))}}.,.))))}.......)))))}}))))...))))))))....,))))))..))).))..))).)))))).,.))})))))}.......))))))(((((............)))))