Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PDS5B_0017500

Sequence Length

572 nt

GC Content

0.3951

ACAGAUGCCAGUGUCAAGGCCAUAUUUUCAAAAGUGAUGGUUAUUACAAGAAAUUUACCUGAUCCUGGUAAGGCUCAGGAUUUCAUGAAGAAAUUCACACAGGUGUUAGAAGAUGAUGAGAAAAUAAGAAAGCAGUUAGAAGUACUUGUUAGUCCAACAUGCUCCUGCAAGCAGGCUGAAGGUUGUGUGCGUGAAAUAACUAAGAAGUUGGGCAACCCCAAACAGCCUACAAAUCCUUUCCUGGAAAUGAUCAAGUUUCUCUUGGAGAGGAUAGCACCUGUGCACAUAGAUACCGAAUCUAUCAGUGCUCUUAUUAAACAAGUGAACAAAUCAAUAGAUGGAACAGCAGAUGAUGAAGAUGAGGGUGUUCCAACUGAUCAAGCCAUCAGAGCAGGUCUUGAACUGCUUAAGGUACUCUCAUUUACACAUCCCAUCUCAUUUCAUUCUGCUGAAACAUUUGAAUCAUUACUGGCUUGUCUGAAAAUGGAUGAUGAAAAAGUAGCAGAAGCUGCACUACAAAUUUUCAAAAACACAGGAAGCAAAAUUGAAGAGGAUUUUCCACACAUCAGAUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-147.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -159.18

Frequency: 0.0000

Diversity: 99.22

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((((((....((((((((((....)))).)))))).......(((((...(((((.(((....))).)))))))))).((((....)))).(((((((((.....(((.((.((.((((((...((........)).))))))..)))).)))(((......)))((((((..((((((.........))))))......(((((....))))).))))))....(((((((((.((((((......))))))...))))))))))))))))))((((((((((.....))))))..))))..(((((.....))))).........((((((...(((((((((((((.((((.((((((......(((....(((....((((((........))))))..)))....))).....)))))))))))))..))).)))))))...))))))......)))))))..)))))....)((.(((((.....(((((....)))))........(((((((.................)))))))(((...)))...)))))..))

Thermodynamic Ensemble Prediction

,((((((((((((....((((((((({....}))),})))))....,..(((((...(((((.(((....))).)))))))))).{(({....}))},(((((((((,....{{{.((.{{.{{((((...((........}}.)))))}..)}}).))){|},,,|,..,}|||{((.,((((((.,,.,,....|||||....,}}||,|,.}}),}}.,)))))).,..{((((((((.((((((......))))))...))))))))))))))))))((((((((((.....))))))..))))...,........,}|||.....,,,.,{((((...((((((((((((,{((((.((((((...,,.(((....(((....((((((........))))))..)))....))).,...)))))))))))))..))),}))))))...))))))......}))))))..)))))....},({(({((.....(((((....)))))........{(((({{.................}))}}}}{{{...)))...))))}..,,