Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PDS5B_0018200
Sequence Length
954 nt
GC Content
0.3857
AUGGAUCUGAGAUGCUAAAUAUUCCAAGAUGUGUAUGAAAGUAAUGUUAAGACACUGAAGAUAACAGUAAACCUAACUCACUGGUUUUUGGAUUAAGUAAUGGGAAUAUUAGAAUGAGUAGAACUUUAAGACCAAAAUGUUCUUCUGUCCUGGGAAAACUACUUUCCAGUCCCCUGGGUAACUUGCUAAAGCAAGUUGUUUUGUGCUAGUCCUUUUACAAAAAAAUUAAUUUGAUGUUUAGAGGUGAGAUCUUGCUCUUUUGCCCAGGGCUGGAGUGCAGUGGCACAAUCAUAACUCAAAGCUAUCUUGACCUCCUGGGCUCAAGCCAUCCUCCUACCUCAGCCUCCUGAGUAGUUGGGAUUCCAUGCAUGUAUUAACACACCCAGCUAAUUUAAAAAAUAUAUUUUUUAAGAGACUAGGUCUUCCUAUGUUGCCCAGGCUAGUGCUGAACUGCUGGCCUCAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACGGUGCCUGGCCUAUCACCUUUUUAUAGUUUGGCUAUGGAUACUGUCUCCUAAAAGAGAUCAUUCCCUAAGUUCUUUUUUUUUUUUCCCUAUCAGUUUUCUUCCAGUGAGUUCAAUAUUUCCCAGAUUCUGUUUUCAAGGAAUGCUGGUAUCCUGCAGUUGUUAAUAAUAUUGUGAGAAAAAGGGGUUUCAUUGUCAUAUAUGUUUAUAGAAUGCUAAAUUGAAAGAGUUUUCUUUAUCCCUUCUUUUCCCUACCCCCUUUUGCUUUUUUUUUCUGAAAUAAUAGGCCUUAUUGUAGCCUUUAUUAUGAUGCCCAUCCAUUAUGAAGGGGCUGUAAAAUAACACUUUCCAAAAUUAUUUGAAAAAAUACCUUUUCCUGAACACUGUUAAACUCCACUGAACUACUAGUGGUCUUUGGAACACAGAUUGCGAAGUGCUGCACUAGCAGUUUUCCAGCUUGCCCUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-227.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -250.73
Frequency: 0.0000
Diversity: 232.79
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(....)(((((..(((.....((((((..(((((.(.((((((((((((.((((((((.((((.(((((.....((((((((((.....(((((..(((..(((((....((((.(((.(((((((...((.....(((.(((.((....(((((.........(((((..((((((((((((.(((((((((...))))))).)).)))(((((.(((..(((.....)))..)))..))))).(((......)))...))))))))))))))((((....)))).........((((.......)))).......((((((.((((((((.((((.((((....))))))))..)))))........(((....)))..((((((....((((((((....))))))))..(((((((....)))).)))....((((((((........)))))))).....))))))......))).))))))(((((((((((((...................))))).)).)))))).)))))..))))).)))))...))))))).))).)))))))))))).)))))....))))))))))......((((..((........))..))))))))).)))).).))).))))..)))))))).(((.((((((((...((((.(.(((......)))).))))........(((((....)))))..................)))))))).))).(((((((..((((((((((..(((((.((((((((.((((((((......))))))))))))))))...)))))..)))......))))))))))))))..........................((((((......)))))).)))).).)))))..))).)))..(((((....))))).....))).....)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(....)(((((..((......{{{(((..{((((.,,({((((((((((.(((((((.,((({.(((((..,,,((((((((((.....(((,,..,....(((((....((((.{({.(((((((..,({.....,{|.||||,,...{((((({......,}|||||..((((((((((((,(({{,,||||,.,}}}}}}.}}.}},(((((.(((.,{({.....}))..)))..))))).(((......)))...)))))))))},|||(,{({{{{||,,..............}}}}..})),.}}}}.,((((((.((({((((.(((,{((((....))))))))..))))}........{((.....,},.((((((....((((((({....})))))))|.(((((((....)))).))).,..((((((((,......,)))))))).....))))))......))).)))))){((((((((((((...............,...))))).)).)))))|{{{.....,)))}.,,}}}...))))))).})),))},)))))..,.,}}}},,..))))))))))......,{{{..((........}}.,))},))))).}))).}.)))}})))..)))))))|.(((,({((((((,..{{{,.{,,({,{....}))},}}}}.......|{{(((,...,))}},,,,,}}.}}}},.....}}}}}}}|,}||,{{,{,,,.,|||{||,|||..{{{((,((((((((.((((((((......)))))))))))))))),,.,}}}}..}}}||.,,.,,||}}||||||},....,}}},....,....,||,,,..((((((......)))))).,)))}),)}))),.|||.|||{.(((((....))))),}},,})}..},.)))))
Back