Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PDS5B_0018400

Sequence Length

1341 nt

GC Content

0.4034

GAAAUUUACCUGAUCCUGGUAAGGCUCAGGAUUUCAUGAAGAAAUUCACACAGGUGUUAGAAGAUGAUGAGAAAAUAAGAAAGCAGUUAGAAGUACUUGUUAGUCCAACAUGCUCCUGCAAGCAGGCUGAAGGUUGUGUGCGUGAAAUAACUAAGAAGUUGGGCAACCCCAAACAGCCUACAAAUCCUUUCCUGGAAAUGAUCAAGUUUCUCUUGGAGAGGAUAGCACCUGUGCACAUAGAUACCGAAUCUAUCAGUGCUCUUAUUAAACAAGUGAACAAAUCAAUAGAUGGAACAGCAGAUGAUGAAGAUGAGGGUGUUCCAACUGAUCAAGCCAUCAGAGCAGGUCUUGAACUGCUUAAGGUACUCUCAUUUACACAUCCCAUCUCAUUUCAUUCUGCUGAAACAUUUGAAUCAUUACUGGCUUGUCUGAAAAUGGAUGAUGAAAAAGUAGCAGAAGCUGCACUACAAAUUUUCAAAAACACAGGAAGCAAAAUUGAAGAGGAUUUUCCACACAUCAGAUCAGCCUUGCUUCCUGUUUUACAUCACAAAUCUAAAAAAGGACCCCCCCGUCAAGCCAAAUAUGCCAUUCAUUGUAUCCAUGCGAUAUUUUCUAGUAAAGAGACCCAGUUUGCACAGAUAUUUGAGCCUCUGCAUAAGAGCCUAGAUCCAAGCAACCUGGAACAUCUCAUAACACCAUUGGUUACUAUUGGUCAUAUUGCUCUCCUUGCACCUGAUCAAUUUGCUGCUCCUUUGAAAUCUUUGGUAGCUACUUUCAUUGUGAAAGAUCUUCUCAUGAAUGAUCGGCUUCCAGGGAAAAAGACAACUAAACUUUGGGUUCCAGAUGAAGAAGUAUCUCCUGAGACAAUGGUCAAAAUUCAGGCUAUUAAAAUGAUGGUUCGAUGGCUACUUGGAAUGAAAAAUAAUCACAGUAAAUCAGGAACUUCUACCUUAAGAUUGCUAACAACAAUAUUGCAUAGUGAUGGAGACUUGACAGAACAGGGGAAAAUUAGUAAACCAGAUAUGUCACGUCUGAGACUUGCUGCUGGGAGUGCUAUUGUGAAGCUGGCACAAGAACCCUGUUACCAUGAAAUCAUCACAUUAGAACAAUAUCAGCUAUGUGCAUUAGCUAUCAACGAUGAAUGCUAUCAAGUAAGACAAGUGUUUGCCCAGAAACUUCACAAAGGCCUUUCCCGUUUACGGCUUCCACUUGAGUAUAUGGCAAUCUGUGCCCUUUGUGCAAAAGAUCCUGUAAAGGAGAGAAGAGCUCAUGCUAGGCAAUGUUUGGUGAAAAAUAUAAAUGUAAGGCGGGAGUAUCUGAAGCAGCAUGCAGCUGUUAGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-341.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -368.64

Frequency: 0.0000

Diversity: 361.21

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((...(((((.(((....))).)))))))))).((((....)))).(((((((((.....(((.((.((.((((((...((........)).))))))..)))).)))(((......)))((((((..((((((.........))))))......(((((....))))).))))))....(((((((((.((((((......))))))...))))))))))))))))))((((((((((.....))))))..)))).....(((.((((((.(.........((((((...(((((((((((((.((((.((((((......(((....(((....((((((........))))))..)))....))).....)))))))))))))..))).)))))))...)))))).........).)))))).)))...(((((((((.(((.(((((....)))))...................(((((((((((..((((.(((((...))).....))...))))..)))))))))))))).)))))....)))).....(((..(.((((((..((((((((((((....((((((....)))))).............((((.((((.((((...(((.....((.((((.....)))).))..)))...)))).))))....)))).....((((.(((...))).)))).......(((((((((((...((((..(((((.............(((((((.((((..(((((...)))))(((((((....))).)))))))).))))))).............((...((((..(((((..((((((...((((((..(((((((((....((.((((((((...)))))))).)))))))).))).......................))))))))))))..........(((.............)))..(((((((.....((....(((((((..............(((((.......)))))...((((.((((((...(((....)))...))))))))))..)))))))..)).....)))))))...............(((((((((..((((..(((....)))..))))..........((((((...(((...((((..................))))..)))...)))))).))))))))).))))).))))...))))))).)))).))).))))))))...(((....))).))).))))))))).................)))))).)..)))..((((((.....))))))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

((({(...(((((.(((....))).)))))}))}|.{(({....)))}{(((((((((,....{((.((.{{.{{((((...((........}}.)))))}..)}}).))){|},,,|,..,}|||{((.,((((((.,,.,,....|||||....,}}||,|,.}}),}}.,)))))).,..{((((((((.((((((......))))))...))))))))))))))))))|((({(((((.....)))))}..)))|,,,..{{,.((((((.{.........{(((((...((((((((((((,{((((.((((((...,,.(((....(((....((((((........))))))..)))....))).,...)))))))))))))..))),}))))))...)))))).........}.)))))).}}}...{{({(({((,{{,.(((((,,..}))))..,.....,,,,,......(((((((((((..((((.{{{({...,}}.....))...))))..)))))))))))}}}.)))),....}||......|||....{(((((..((((((((((((...,{{{(({,,..||||||,{{,{,{.,,..,||||.((((.((((...(({.,,,{,(.((((.....)))),}},,)))...)))).))))....}}}}.....{(((.,({...,,}.)))}.....,.(((((((({{(...((((..{((((.,...,,,,....(((((((.((((..,{(((,,{||||,{,,,|||.}},))),)),,)))).))))))).,,|}........,{...((((..{{{{{..((((((...((((((.,(,,{{({|{....((.((((((({...}))))))).)))))))|,|||..,{........,),.,}},...)))))))))))).........,{{|,,......||||||}}|,(({|{{{,{{{.((,,,.{{({(((.............||{{.,.,}|||.}}}},.,|{{{{{{{,{|{||||(({.,{|||{,,|||||}}}},..|}}||||..,,,,,..}}}}|}},,,,,.......,..(((({{{|{..((((..(({....)))..)))),,..,,..,}|{{|{|,,,|{|,,},,,|,,,,,,,.||}..,,,}}}}}}.,)))...}})}}).))}}}}))),))))}.))))...))))))).)))).)))}})))))))...(((....))).))),})))))))).............,,..))))))})},,)},.((((((.....)))))).,,}