Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PDS5B_0019200

Sequence Length

666 nt

GC Content

0.4009

CGUGAAAUAACUAAGAAGUUGGGCAACCCCAAACAGCCUACAAAUCCUUUCCUGGAAAUGAUCAAGUUUCUCUUGGAGAGGAUAGCACCUGUGCACAUAGAUACCGAAUCUAUCAGUGCUCUUAUUAAACAAGUGAACAAAUCAAUAGAUGGAACAGCAGAUGAUGAAGAUGAGGGUGUUCCAACUGAUCAAGCCAUCAGAGCAGGUCUUGAACUGCUUAAGGUACUCUCAUUUACACAUCCCAUCUCAUUUCAUUCUGCUGAAACAUUUGAAUCAUUACUGGCUUGUCUGAAAAUGGAUGAUGAAAAAGUAGCAGAAGCUGCACUACAAAUUUUCAAAAACACAGGAAGCAAAAUUGAAGAGGAUUUUCCACACAUCAGAUCAGCCUUGCUUCCUGUUUUACAUCACAAAUCUAAAAAAGGACCCCCCCGUCAAGCCAAAUAUGCCAUUCAUUGUAUCCAUGCGAUAUUUUCUAGUAAAGAGACCCAGUUUGCACAGAUAUUUGAGCCUCUGCAUAAGAGCCUAGAUCCAAGCAACCUGGAACAUCUCAUAACACCAUUGGUUACUAUUGGUCAUAUUGCUCUCCUUGCACCUGAUCAAUUUGCUGCUCCUUUGAAAUCUUUGGUAGCUACUUUCAUUGUGAAAGAUCUUCUCAUGAAUGAUCGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-161.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -177.09

Frequency: 0.0000

Diversity: 134.54

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((..............(((((....)))))((((.(((....((((((((.((((((......))))))...)))))))))))...))))((((((((((.....))))))..))))..........((((.((.((((((((((((((((.(((((((((((((.((((.((((((......(((....(((....((((((........))))))..)))....))).....)))))))))))))..))).)))))))..(((..((((((((...(((((((.(......(((((((((.(((.(((((....)))))...................(((((((((((..((((.(((((...))).....))...))))..)))))))))))))).)))))....)))).....((......))).)))))))...)))..))))).))).)))))..((.....)).......((((.((((.((((...(((.....((.((((.....)))).))..)))...)))).))))....)))).....(((...)))..))))))))....))).))..)))))))(((((((....((((((..............))))))..((((((...))))))...(((....))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((.....,,{..,..,|((((....)))),{(((.{{....(((((((((.((((((......))))))...))))))))),}...)))}((((((((((.....))))))..)))),,,,,.......{{|{{.....{{,.,{((((...((((((((((((,{((((.((((((...,,.(((....(((....((((((........))))))..)))....))).,...)))))))))))))..))),}))))))...))))}||,,,,|...(((((((.(......(((((({((,{{,.(((((....}))))...................(((((((((((..((((.{{{((...,,,.....))...))))..)))))))))))})}.)))),....}}},.....((......},).)))))))..,))){{.,||{{{{{{,,,,||,||},,,,,,,.,,..,(({{.((((.((((...(({.,,,{,(.((((.....)))),)},,)))...)))).))))....}))}...,,,{{...})),,,.{{((((({...{((.......)))..})))))}}..((((((..............))))))..{(((({...}))))},,,,{{....)))}))}}))