Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PDS5B_0019900
Sequence Length
1778 nt
GC Content
0.3920
CGUGAAAUAACUAAGAAGUUGGGCAACCCCAAACAGCCUACAAAUCCUUUCCUGGAAAUGAUCAAGUUUCUCUUGGAGAGGAUAGCACCUGUGCACAUAGAUACCGAAUCUAUCAGUGCUCUUAUUAAACAAGUGAACAAAUCAAUAGAUGGAACAGCAGAUGAUGAAGAUGAGGGUGUUCCAACUGAUCAAGCCAUCAGAGCAGGUCUUGAACUGCUUAAGGUACUCUCAUUUACACAUCCCAUCUCAUUUCAUUCUGCUGAAACAUUUGAAUCAUUACUGGCUUGUCUGAAAAUGGAUGAUGAAAAAGUAGCAGAAGCUGCACUACAAAUUUUCAAAAACACAGGAAGCAAAAUUGAAGAGGAUUUUCCACACAUCAGAUCAGCCUUGCUUCCUGUUUUACAUCACAAAUCUAAAAAAGGACCCCCCCGUCAAGCCAAAUAUGCCAUUCAUUGUAUCCAUGCGAUAUUUUCUAGUAAAGAGACCCAGUUUGCACAGAUAUUUGAGCCUCUGCAUAAGAGCCUAGAUCCAAGCAACCUGGAACAUCUCAUAACACCAUUGGUUACUAUUGGUCAUAUUGCUCUCCUUGCACCUGAUCAAUUUGCUGCUCCUUUGAAAUCUUUGGUAGCUACUUUCAUUGUGAAAGAUCUUCUCAUGAAUGAUCGGCUUCCAGGGAAAAAGACAACUAAACUUUGGGUUCCAGAUGAAGAAGUAUCUCCUGAGACAAUGGUCAAAAUUCAGGCUAUUAAAAUGAUGGUUCGAUGGCUACUUGGAAUGAAAAAUAAUCACAGUAAAUCAGGAACUUCUACCUUAAGAUUGCUAACAACAAUAUUGCAUAGUGAUGGAGACUUGACAGAACAGGGGAAAAUUAGUAAACCAGAUAUGUCACGUCUGAGACUUGCUGCUGGGAGUGCUAUUGUGAAGCUGGCACAAGAACCCUGUUACCAUGAAAUCAUCACAUUAGAACAAUAUCAGCUAUGUGCAUUAGCUAUCAACGAUGAAUGCUAUCAAGUAAGACAAGUGUUUGCCCAGAAACUUCACAAAGGCCUUUCCCGUUUACGGCUUCCACUUGAGUAUAUGGCAAUCUGUGCCCUUUGUGCAAAAGAUCCUGUAAAGGAGAGAAGAGCUCAUGCUAGGCAAUGUUUGGUGAAAAAUAUAAAUGUAAGGCGGGAGUAUCUGAAGCAGCAUGCAGCUGUUAGUGAAAAAUUAUUGUCUCUUCUACCAGAGUAUGUUGUUCCAUAUACAAUUCACCUUUUGGCACAUGACCCAGAUUAUGUCAAAGUACAGGAUAUUGAACAACUUAAAGAUGUUAAAGAAUGUCUUUGGUUUGUUCUGGAAAUAUUAAUGGCUAAAAAUGAAAAUAACAGUCACGCUUUUAUCAGAAAGAUGGUAGAAAAUAUUAAACAAACAAAAGAUGCCCAAGGACCAGAUGAUGCAAAAAUGAAUGAAAAACUGUACACUGUGUGUGAUGUUGCCAUGAAUAUCAUCAUGUCAAAGAGUACUACAUACAGUUUGGAAUCUCCUAAAGACCCGGUACUACCAGCUCGUUUCUUCACUCAACCUGACAAGAAUUUCAGUAACACCAAAAAUUAUCUGCCUCCUGAAAUGAAAUCAUUUUUCACUCCUGGAAAACCUAAAACAACCAAUGUUCUAGGAGCUGUUAACAAGCCACUUUCAUCAGCAGGCAAGCAAUCUCAGACCAAAUCAUCACGAAUGGAAACUGUAAGCAAUGCAAGCAGCAGCUCAAAUCCAAGCUCUCCUGGAAGAAUAAAGGGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-432.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -470.40
Frequency: 0.0000
Diversity: 402.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.((.....((((.(((((((((....)))))((((.(((....((((((((.((((((......))))))...)))))))))))...))))((((((((((.....))))))..))))..(((((.....)))))..........(((((...(((((((((((((.((((.((((((......(((....(((....((((((........))))))..)))....))).....)))))))))))))..))).)))))))...)))))(((((((...(((((((.(......(((((((((.(((.(((((....)))))...................(((((((((((..((((.(((((...))).....))...))))..)))))))))))))).)))))....)))).....((......))).)))))))...)))..))))((((((....))))))..))))))))...((((.((((.((((...(((.....((.((((.....)))).))..)))...)))).))))....)))).....(((...)))....((((((((...(((.......)))..))))))))((((((((.........(((((((.((((..(((((...)))))(((((((....))).)))))))).)))))))..............(((.((((.........((((((...((((((..(((((((((....((.((((((((...)))))))).)))))))).))).......................)))))))))))))))).)))((((((.(((......((.(((.((((((......(((((......((.............)).....))))).((((((((((((((((((((((.(((.((((((((((((.....(((((.((((.........(((((......((......))(((((.......)))))......))))).((((....)))).)))).).))))..))))...)))))))).))))))).(((....))).((((((((..(((((.((((.....))))...)))))..)))((((((((.(((((((((((((((.((((..(((((((((......))))))...)))..)))).)))).)))..((((((.....))))))(((((....))))).)))))))).((((((...(((((.......))))).....)))))).((((((......)))))).....))))))))...((((((.(((((((((((....))))))))))).))))))))))).......(((((...........((((((......((((((((......))))))))..........................((((.((((((((.......(((.((((((((.....((((((((((.(((((.(((((......))))).)))....)).))))))))))..(((...)))....((.(.(((...))).).)))))).)))).)))..((((........))))...........))))))))..))))((((((....))))))...(((((((((..................)))))))))))))))...))))).......))))).)))))...)))))))).....))))))..))).))..))).))))))...))))))))........)).)(((((((..........)))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(.((.....{{{,,,,,,{((((....)))),{{{(.{{....(((((((((.((((((......))))))...))))))))),}...}})}((((((((((.....))))))..))))..,,,.......,||||.....,,,..{((((...((((((((((((,{((((.((((((...,,.(((....(((....((((((........))))))..)))....))).,...)))))))))))))..))),}))))))...))))}|{{{(((...(((((((.(......(((((({((,{{,.(((((,...}))))...................(((((((((((..((((.{{{((...,,,.....))...))))..)))))))))))})}.)))),....}}},.....{(.....,},).)))))))...)))..|}}}|{{{{{,,..|||||||{{{|,{|||,.,{|||.((((.((((...(({.,,,{{(,((((.....)))),}},,)))...)))).))))....}}}}...,,.{{,..|}}}...((((((((...(((.......)))..)))))))).,((((({.,,,,....(((((((.((((..,{(((,,{|||},{,,,|||.}},))),)),,)))).)))))))...,,.........{{{|{(||.,,}},.,.((((((...((((((.,(,,{{(({{....((.((((((({...}))))))).)))))))|,|||..,{........,),.,}},...)))))))))))),,,,..,,{{((({.{{{..,.,,||,|||.((((((|.,...(((((.....,({.............)).....))))).((((((((((((((((((((((.(((.(((((((((((({,...{{((,.((((,,..((,...,,|({{{,.,(,.........,||}}}})...{(((..(({....)))..)))}}},.)},.}))}.).})))),))))...)))))))).)))..)))||(,,,,|||.((((((((..(((((.((((.....))))...)))))..)))((((((((.(((((((((((((((.((((..(((((((((......))))))...)))..)))).)))).)))..{(((((.....)))))|(({{{....}}}}}.)))))))).{{{{{({,,(({{{...,.,,))}}}...,,}|||||.({((((......}))))),,...))))))))...((((((.(((((((((((....))))))))))).))))))}}}}}.......{((((.....,.....{{{{||,,....((((((((......))))))))....................,,....((((.((((((((.......{({.((((((((,,,..{(((((((((.,.(((.(((((......))))).)))....},,)))))))))),|((,...}})....{{.,.(((...})).}.,}}}}},}}}}.}}}..{(({........))))...........))))))))..)))){{,,((,,,.,,}}))}},(((((((({.................,)))))))))}))}}}...)))}}.,,,..,)))))})))))...))))))))....,))))))..})),))..))).)))}}}...))))))))),,.....}}.)(((((((..........)))))))
Back