Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PDS5B_0021900
Sequence Length
1662 nt
GC Content
0.3893
GUACUCUCAUUUACACAUCCCAUCUCAUUUCAUUCUGCUGAAACAUUUGAAUCAUUACUGGCUUGUCUGAAAAUGGAUGAUGAAAAAGUAGCAGAAGCUGCACUACAAAUUUUCAAAAACACAGGAAGCAAAAUUGAAGAGGAUUUUCCACACAUCAGAUCAGCCUUGCUUCCUGUUUUACAUCACAAAUCUAAAAAAGGACCCCCCCGUCAAGCCAAAUAUGCCAUUCAUUGUAUCCAUGCGAUAUUUUCUAGUAAAGAGACCCAGUUUGCACAGAUAUUUGAGCCUCUGCAUAAGAGCCUAGAUCCAAGCAACCUGGAACAUCUCAUAACACCAUUGGUUACUAUUGGUCAUAUUGCUCUCCUUGCACCUGAUCAAUUUGCUGCUCCUUUGAAAUCUUUGGUAGCUACUUUCAUUGUGAAAGAUCUUCUCAUGAAUGAUCGGCUUCCAGGGAAAAAGACAACUAAACUUUGGGUUCCAGAUGAAGAAGUAUCUCCUGAGACAAUGGUCAAAAUUCAGGCUAUUAAAAUGAUGGUUCGAUGGCUACUUGGAAUGAAAAAUAAUCACAGUAAAUCAGGAACUUCUACCUUAAGAUUGCUAACAACAAUAUUGCAUAGUGAUGGAGACUUGACAGAACAGGGGAAAAUUAGUAAACCAGAUAUGUCACGUCUGAGACUUGCUGCUGGGAGUGCUAUUGUGAAGCUGGCACAAGAACCCUGUUACCAUGAAAUCAUCACAUUAGAACAAUAUCAGCUAUGUGCAUUAGCUAUCAACGAUGAAUGCUAUCAAGUAAGACAAGUGUUUGCCCAGAAACUUCACAAAGGCCUUUCCCGUUUACGGCUUCCACUUGAGUAUAUGGCAAUCUGUGCCCUUUGUGCAAAAGAUCCUGUAAAGGAGAGAAGAGCUCAUGCUAGGCAAUGUUUGGUGAAAAAUAUAAAUGUAAGGCGGGAGUAUCUGAAGCAGCAUGCAGCUGUUAGUGAAAAAUUAUUGUCUCUUCUACCAGAGUAUGUUGUUCCAUAUACAAUUCACCUUUUGGCACAUGACCCAGAUUAUGUCAAAGUACAGGAUAUUGAACAACUUAAAGAUGUUAAAGAAUGUCUUUGGUUUGUUCUGGAAAUAUUAAUGGCUAAAAAUGAAAAUAACAGUCACGCUUUUAUCAGAAAGAUGGUAGAAAAUAUUAAACAAACAAAAGAUGCCCAAGGACCAGAUGAUGCAAAAAUGAAUGAAAAACUGUACACUGUGUGUGAUGUUGCCAUGAAUAUCAUCAUGUCAAAGAGUACUACAUACAGUUUGGAAUCUCCUAAAGACCCGGUACUACCAGCUCGUUUCUUCACUCAACCUGACAAGAAUUUCAGUAACACCAAAAAUUAUCUGCCUCCUGAAAUGAAAUCAUUUUUCACUCCUGGAAAACCUAAAACAACCAAUGUUCUAGGAGCUGUUAACAAGCCACUUUCAUCAGCAGGCAAGCAAUCUCAGACCAAAUCAUCACGAAUGGAAACUGUAAGCAAUGCAAGCAGCAGCUCAAAUCCAAGCUCUCCUGGAAGAAUAAAGGGGAGGCUUGAUAGUUCUGAAAUGGAUCACAGUGAAAAUGAAGAUUACACAAUGUCUUCACCUUUGCCGGGGAAAAAAAGUGACAAGAGAGACGACUCUGAUCUUGUAAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-391.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -425.47
Frequency: 0.0000
Diversity: 354.86
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((((..((((...(((((((.(((((((..(((((((......((((.......((((((((.......(((((((((.(((.(((((....)))))...................(((((((((((..((((.(((((...))).....))...))))..)))))))))))))).)))))....))))......(((......))).((((((((((.(((...(((((((....(((((((.((((.((((((((((..(((((.(((((((((((..((((.(((((............(((((((.(((((.....(((.....((((.(((...))).)))).......(((((((((((...((((..(((((.............(((((((.((((..(((((...)))))(((((((....))).)))))))).))))))).............((...((((..(((((..((((((...((((((..(((((((((....((.((((((((...)))))))).)))))))).))).......................))))))))))))..........(((.............)))..(((((((.....((....(((((((..............(((((.......)))))...((((.((((((...(((....)))...))))))))))..)))))))..)).....)))))))...............(((((((((..((((..(((....)))..))))..........((((((...(((...((((..................))))..)))...)))))).))))))))).))))).))))...))))))).)))).))).))))))))..)))......)))))...)))))))............)))))))))..))))))))..((((((.....)))))).)))..)))))...))))))).))).)))).))))))).....)))))))...((((((((((..............)))))))....))).....((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))))))..)))))..)))))...........((((((......((((((((......))))))))..........................((((.((((((((.......(((.((((((((.....((((((((((.(((((.(((((......))))).)))....)).))))))))))..(((...)))....((.(.(((...))).).)))))).)))).)))..((((........))))...........))))))))..))))((((((....))))))...(((((((((..................)))))))))))))))))))))))..)))))))))))(((.((.....(((.(((..((.....)).)))...)))...))..))).(((....)))......(((((((((((..........)))))).))))).......))))))))))..(.(((((..(((((((........)))))))..))))).)))))......))))...)))))...))(((.........)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.(((((.,{{.({{.,,,((((.{{(((((..{.({{|,......,,,..,,,...||||,,|.,}}},,.||||||.(({(({,(({(({{..,)))).,}.....}}}}},..,..(((((((((((..((((.{{{((...,,,.....))...))))..))))))))))),}}.,,,,.....|||......}},...{{{{{.|||||,,....,}...{(((((((((((((,,{{..,,,{{,.,,..,||||.((((.((((...(({.,{,{{(,((((.....)))),}},,)))...)))).))))....}}}}...,,,{{...})),,..((((((((...(((.......)))..)))))))).{((((((.{{{,....(((((((.((((..,{(((,,{||||,{,,,|||,}},))),)),,)))).)))))))...,,.........,(({(({{.,,,,,...((((((...((((((.,(,,{{(({{....((.((((((({...}))))))).)))))))|,|||..,{........,),.,}},...)))))))))))),},,.,,}((((((.(((......((.(((.((((((,.....(((((.....,({.............)).....))))).((((((((((((((((((((((.(((.(((((((((((({,...{{((,.((((,,..((,...,,|({{{,.,(,.........,||}}}})...{(((..(({....)))..)))}}},.}},.}))}.).})))),))))...)))))))).))),,))}||(....}||.((((((((..(((((.((((.....))))...)))))..)))((((((((.(((((((((((((((.((((..(((((((((......))))))...)))..)))).)))).)))..{(((((.....)))))|{(({{....})}}}.)))))))).{{{({({.,(((({.......)))}}....,}||||}.({((((......}))))),,...))))))))...((((((.(((((((((((....))))))))))).))))))})))}.......{((((.....,.....{{{{{{,.....((((((((......))))))))..........................((((.((((((((.......{{{.((((((((,,,..{(((((((((.,.(((.(((((......))))).)))....},,)))))))))),|((,...}})....{{.,.(((...})).}.,}}}}},}}}}.}}}..{({{........))))...........))))))))..)))){{{{((,,,.}}}}))}},(((((((({.................,)))))))))))))}}.,.))))}.......)))))}}))))...))))))))....,))))))..))).))..))).))))))...))))))))},,,,,,.(((((((((((..........))))))}}))))...,,,.}},.)))))).)))))))}..(((((((........)))))))..,))).})))).......))),.,,)))))...))(((.........)))
Back