Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PDS5B_0022200

Sequence Length

360 nt

GC Content

0.6778

GAAGUGAGGAGCGCCUCUUCCCGGCCGCCAUCCCAUCUAGGAAGUGAGGAGUGUCUCUGCCUGGCCUCCCAUCCUCUGAGAUGUGGGGAGCGCCUCUGCCCUGCCGCCCCAUCUGGGAUGUGAGGAGCGCCCCUGCCCGGCUGCGACCCCGUCUGGGAGGUGAGGAGUGUCUCUGCCCAGCCACCCCGUUUGAGAAGUGAGGAGACCCUCUGCCUGGCAACCGCCCCAUCUGAGAAGUGAGGAGCCCCUCCGCCCGGCAGCCGCCCCGUCUGAGAAGUGAGGAGCGCCUCCGCCCAGCAGCCACCCCGUCUGGGAAGUGAGGAGUGUCUCCACCCGGCAGCCACCCCAUCUGGGAGGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-132.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -138.69

Frequency: 0.0000

Diversity: 97.30

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(..((((((((...))))))...))..)(.((((.(((((...(((.((.(((...(((((.(((((((((.(((((.(((((.(((..(((((...(((((..((.(((....))).))..))).))((....))..))).))..)))))))).))))))).)))).)))..........(((..(......)..))).((((((.(((((((.(((....((((((.((....)))).)).))......))).))))).(((((((.((....)))).)).)))(((((.(((((..((......)))))))..).)))))).))))))....))))).))))))))))))).)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(..(((,(({{..,,))||}||.||..|(.((((.((({(|..{((.((.(((...(((((.(((((((((.(((((.(((((.(((..(((((...(((((..((.(((....))).))..))).)){{....)}..))).))..)))))))).))))))).)))).}||,{.,,..,|.{|,..,,...,.)..},}.((((((.({(((((.(((....(({(({,({....,}}).)).))......))).))))).((({((,,({....}},),)).)))(((({.(((((,.{,......),)))))..}.))))}).)))))).,,.))))).))))))})})))).)))))