Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PDS5B_0023000
Sequence Length
1395 nt
GC Content
0.3914
AGCCUUGCUUCCUGUUUUACAUCACAAAUCUAAAAAAGGACCCCCCCGUCAAGCCAAAUAUGCCAUUCAUUGUAUCCAUGCGAUAUUUUCUAGUAAAGAGACCCAGUUUGCACAGAUAUUUGAGCCUCUGCAUAAGAGCCUAGAUCCAAGCAACCUGGAACAUCUCAUAACACCAUUGGUUACUAUUGGUCAUAUUGCUCUCCUUGCACCUGAUCAAUUUGCUGCUCCUUUGAAAUCUUUGGUAGCUACUUUCAUUGUGAAAGAUCUUCUCAUGAAUGAUCGGCUUCCAGGGAAAAAGACAACUAAACUUUGGGUUCCAGAUGAAGAAGUAUCUCCUGAGACAAUGGUCAAAAUUCAGGCUAUUAAAAUGAUGGUUCGAUGGCUACUUGGAAUGAAAAAUAAUCACAGUAAAUCAGGAACUUCUACCUUAAGAUUGCUAACAACAAUAUUGCAUAGUGAUGGAGACUUGACAGAACAGGGGAAAAUUAGUAAACCAGAUAUGUCACGUCUGAGACUUGCUGCUGGGAGUGCUAUUGUGAAGCUGGCACAAGAACCCUGUUACCAUGAAAUCAUCACAUUAGAACAAUAUCAGCUAUGUGCAUUAGCUAUCAACGAUGAAUGCUAUCAAGUAAGACAAGUGUUUGCCCAGAAACUUCACAAAGGCCUUUCCCGUUUACGGCUUCCACUUGAGUAUAUGGCAAUCUGUGCCCUUUGUGCAAAAGAUCCUGUAAAGGAGAGAAGAGCUCAUGCUAGGCAAUGUUUGGUGAAAAAUAUAAAUGUAAGGCGGGAGUAUCUGAAGCAGCAUGCAGCUGUUAGUGAAAAAUUAUUGUCUCUUCUACCAGAGUAUGUUGUUCCAUAUACAAUUCACCUUUUGGCACAUGACCCAGAUUAUGUCAAAGUACAGGAUAUUGAACAACUUAAAGAUGUUAAAGAAUGUCUUUGGUUUGUUCUGGAAAUAUUAAUGGCUAAAAAUGAAAAUAACAGUCACGCUUUUAUCAGAAAGAUGGUAGAAAAUAUUAAACAAACAAAAGAUGCCCAAGGACCAGAUGAUGCAAAAAUGAAUGAAAAACUGUACACUGUGUGUGAUGUUGCCAUGAAUAUCAUCAUGUCAAAGAGUACUACAUACAGUUUGGAAUCUCCUAAAGACCCGGUACUACCAGCUCGUUUCUUCACUCAACCUGACAAGAAUUUCAGUAACACCAAAAAUUAUCUGCCUCCUGAAAUGAAAUCAUUUUUCACUCCUGGAAAACCUAAAACAACCAAUGUUCUAGGAGCUGUUAACAAGCCACUUUCAUCAGCAGGCAAGCAAUCUCAGACCAAAUCAUCACGAAUGGAAACUGUAAGCAAUGCAAGCAGCAGCUCAAAUCCAAGCUCUCCUGGAAGAAUAAAGGGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-319.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -348.75
Frequency: 0.0000
Diversity: 404.10
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((((((((((((......................(((......))).((((((((((.(((...(((((((....(((((((.((((.((((((((((..(((((.(((((((((((..((((.(((((............(((((((.(((((.....(((.....((((.(((...))).)))).......(((((((((((...((((..(((((.............(((((((.((((..(((((...)))))(((((((....))).)))))))).))))))).............((...((((..(((((..((((((...((((((..(((((((((....((.((((((((...)))))))).)))))))).))).......................))))))))))))..........(((.............)))..(((((((.....((....(((((((..............(((((.......)))))...((((.((((((...(((....)))...))))))))))..)))))))..)).....)))))))...............(((((((((..((((..(((....)))..))))..........((((((...(((...((((..................))))..)))...)))))).))))))))).))))).))))...))))))).)))).))).))))))))..)))......)))))...)))))))............)))))))))..))))))))..((((((.....)))))).)))..)))))...))))))).))).)))).))))))).....)))))))...((((((((((..............)))))))....))).....((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))))))..)))))..)))))....((((((.((((((......((((((((......))))))))..........................((((.((((((((.......(((.((((((((.....((((((((((.(((((.(((((......))))).)))....)).))))))))))..(((...)))....((.(.(((...))).).)))))).)))).)))..((((........))))...........))))))))..))))((((((....))))))...(((((((((..................))))))))))))))).........)))))).)))))).))))))...(((.(((..((.....)).)))...)))..(((..(((.....)))))).........)))(((((............)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({,(((.,((((,,((((,........,.}}}},.}}|}..,{,{,{((({{{{,.....{((({{(((({{....,{({(((((({{,({{{,,.{|{{.((((.((((...(({..,,{,(.((((.....))))}}},,)))...)))).))))..,,|||,..,{{.{({..({{|...((((((((...(((.......)))..))))))))..,.,,...,,,,....(((((((.((((..,{(((,,,|||},{{,,{||.,},))),)),,)))).)))))))..,,}.....,.,.}|,}))}}}..}}}}}.{{{{{{.,,{(((({,|{,,{{|||.....{{.|((((((,...}))))))}.)))))))}.}}|}..|,,.......}...,)}},,}))))))}}}}}.......,,|||||}..,..}}}}}}}||},||||||}.,.|,||||{.....|||,............}|.|...}}}}}.||||((({{(((((((((((((.(((.(((((((((((({,...{{((,.((((,,..((,...,,|({{{,.,(..........,||}}}})...{(((..(({....)))..)))}}},.)},.}))}.).})))),))))...)))))))).)))..)))))({{{{{((.((((({((,.(((((.((((.....))))...)))))..}}}((((((({.(((((((({((((((.((((..(((((((((......))))))...)))..)))}.)))).}}}..{(((((.....)))))|(({{{....}}}}}.)))))))).,{{{{(|,|(({{{...,.,,))}}}...,,}|||||,({((((......}))))),,...))))))))...((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))),}},,.......{((((.....,.....{,,,||},....((((((((......))))))))....................,,....{(((.((((((((.......{({.((((((((,,,..{(((((((((.,.(((.(((((......))))).)))....},,)))))))))),|((,...}})....{{.,.(((...})).}.,}}}}},})}}.}}}..((((........))))...........))))))))..)))){{,,(({{,.,,,})}}|,(((((((({.................,)))))))))}))}}}...}))},.,},,,})))})})))}),..}}})}}}}....,}})},},..))})).})))})))......}}}}))))})}.....))))))(((((............)))))
Back