Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PDS5B_0023100
Sequence Length
1501 nt
GC Content
0.3924
AGCCUUGCUUCCUGUUUUACAUCACAAAUCUAAAAAAGGACCCCCCCGUCAAGCCAAAUAUGCCAUUCAUUGUAUCCAUGCGAUAUUUUCUAGUAAAGAGACCCAGUUUGCACAGAUAUUUGAGCCUCUGCAUAAGAGCCUAGAUCCAAGCAACCUGGAACAUCUCAUAACACCAUUGGUUACUAUUGGUCAUAUUGCUCUCCUUGCACCUGAUCAAUUUGCUGCUCCUUUGAAAUCUUUGGUAGCUACUUUCAUUGUGAAAGAUCUUCUCAUGAAUGAUCGGCUUCCAGGGAAAAAGACAACUAAACUUUGGGUUCCAGAUGAAGAAGUAUCUCCUGAGACAAUGGUCAAAAUUCAGGCUAUUAAAAUGAUGGUUCGAUGGCUACUUGGAAUGAAAAAUAAUCACAGUAAAUCAGGAACUUCUACCUUAAGAUUGCUAACAACAAUAUUGCAUAGUGAUGGAGACUUGACAGAACAGGGGAAAAUUAGUAAACCAGAUAUGUCACGUCUGAGACUUGCUGCUGGGAGUGCUAUUGUGAAGCUGGCACAAGAACCCUGUUACCAUGAAAUCAUCACAUUAGAACAAUAUCAGCUAUGUGCAUUAGCUAUCAACGAUGAAUGCUAUCAAGUAAGACAAGUGUUUGCCCAGAAACUUCACAAAGGCCUUUCCCGUUUACGGCUUCCACUUGAGUAUAUGGCAAUCUGUGCCCUUUGUGCAAAAGAUCCUGUAAAGGAGAGAAGAGCUCAUGCUAGGCAAUGUUUGGUGAAAAAUAUAAAUGUAAGGCGGGAGUAUCUGAAGCAGCAUGCAGCUGUUAGUGAAAAAUUAUUGUCUCUUCUACCAGAGUAUGUUGUUCCAUAUACAAUUCACCUUUUGGCACAUGACCCAGAUUAUGUCAAAGUACAGGAUAUUGAACAACUUAAAGAUGUUAAAGAAUGUCUUUGGUUUGUUCUGGAAAUAUUAAUGGCUAAAAAUGAAAAUAACAGUCACGCUUUUAUCAGAAAGAUGGUAGAAAAUAUUAAACAAACAAAAGAUGCCCAAGGACCAGAUGAUGCAAAAAUGAAUGAAAAACUGUACACUGUGUGUGAUGUUGCCAUGAAUAUCAUCAUGUCAAAGAGUACUACAUACAGUUUGGAAUCUCCUAAAGACCCGGUACUACCAGCUCGUUUCUUCACUCAACCUGACAAGAAUUUCAGUAACACCAAAAAUUAUCUGCCUCCUGAAAUGAAAUCAUUUUUCACUCCUGGAAAACCUAAAACAACCAAUGUUCUAGGAGCUGUUAACAAGCCACUUUCAUCAGCAGGCAAGCAAUCUCAGACCAAAUCAUCACGAAUGGAAACUGUAAGCAAUGCAAGCAGCAGCUCAAAUCCAAGCUCUCCUGGAAGAAUAAAGGGGAGGCUUGAUAGUUCUGAAAUGGAUCACAGUGAAAAUGAAGAUUACACAAUGUCUUCACCUUUGCCGGGGAAAAAAAGUGACAAGAGAGACGACUCUGAUCUUGUAAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-353.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -385.42
Frequency: 0.0000
Diversity: 289.99
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((.((((.(((((.((.....)).))))).))))...(((((.((((............((((((((((((((((((..((((((.....)))))...)..)))).((((.((((((((((((.....))))..........((.(((((((..............)))..)))).))((((((((...(((.......)))..)))))))).(((((((.........(((((((.((((..(((((...)))))(((((((....))).)))))))).)))))))..............(((.((((.........((((((...((((((..(((((((((....((.((((((((...)))))))).)))))))).))).......................)))))))))))))))).)))((((((.(((......((.(((.((((((......(((((......((.............)).....))))).((((((((((((((((((((((.(((.((((((((((((.....(((((.((((.........(((((......((......))(((((.......)))))......))))).((((....)))).)))).).))))..))))...)))))))).))))))).(((....))).((((((((..(((((.((((.....))))...)))))..)))((((((((.(((((((((((((((.((((..(((((((((......))))))...)))..)))).)))).)))..((((((.....))))))(((((....))))).)))))))).((((((...(((((.......))))).....)))))).((((((......)))))).....))))))))...((((((.(((((((((((....))))))))))).))))))))))).......(((((...........((((((......((((((((......))))))))..........................((((.((((((((.......(((.((((((((.....((((((((((.(((((.(((((......))))).)))....)).))))))))))..(((...)))....((.(.(((...))).).)))))).)))).)))..((((........))))...........))))))))..))))((((((....))))))...(((((((((..................)))))))))))))))...))))).......))))).)))))...)))))))).....))))))..))).))..))).))))))...))))))))))))))).(((((((((((..........)))))).))))).....))))..)))))).))))))))..(((((((........)))))))..)))).))))).........((..((((......))))..))..))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((...}}}{(((.{,{,,.........|,|,,,..}))}...(((((.((((........,...((((((((((((((.,{{...,,||,.,,..,{|||.((((.((((...(({.,{,{{(,((((.....)))),}},,)))...)))).))))....})}}...,,,{{...})),,..((((((((...(((.......)))..)))))))).{((((((.{{{,....(((((((.((((..,{(((,,{||||,{,,,|||,}}}))),)),,)))).)))))))...,,.........,(({(({{.,,,,,...((((((...((((((.,(,,{{(({{....((.((((((({...}))))))).)))))))|,|||..,{........,),.,}},...)))))))))))),},,.,,}((((((.(((......((.(((.((((((,.....(((((.....,({.............)).....))))).((((((((((((((((((((((.(((.(((((((((((({,...{{((,.((((,,..((,...,,|({{{,.,(,.........,||}}}})...{(((..(({....)))..)))}}},.}},.}))}.).})))),))))...)))))))).))),,)}}||(....}||,((((((((..(((((.((((.....))))...)))))..)))((((((((.(((((((((((((((.((((..(((((((((......))))))...)))..)))).)))).)))..{(((((.....)))))|{(({{....}))}}.)))))))).{{{({({.,(((({.......))))}....,}|||}}.({((((......}))))),,...))))))))...((((((.(((((((((((....))))))))))).))))))})))}.......{((((.....,.....{{{{{{,.....((((((((......))))))))..........................((((.((((((((.......{{{.((((((((,,,..{(((((((((.,.(((.(((((......))))).)))....},,)))))))))),|((,...}})....{{.,.(((...})).}.,}}}}},}}}}.}}}..{({{........))))...........))))))))..)))){{{{((,,,.}}}}))}},(((((((({.................,)))))))))))))}}.,.))))}.......)))))}}))))...))))))))....,))))))..))).))..))).))))))...))})))))},,,,,,.(((((((((((..........))))))}}))))...,,,.,}..)))))).))))))))..(((((((........)))))))..,))).)))))..........(((((({((....})))..)))))).}))
Back