Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PDS5B_0026100
Sequence Length
1328 nt
GC Content
0.4074
GAUGAAUGCUAUCAAGUAAGACAAGUGUUUGCCCAGAAACUUCACAAAGGCCUUUCCCGUUUACGGCUUCCACUUGAGUAUAUGGCAAUCUGUGCCCUUUGUGCAAAAGAUCCUGUAAAGGAGAGAAGAGCUCAUGCUAGGCAAUGUUUGGUGAAAAAUAUAAAUGUAAGGCGGGAGUAUCUGAAGCAGCAUGCAGCUGUUAGUGAAAAAUUAUUGUCUCUUCUACCAGAGUAUGUUGUUCCAUAUACAAUUCACCUUUUGGCACAUGACCCAGAUUAUGUCAAAGUACAGGAUAUUGAACAACUUAAAGAUGUUAAAGAAUGUCUUUGGUUUGUUCUGGAAAUAUUAAUGGCUAAAAAUGAAAAUAACAGUCACGCUUUUAUCAGAAAGAUGGUAGAAAAUAUUAAACAAACAAAAGAUGCCCAAGGACCAGAUGAUGCAAAAAUGAAUGAAAAACUGUACACUGUGUGUGAUGUUGCCAUGAAUAUCAUCAUGUCAAAGAGUACUACAUACAGUUUGGAAUCUCCUAAAGACCCGGUACUACCAGCUCGUUUCUUCACUCAACCUGACAAGAAUUUCAGUAACACCAAAAAUUAUCUGCCUCCUGAAAUGAAAUCAUUUUUCACUCCUGGAAAACCUAAAACAACCAAUGUUCUAGGAGCUGUUAACAAGCCACUUUCAUCAGCAGGCAAGCAAUCUCAGACCAAAUCAUCACGAAUGGAAACUGUAAGCAAUGCAAGCAGCAGCUCAAAUCCAAGCUCUCCUGGAAGAAUAAAGGGGAGGCUUGAUAGUUCUGAAAUGGAUCACAGUGAAAAUGAAGAUUACACAAUGUCUUCACCUUUGCCGGGGAAAAAAAGUGACAAGAGAGACGACUCUGAUCUUGUAAGGUCUGAAUUGGAGAAGCCUAGAGGCAGGAAAAAAACGCCCGUCACAGAACAGGAGGAGAAAUUAGGUAUGGAUGACUUGACUAAGUUGGUACAGGAACAGAAACCUAAAGGCAGUCAGCGAAGUCGGAAAAGAGGCCAUACGGCUUCAGAAUCUGAUGAACAGCAGUGGCCUGAGGAAAAGAGGCUCAAAGAAGAUAUAUUAGAAAAUGAAGAUGAACAGAAUAGUCCGCCAAAAAAGGGUAAAAGAGGCCGACCACCAAAACCUCUUGGUGGAGGUACACCAAAAGAAGAGCCAACAAUGAAAACUUCUAAAAAAGGAAGCAAAAAAAAAUCUGGACCUCCAGCACCAGAGGAGGAGGAAGAAGAAGAAAGACAAAGUGGAAAUACGGAACAGAAGUCCAAAAGCAAACAGCACCGAGUGUCAAGGAGAGCACAGCAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-310.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -334.43
Frequency: 0.0000
Diversity: 394.93
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((..((((.((......((((..(((((((......(((((......(..(((((..(((...((((((.(((..(((((.((((.....))))...)))))..))).((((....)))).(((((...((((....(((....(((((((................((((((....((((.((((((.....))))))(((((....)))))(((((((.(((((((((..(((((.((((((....(((.(((((((.....(((((((((((((((...(((((..(((((.((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).....(((((.(((((.............((((.((((((((((((((......))))))))......................((...))..(((.((.((((................))))))))).))))))))))))))).)))))....))))).....))))))))))..))))))..(((((...(((((...(((...(((.(((((((((((((...((((......(((((((.(((.............(((((.((((..(((((...(((((((....)))))))((((.((((.....)))).)))).(((.......)))...))))))))).)))))........(((.(((..((.....)).)))...)))..(((..(((.....))))))......(((((((((((..........)))))).)))))...))))))))))........(((((..(((((((........)))))))..))))))))).......)))))....))))))))..))).....))).))))).....))))).(((....))).((..........)))))).....))))))).))).....)))))))))))...)))...))))))............(((..((((.....((...((((((...((((((....))))))....)))))).....))....)))).)))..)))))))................................))))....)))))).................(((..(((((((......))))))).))).)))))))......)))....))))...)))))......)))))).........(((...(((((..(......)..)))))....)))........)))..)))))..)......)))))......)))))))........))))...)).))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
,.{(,.((((,(,..,,..,,((,{(({{{(({...{,((,{,.....,{..,,,,|,||||..}||{{{|}|||}.,||||,||||.}}..}|)|{{{|||||..,,,,(((({,,.||||{(((((,{{((.({{{.,(({{{{(((,,,,..}}}}}}...}}}..||||,||}|.|||{.{(((((.....)))))}{({{,....}}}}}{||||||}|,(((((((,.((({{,{{{{{{,,,||{{.{{{{(((,.,,,(((,.....|}}})),...{||||||||,{,((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).,,..|||||.,(((({..............,}}|||,,,((((((((......))))))))....................,,{{...,,..{{{.{,.{|{{...............})))))||||{|||||,|||||,|||{{,,,,..))))).)}}...|}},}))))))}))}}||..(((((,..{((((,{{(,(,..{{(,(({((((((({(({..((({.{{{{.,,{((({.,{,,,,...,,,,.{{({((({(((,..(((({...,,|||||,(((((({|..,,....,,,.....,,)))))))}|(({......||,...}},,,,))),||||,..({,{.{((({((,..,{.....,,.}}}...|||,.,{{..|||..||.)}}))}......(((((((((((..........))))))}}))))...)}}}}}},,},,.,,.,.||||,..(((((((........))))))),,|}}},,))).......,}}}|,,,{|}||}},,.,)),.,,}})),.))))),,,,,)}}},.})),.,.(((.(........}))),}}},.....))))))),)))}}}.}))})))}})))}}},}}..{||||},.{{{..{{{,..(((..((((...,.((...((((((...((((((....))))))....)))))).....))....)))).)))......|||((............,,......,.........}}},.,,.))}|||.......}},.......(((..(((((((......))))))).))}.},}},,.....}}))).....,,....(((({......)))))..........|||}..|||||,,|.....,)}.})))),}}}}}............|||}}....}{{,.,.,,,)))}....)),,,,)}.}}}}.}}})}.,}))}))))))},),.,
Back