Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PDS5B_0026600

Sequence Length

1614 nt

GC Content

0.4139

GAUGAAUGCUAUCAAGUAAGACAAGUGUUUGCCCAGAAACUUCACAAAGGCCUUUCCCGUUUACGGCUUCCACUUGAGUAUAUGGCAAUCUGUGCCCUUUGUGCAAAAGAUCCUGUAAAGGAGAGAAGAGCUCAUGCUAGGCAAUGUUUGGUGAAAAAUAUAAAUGUAAGGCGGGAGUAUCUGAAGCAGCAUGCAGCUGUUAGUGAAAAAUUAUUGUCUCUUCUACCAGAGUAUGUUGUUCCAUAUACAAUUCACCUUUUGGCACAUGACCCAGAUUAUGUCAAAGUACAGGAUAUUGAACAACUUAAAGAUGUUAAAGAAUGUCUUUGGUUUGUUCUGGAAAUAUUAAUGGCUAAAAAUGAAAAUAACAGUCACGCUUUUAUCAGAAAGAUGGUAGAAAAUAUUAAACAAACAAAAGAUGCCCAAGGACCAGAUGAUGCAAAAAUGAAUGAAAAACUGUACACUGUGUGUGAUGUUGCCAUGAAUAUCAUCAUGUCAAAGAGUACUACAUACAGUUUGGAAUCUCCUAAAGACCCGGUACUACCAGCUCGUUUCUUCACUCAACCUGACAAGAAUUUCAGUAACACCAAAAAUUAUCUGCCUCCUGAAAUGAAAUCAUUUUUCACUCCUGGAAAACCUAAAACAACCAAUGUUCUAGGAGCUGUUAACAAGCCACUUUCAUCAGCAGGCAAGCAAUCUCAGACCAAAUCAUCACGAAUGGAAACUGUAAGCAAUGCAAGCAGCAGCUCAAAUCCAAGCUCUCCUGGAAGAAUAAAGGGGAGGCUUGAUAGUUCUGAAAUGGAUCACAGUGAAAAUGAAGAUUACACAAUGUCUUCACCUUUGCCGGGGAAAAAAAGUGACAAGAGAGACGACUCUGAUCUUGUAAGGUCUGAAUUGGAGAAGCCUAGAGGCAGGAAAAAAACGCCCGUCACAGAACAGGAGGAGAAAUUAGGUAUGGAUGACUUGACUAAGUUGGUACAGGAACAGAAACCUAAAGGCAGUCAGCGAAGUCGGAAAAGAGGCCAUACGGCUUCAGAAUCUGAUGAACAGCAGUGGCCUGAGGAAAAGAGGCUCAAAGAAGAUAUAUUAGAAAAUGAAGAUGAACAGAAUAGUCCGCCAAAAAAGGGUAAAAGAGGCCGACCACCAAAACCUCUUGGUGGAGGUACACCAAAAGAAGAGCCAACAAUGAAAACUUCUAAAAAAGGAAGCAAAAAAAAAUCUGGACCUCCAGCACCAGAGGAGGAGGAAGAAGAAGAAAGACAAAGUGGAAAUACGGAACAGAAGUCCAAAAGCAAACAGCACCGAGUGUCAAGGAGAGCACAGCAGAGAGCAGAAUCUCCUGAAUCUAGUGCAAUUGAAUCCACACAGUCCACACCACAGAAAGGACGAGGAAGACCAUCAAAAACGCCAUCACCAUCACAACCAAAAAAAAAUGUCCGUGUAGGACGCUCCAAACAAGCAGCUACUAAGGAAAAUGAUUCAAGUGAAGAAGUAGAUGUGUUUCAGGGUAGCUCUCCUGUCGAUGAUAUUCCACAGGAAGAAACAGAGGAGGAGGAAGUUUCUACAGUAAAUGUACGGCGGCGAAGUGCUAAAAGGGAACGGCGAUGAACAAAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-380.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -409.11

Frequency: 0.0000

Diversity: 420.27

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.((((((((.((......))..))))))))..)(.....((((.....(((.(((((.((((..((((((.(((..(((((.((((.....))))...)))))..))).((((....)))).(((((...((((....(((....(((((((................((((((....((((.((((((.....))))))(((((....)))))(((((((.(((((((((..(((((.((((((....(((.(((((((.....(((((((((((((((...(((((..(((((.((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).....(((((.(((((.............((((.((((((((((((((......))))))))......................((...))..(((.((.((((................))))))))).))))))))))))))).)))))....))))).....))))))))))..))))))..(((((...(((((...(((...(((.(((((((((((((...((((......(((((((.(((.............(((((.((((..(((((...(((((((....)))))))((((.((((.....)))).)))).(((.......)))...))))))))).)))))........(((.(((..((.....)).)))...)))..(((..(((.....))))))......(((((((((((..........)))))).)))))...))))))))))........(((((..(((((((........)))))))..))))))))).......)))))....))))))))..))).....))).))))).....))))).(((....))).((..........)))))).....))))))).))).....)))))))))))...)))...))))))............(((..((((.....((...((((((...((((((....))))))....)))))).....))....)))).)))..)))))))................................))))....)))))).................(((..(((((((......))))))).))).)))))))......)))....))))...)))))......)))))).........(((...(((((..(......)..)))))....)))...........(((((.....(((.......)))...........((((..((..(((.(((((.....((.....))....))))))))..)).)))).......)))))...((((............))))((((....)).)).....((((.........................((((.....))))(((.......)))(((((((...((((.....((.(.(.....).).))....))))..))))))).((((((.((......)).))))))((((((.............))))))(((.....)))..))))((.....)))))).))))).)))..))))....)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(,{(,,{{{|,||..,,..},..,}||||||,.,{,,,,,(((,.....(((.(((((,((((,.((((((.(((..(((((.((({.....}))),,.}}}}}..}}}.((((....)))).(({{(.,{((,({,{.(((..{,((({{{{....,,,,...,,,..((({{{|,{,((((.{(((((.....)))))},{{,,....}}}}|{({((((|{{(((((((,.((({,{((((((..,,(((.(((((((...,.((({.,,,,||||}|,...(((({{{{{{{,((((((.(((((((((((....))))))))))).))))))....,|||||..(((({...............})))|...((((((((......))))))))....................,|{,...,}..||,.|,.{||,...............}))))){(((((((({,|,{((.(((({......))))).)}}...,)},)))))))))),,|{..(((((...(((((...({(...(((.(((((((((((((...((((.,,,,.(((((((.(((.............(((((.((({..(((((...,{|||{{{{(((({{|..,,,...,,,.....,}))}))))}|{{|......}},...})}}})))).))))}.,{{.,.,(((.(({..{(.....}}.)))...}}}..,|{..|||.,{{.},,)))......(((((((((((..........))))))}}))))...))))))))))...,,.,.{|||,..(((((((........))))))).,}))),}))).......))))}...,))))))))..))).....))}.))))).....))))).,))..,.(((.(........}})),)))}.....))))))).))),,,..)))))))}))).},}}}...})))),.|||..,,....(((..((((...,.((...((((((...((((((....))))))....)))))).....))....)))).}))....,,|||{{............,,......,.........)))},},.)))))).......,,,.......(((..(((((((......))))))).))).)}))}},....,.)))....,}},...|||||......))))),.........{{{...(((((..{......)..))))).,,,}},...........(((((.....(({.{....}))).....,.....((((..((..((,{(((((...,.((.....))....))))))))..)).))))...,,..)))))...((((............)))){{({....)).}}.....{{{{.,,......................((((.....))))(((.,.....}}}{{{({{{...{{{,...,|||.,,|,,.,.,,),))},,,}))}..)))}})}|((((((.((......)).)))))),||,||...}},,,.,,,.}))))}{{{.....)))}.|||||,}..,}}})}},.))))).)))..}}}}....)