Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PDS5B_0029800

Sequence Length

1601 nt

GC Content

0.3554

GUUGGAUAAUGGAGAACAUCUUUUAUGGAAACCCGAAACUAAGCAAAUAGGUGUAGCUUAAUGAGAAUGUAAAUGUCAAGUCUGAACUGAAUGUACAGCAUUCUAAUAUUGACACUUUAAGCAUGUAAGUUGUACCUUGAUUUUAGGGCACUGAUACCCAUUAAGUAUACUGUUGUUUAUAUUUUACAACUCUCCGUUUGGUAUUUCUAUUUGGGUUUCAUAAUAGAAAUUAGAAGUUAGUUACACAGAAUAAAAUCAGCCUUUGGAAUUGAAGUUUGAGCUGAAUGAGAAUUCAUAAAAUUGGUAAUACAUACUUAUUUUGCAAAAGUAGGUAUGUGUUACUUCCUGACUUUUUUGUUUUUGAGACAGAGUCUCACUCUGUCACCCAGGCUGGAGUAUAGUGGCGCACGAUCUGGGCUCAGUGCAACCUCUGCCUCCCAGAUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCUUCCCAAGUAGCUGAGAUUACAGGCCAAUGCCACUGUGCCCGACUAGUUUUUGUAUUUUUAGUGCAGACAGGGUUUUACCAUGUUGGUCAGGCUGGUCUCGAACUCUUGACCUCAAGUGAUCUGCCUGCUUUGGCCUCCAAAGUGGUGGGAUUACAGGCAUCAGCCACUGCACCCGGCCCUUCUUGACUUUUAAAGUAAUAAAUAAAUAACUUUACCAGUUAAUACAACUCAGAUAUUUCUCUUAGGAAAAAACAUAAUACAUUUAAGUAGAAGCUCUUCUCCUAUCUUUGUUUGAGAAACCCAAGCUCUAUAAUCAAGUCUCAGAAUUGGUCUCUGCUGUUCUGUCCUGUUUAAUGGAAUCAGAACUCCUAUCUGUACCAGGAUUCAUAUUUGUGAAUAAGCGAGUUAAGUACACAGGAAAAUAUGCAUAAUUGUGACCUCAAAUUAGUUUGGCUUGUUUCUUAAAGGGUUUUGGGGAGGACAUCAAAGUAAGUCUGAAGAGUCAGUAACGAUUGAUGUCUUCAUCAGAGAAAAACUACAUGUAAAUUAAAACCCUCUUUUAUAUUCCUAUUGUUAAUAUUGACAUUUUUUGAACUAAAGUUUUAUGCUUUCAUUAGUGCUUGUCAGCAAAUGAUAAUAUGUUUGAAUUUUAGGUUAUUUUACUGUAUUGAUAAUUGUUAAGAUCCAAACUCAGUAACUGCUUUCCCAGAAAGAUAAUGUAAGUUCAUAAAUGUGAAAUGUUUUCAUUUACCACAGGAAACAUAAGUAGAAAGAUGAUUAAUCUGUUUGAGUUAUUUUUCUUGCUGUAGACAUUGACUUCUGUUCAUUUCUCUUUAAAAUUAUUAGAUAGAAAAGUAAAAUAAUUUUUUUCUUUCACUGUUCUGGGGAAGUCUGUGAGCCUGUAAGGGAUCAAAUGUUAUAGAGGUCUAAAUAUGUGAUGCCAGGGCAGAAAGUAAGGAUAAAAAGUUUCAGGGAAAGGAAAGCAAAGAAAAUCAGGAACAAAUGAGAAUAAAGAUUAGUUAAAAAUGAUUACUGCAUAUCUUAUGCACAUAUACCCAUUUUAAUUAAGCAUCUGGUGACUUUCCUUUUAAGGUACGGCGGCGAAGUGCUAAAAGGGAACGGCGAUGAACAAAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-399.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -432.91

Frequency: 0.0000

Diversity: 358.19

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((..............(((.(((((.((((((((((((((((....(((((((((((((((......((((((((((.........((((((...)))))).....)))))).))))..))).))))))))))))........(((........)))............(((((.........))))).....))))))).......)))))))))))))).)))...........((((((.((((......(((((((((......)))).....)))))((((....))))......(((((((((((((((((((...)))))))))))))))))))((((((.((((((((((((..((((((((...)))))))).....((((((.((((((((((((..((((((((...((.(((.....)))))))))))))...)).(((..((((.(((((((........)))))))....))))..)))))))))))))...((........)).......(((((((((((......)).))).(((((((..(((.....))))))))))....(((((((..(((((((((...)))))))))..))))))).(((....))).))))))))))))....((((((..((((((.((......)).))))))..)))))).....((((((((.......(((((..........(((......)))..........)))))....))))))))...((((((((((.(((.((((((....((((((((......(((((((((........)))..))))))((((...(((((...(((((.((((....))))...)))))..))))).))))......(((....)))))))...)))).....))))))....))).)))).))))))(((((((((((.((....((((....))))..))..)))))))))))................(((((((............)))))))......(((((....)))))(((((((((((...(((((.(((((((........((((((.....))))))...(((((.(((((((((((((..........))))))..))))))).)))))......((.((((((((((((((..........(((((....)))))((((((((..........)))))))).(((((((((((((((..........))))))))))).))))..(((.((.(((....))).)).)))..............((.(((((((..........))))))).)).)).))))))))))))..))..((((....((.((((.(((((.(((....)))))))).)))).)).)))).))))))))))))....)).)))))))))..))))))))))))..)))))).................((((((((((........((((((...))))))..........))))))))))...))))))))))((((((((..(((((.........))))))))))))).)))).((......))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((....,{{.....,,{((.(((({(((((((((((((((((....,((((((((((((((.,..,,((({((((((....,....((({({...)))))).....)))))).})}}.,}}}.}}}}}}||}|||,.....,}|||.,,.....)})}}}}}}}}}}}}(((((.........))))).....))))))).......)))))))))))))).))}...........{(((((.((((......((((({{{(.,,,..,,,),}},,)))))((({....)))}......{((((((((((((((((({...})))))))))))))))))}((((((.((((((((((((..((((((((...)))))))).....((((((.((((((((((((..((((((((...((.(({.....)))}}))))))))...)).,,,..((((.(((((((........)))))))....))))..,}}))))))))))|.,,{,.....,{{{{{....,|||||||{({({,...,)).}}}.(((((((..({{.....,),)))))))....(((((((..(((((((((...)))))))))..))))))).(((....))).)))}))))))))....((((((..((((((.{{......}).))))))..)))))).....{{{(((({....,..(((((..........(((......))).......,,.)))))....}}}}}))),..((((((((((.{{{.((((((....({{{((((.,,{,.(((((((((........)))..))))))((((...(((((...(((((.{,{,.,..,}}}...)))))..))))).))))......|||....})}))))...,}}}.,,,.)))))).,,.}}}.))))}}}})))(((((((((((.{{....((((....))))..})..)))))))))))...,,||.....,...,|||,,,..,...||||,,|||,|,,,{,{..(((((....))))},{{{{((((((..,{({{{.(((({((,,,..{{,({{{{|},,..))))},,..(((((.(((((((((((((..........)))))),.,)))))).))))).{{,..,,.((((((((((((,{..,,,.....{((((....))))}((((((((..........)))))))).(((((((((((((((,{.....,},)))))))))))}})))..{((.{,.{({....))).}}.}}}.,,,,......,},{{.{((((((.,,,......))))))).)).,,.))))))))))))..}},.{(((....((.((((.(((((.(((....)))))))).)))).)).)))).)))))))})))}.,,,)),}}}))))},..))))))))))))..))))))...............{.{((((((((({((..,..((((((...))))))...,,...)))))))))))}.}.)))))))))}((((((((..(((((.........)))))}))))))),)))),,{......,)