Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PHKA2_0000300

Sequence Length

1574 nt

GC Content

0.5457

AAAGCCAAGACGAACUUGACCAUUAUAUCAACCACCUUCUGCAAAGCACAUCGUUGAGGUCCUAUCUGCCUCCUCUUUGUAAGAACACAGAAGACCGCCAUGUCUUCAGUGCUAUCCACUCCACGCGGGACAUACUUUCUGUGAUGGCAAAAGCAAAGGGUUUGGAAGUUCCAUUUGUUCCCAUGACUUUGCCGACUAAAGUUCUAAGUGCCCACCGUAAAUCACUGAAUCUUGUUGAUUCUCCUCAGCCACUCCUAGAAAAGGUUCCUGAAAGUGACUUUCAGUGGCCCAGAGAUGACCAUGGUGACGUGGACUGUGAGAAGCUGGUUGAGCAGCUAAAAGAUUGUUCGAACCUACAGGACCAAGCAGACAUUCUGUACAUUCUUUAUGUCAUAAAGGGUCCCAGCUGGGACACAAAUCUCUCUGGACAGCACGGGGUCACCGUUCAAAACCUUCUUGGUGAGCUCUAUGGGAAAGCCGGCUUGAACCAGGAGUGGGGUCUGAUUCGCUACAUCUCAGGCCUUCUCAGGAAGAAAGUGGAGGUCCUGGCUGAGGCCUGCACAGACCUGCUUUCGCACCAGAAGCAGCUCACCGUGGGCCUGCCGCCCGAGCCCCGGGAGAAGAUCAUCUCUGCGCCCCUUCCCCCAGAGGAGCUCACAAAACUCAUCUACGAGGCCAGUGGGCAGGACAUCAGCAUUGCCGUCCUCACGCAGGAGAUUGUGGUUUACCUGGCCAUGUAUGUCAGGGCGCAGCCCAGCCUCUUUGUGGAGAUGCUGAGACUCCGGAUUGGACUGAUCAUUCAGGUGAUGGCCACGGAGCUGGCACGGAGCCUGAACUGCUCAGGAGAAGAGGCUUCUGAAAGUUUGAUGAACCUCAGCCCUUUCGAUAUGAAAAAUCUCCUGCACCAUAUUCUAAGUGGGAAAGAGUUUGGCGUUGAAAGAAGUGUGCGCCCUAUCCACUCCUCCACAUCCAGCCCUACCAUCUCCAUCCACGAGGUGGGCCAUACCGGAGUCACCAAAACUGAGAGGAGUGGCAUUAACAGACUGAGGAGUGAAAUGAAACAGAUGACUAGGCGGUUUAGUGCUGAUGAACAGUUCUUUUCUGUGGGCCAGGCCGCGUCCAGCAGUGCGCAUUCCUCCAAGUCUGCGAGGUCCAGCACCCCAUCCUCGCCCACUGGCACGUCAUCCUCAGACUCGGGAGGACAUCACAUCGGCUGGGGUGAGCGGCAGGGCCAGUGGCUGCGCAGGAGAAGGCUGGAUGGGGCCAUCAACAGGGUCCCCGUGGGAUUCUACCAGAGGGUGUGGAAGAUCCUCCAGAAGUGCCACGGUCUCUCCAUCGAUGGUUAUGUCCUCCCAUCCUCGACGACCCGAGAGAUGACCCCGCAUGAGAUCAAGUUUGCUGUCCAUGUCGAAUCGGUGCUGAACCGCGUGCCGCAGCCCGAGUACCGGCAGCUGCUGGUGGAAGCCAUCAUGGUGCUGACGCUGCUCUCGGACACGGAGAUGACCAGCAUCGGGGGCAUCAUCCACGUGGACCAGAUCGUGCAGAUGGCCAGUCAGCUGUUCUUGCAGGACCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-564.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -590.46

Frequency: 0.0000

Diversity: 384.38

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...((((..((((.((.(.((((..........((((((((...........(((((((((((((((((((.(((((.((.(((((...((((((......))))))((((.....))))...(((((((......)))))))..((((((..((..(((..((((...))))......))).))..)))))).......))))).((((............))))(((((.....)))))....((((((((.......((((((..((((.((((((((..(((..(((((((.(((((((....))))).(((((.......((((((((((((...)).)))))).)))))))))......(((((...)))))....(((((((...)))))))(((((....))))).....)))))))))....)))))))))))..)))).))))))...((((((((((.(((((((((.((((....((..(((.(((((((((...........)))))))))))).))......(((.(((.(((.....)))))).))))).)).))))))...)))..)).))))))))..((.((((((((....(((((((((((......))))((.((.((((......)))).)).)).....(((......)))((((((((((((((((((((((((((((((.(((.((((((((((((((((.....)))))).((((((.((((...))))(((((((((.(((((.........))))).......((((.(((((((((..((((((......)))).))..))))))).)).))))..)))))))))...(((((.((((......))))..)))))))))))...)))))))))).((((.......))))....((....(((((............)))))...))((((((((..............(((((((.......)))))))(((((.((....(((.......)))..)).)))))...........))))))))............)))...))))))..)))))))))).((((.......)))).(((...)))((.....)).((((.....((((((....)).))))....))))....)))).))))))))))..(((.((((.......)))).)))..........)))))))..)))))))).)))))))))).))))))).)))).)))))))))).)))))((((((((...))))))))..))))))))(((((.((((((((.((..(((...(((((((((...(((((((...(((.((((((((((......)))).))))....((((((.(((..((....))))))))).))....(((((........)))))((((((((.....)))..))))).)).))))))))))...(((((((........)))).)))))))).)))).)))))))))).))).))))))))).).)).)))).....))))..(((..((((....)))))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

..,(({{,({,...,|{(,({{{,........(((((((((...........(((((((((((((((((((.(((({{((.,{,.({{.((((((......)))))).|||.....|}||..,((,((({,,,,,,||}}||}.{((((((.,((..(((..((((...))))......))).)).,))))))},}.,,,)},,..,||||,,..,}}....|||,({{((..,..)))}|.,{,((((((({...,{,.,(((((..((((.((((((({..(({,.(((((((.({(({({.,,,|}||}.{((((....,..(((((((((({{...,}.))))))}}}))}}}}},.....(((({...)))))....,{{{{||,,,))}}}))(((((....))))).....}))))))))...,)}}})))))))..)))).)))))),},((((((((((.(((((((((.(({{,...{{..(((.{((((((((...........))))))))}))).}}......(((.(((,(({,,...}))))),)})}},)),))))))...}}},.)).)))))))),{((.((((((((....(((((((({((......})))|{.((.((({......)))).)).)}.....(((......)))((((((((((((((((((((((((((((((.(({.((((((((((((((((.....)))))).{{{(((,((((...}}}|(((((((({.,{|||.,,,,,...}}||}....,,.((((.(((((((((..((((((......)))).))..))))))).)).))))..}}}}}}})),|,{{{{{.{{{{.,,...)))),,))}}})))))}...)))))))))).((((.......))))....,,....(((((............)))))...},((((((((..............(((((((.......)))))))(((((.((..,,({,......,)}}..)).)))))...........))))))))............}}}...))))))..)))))))))).((((.......)))),(((...}}}{{,,,,.}}.((((.....((((((....)).))))....))))....)))).))))))))))..{({.(((({......}})),))}........,,))))))),.)))))))).)))))))))).)}))))).)))).)))))))))).)))))((((((((...))))))))..))))))))){(((......)))}....(({,(((((((.((((.((.(((..((((((((.((((((((......)))).))))....((((((.(({{,.,....,}))))))).})...,((((({{..,..{|||||(((((,{{{{{,,|||,.}}})){(((((...)))))}.||||||{..},},|,,.||}.}}))}})..,..))))))))))))))).,.)))))))))..))))))))))}}))),..}}}.}||||}||.},,}},,..,