Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PHKA2_0000400
Sequence Length
1744 nt
GC Content
0.5327
AGUAAAAUUAGGGAACCUUUCGGAAUUUCUCACCACAUCGUUCUACACAUAUCUGACUUUUCUGGAUCCAGACUGUGAUGAGAAGUUGUUUGACAAUGCCAGCGAAGGGACUUUCAGUCCUGAUAGUGAUUCAGAUUUGGUAGGAUAUCUGGAAGACACCUGUAAUCAAGAAAGCCAAGACGAACUUGACCAUUAUAUCAACCACCUUCUGCAAAGCACAUCGUUGAGGUCCUAUCUGCCUCCUCUUUGUAAGAACACAGAAGACCGCCAUGUCUUCAGUGCUAUCCACUCCACGCGGGACAUACUUUCUGUGAUGGCAAAAGCAAAGGGUUUGGAAGUUCCAUUUGUUCCCAUGACUUUGCCGACUAAAGUUCUAAGUGCCCACCGUAAAUCACUGAAUCUUGUUGAUUCUCCUCAGCCACUCCUAGAAAAGGUUCCUGAAAGUGACUUUCAGUGGCCCAGAGAUGACCAUGGUGACGUGGACUGUGAGAAGCUGGUUGAGCAGCUAAAAGAUUGUUCGAACCUACAGGACCAAGCAGACAUUCUGUACAUUCUUUAUGUCAUAAAGGGUCCCAGCUGGGACACAAAUCUCUCUGGACAGCACGGGGUCACCGUUCAAAACCUUCUUGGUGAGCUCUAUGGGAAAGCCGGCUUGAACCAGGAGUGGGGUCUGAUUCGCUACAUCUCAGGCCUUCUCAGGAAGAAAGUGGAGGUCCUGGCUGAGGCCUGCACAGACCUGCUUUCGCACCAGAAGCAGCUCACCGUGGGCCUGCCGCCCGAGCCCCGGGAGAAGAUCAUCUCUGCGCCCCUUCCCCCAGAGGAGCUCACAAAACUCAUCUACGAGGCCAGUGGGCAGGACAUCAGCAUUGCCGUCCUCACGCAGGAGAUUGUGGUUUACCUGGCCAUGUAUGUCAGGGCGCAGCCCAGCCUCUUUGUGGAGAUGCUGAGACUCCGGAUUGGACUGAUCAUUCAGGUGAUGGCCACGGAGCUGGCACGGAGCCUGAACUGCUCAGGAGAAGAGGCUUCUGAAAGUUUGAUGAACCUCAGCCCUUUCGAUAUGAAAAAUCUCCUGCACCAUAUUCUAAGUGGGAAAGAGUUUGGCGUUGAAAGAAGUGUGCGCCCUAUCCACUCCUCCACAUCCAGCCCUACCAUCUCCAUCCACGAGGUGGGCCAUACCGGAGUCACCAAAACUGAGAGGAGUGGCAUUAACAGACUGAGGAGUGAAAUGAAACAGAUGACUAGGCGGUUUAGUGCUGAUGAACAGUUCUUUUCUGUGGGCCAGGCCGCGUCCAGCAGUGCGCAUUCCUCCAAGUCUGCGAGGUCCAGCACCCCAUCCUCGCCCACUGGCACGUCAUCCUCAGACUCGGGAGGACAUCACAUCGGCUGGGGUGAGCGGCAGGGCCAGUGGCUGCGCAGGAGAAGGCUGGAUGGGGCCAUCAACAGGGUCCCCGUGGGAUUCUACCAGAGGGUGUGGAAGAUCCUCCAGAAGUGCCACGGUCUCUCCAUCGAUGGUUAUGUCCUCCCAUCCUCGACGACCCGAGAGAUGACCCCGCAUGAGAUCAAGUUUGCUGUCCAUGUCGAAUCGGUGCUGAACCGCGUGCCGCAGCCCGAGUACCGGCAGCUGCUGGUGGAAGCCAUCAUGGUGCUGACGCUGCUCUCGGACACGGAGAUGACCAGCAUCGGGGGCAUCAUCCACGUGGACCAGAUCGUGCAGAUGGCCAGUCAGCUGUUCUUGCAGGACCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-609.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -637.24
Frequency: 0.0000
Diversity: 400.35
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((...)))..((...((((((((..((((.((((.(((......(((.((((...((((.((((((.(((((..............)))))...)).)))).))))(((((...))))).))))))).....))).))))))))..))))))))...((((....(((((((((...(((.....((.(((((........(((((((((...........(((((((((((((((((((.(((((.((.(((((...((((((......))))))((((.....))))...(((((((......)))))))..((((((..((..(((..((((...))))......))).))..)))))).......))))).((((............))))(((((.....)))))....((((((((.......((((((..((((.((((((((..(((..(((((((.(((((((....))))).(((((.......((((((((((((...)).)))))).)))))))))......(((((...)))))....(((((((...)))))))(((((....))))).....)))))))))....)))))))))))..)))).))))))...((((((((((.(((((((((.((((....((..(((.(((((((((...........)))))))))))).))......(((.(((.(((.....)))))).))))).)).))))))...)))..)).))))))))..((.((((((((....(((((((((((......))))((.((.((((......)))).)).)).....(((......)))((((((((((((((((((((((((((((((.(((.((((((((((((((((.....)))))).((((((.((((...))))(((((((((.(((((.........))))).......((((.(((((((((..((((((......)))).))..))))))).)).))))..)))))))))...(((((.((((......))))..)))))))))))...)))))))))).((((.......))))....((....(((((............)))))...))((((((((..............(((((((.......)))))))(((((.((....(((.......)))..)).)))))...........))))))))............)))...))))))..)))))))))).((((.......)))).(((...)))((.....)).((((.....((((((....)).))))....))))....)))).))))))))))..(((.((((.......)))).)))..........)))))))..)))))))).)))))))))).))))))).)))).)))))))))).)))))((((((((...))))))))..)))))))))((((......))))....(((.(((((((.((((.((.(((..((((((((.((((((((......)))).))))....((((((.(((..((....))))))))).))....(((((........)))))((((((((.....)))..)))))((((((...)))))).(((((((......(((.((....))))).....)))))))))))))))...)))))))))..))))))))))))))).))))).))).)))))))))).))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
(,,...,}|.,({...((((((((..{(((.((((.(((......(((.((((...((((.(((({{.(((((...........,,,)))))...,,.)))).))))(((((...))))).))))))).....))).))))))))..))))))))...(((({...{((((((((...(((.....((.(((((........(((((((((...........(((((((((((((((((((.(((({{((.,{,.({{.((((((......)))))).|||.....|}||..,((,((({,,,,,,||}}||}.{((((((.,((..(((..((((...))))......))).)).,))))))},}.,,,)},,..,||||,,..,}}....|||,({{((..,..)))}|.,{,((((((({...,{,.,(((((..((((.((((((({..(({,.(((((((.({(({({.,,,|}||}.{((((....,..(((((((((({{...,}.))))))}}}))}}}}},.....(((({...)))))....,{{{{||,,,))}}}))(((((....))))).....}))))))))...,)}}})))))))..)))).)))))),},((((((((((.(((((((((.(({{,...{{..(((.{((((((((...........))))))))}))).}}......(((.(((,(({,,...}))))),)})}},)),))))))...}}},.)).)))))))),{((.((((((((....(((((((({((......})))|{.((.((({......)))).)).)}.....(((......)))((((((((((((((((((((((((((((((.(({.((((((((((((((((.....)))))).{{{(((,((((...}}}|(((((((({.,{|||.,,,,,...}}||}....,,.((((.(((((((((..((((((......)))).))..))))))).)).))))..}}}}}}})),|,{{{{{.{{{{.,,...)))),,))}}})))))}...)))))))))).((((.......))))....,,....(((((............)))))...},((((((((..............(((((((.......)))))))(((((.((..,,({,......,)}}..)).)))))...........))))))))............}}}...))))))..)))))))))).((((.......)))),(((...}}}{{,,,,.}}.((((.....((((((....)).))))....))))....)))).))))))))))..{({.(((({......}})),))}........,,))))))),.)))))))).)))))))))).)}))))).)))).)))))))))).)))))((((((((...))))))))..))))))))){(((......)))}....(({,(((((((.((((.((.(((..((((((((.((((((((......)))).))))....((((((.(({{,.,....,}))))))).})...,((((({{..,..{|||||(((((,,{{{{,,|||,.}}})}((((((...)))))}.||||||{..}}}}|{{.||}.}}))},).....))))))))))))))).}.)))))))))..))))))))))))))).}}))).))).)))))))))).))..
Back