Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PHKA2_0001300

Sequence Length

885 nt

GC Content

0.5390

GUUCCUGAAAGUGACUUUCAGUGGCCCAGAGAUGACCAUGGUGACGUGGACUGUGAGAAGCUGGUUGAGCAGCUAAAAGAUUGUUCGAACCUACAGGACCAAGCAGACAUUCUGUACAUUCUUUAUGUCAUAAAGGGUCCCAGCUGGGACACAAAUCUCUCUGGACAGCACGGGGUCACCGUUCAAAACCUUCUUGGUGAGCUCUAUGGGAAAGCCGGCUUGAACCAGGAGUGGGGUCUGAUUCGCUACAUCUCAGGCCUUCUCAGGAAGAAAGUGGAGGUCCUGGCUGAGGCCUGCACAGACCUGCUUUCGCACCAGAAGCAGCUCACCGUGGGCCUGCCGCCCGAGCCCCGGGAGAAGAUCAUCUCUGCGCCCCUUCCCCCAGAGGAGCUCACAAAACUCAUCUACGAGGCCAGUGGGCAGGACAUCAGCAUUGCCGUCCUCACGCAGGAGAUUGUGGUUUACCUGGCCAUGUAUGUCAGGGCGCAGCCCAGCCUCUUUGUGGAGAUGCUGAGACUCCGGAUUGGACUGAUCAUUCAGGUGAUGGCCACGGAGCUGGCACGGAGCCUGAACUGCUCAGGAGAAGAGGCUUCUGAAAGUUUGAUGAACCUCAGCCCUUUCGAUAUGAAAAAUCUCCUGCACCAUAUUCUAAGUGGGAAAGAGUUUGGCGUUGAAAGAAGUGUGCGCCCUAUCCACUCCUCCACAUCCAGCCCUACCAUCUCCAUCCACGAGGUGGGCCAUACCGGAGUCACCAAAACUGAGAGGAGUGGCAUUAACAGACUGAGGAGUGAAAUGAAACAGAUGACUAGGCGGUUUAGUGCUGAUGAACAGUUCUUUUCUGUGGGCCAGGCCGCGUCCAGCAGUGCGCAUUCCUCCAAGUCUGCG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-307.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -322.23

Frequency: 0.0000

Diversity: 162.32

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.(((((((...))))))).)))(((((..((.(((((....)))))..((((....(((((((((((((((...)).)))))))).......(((((..(((((...))))).....((((((...)))))))))))((((((((((.((..(((.((((((..(.((((.....)))).)....(((((((((((((((....((.....)))))))..)))))))).))(((((((...........))))))).)).)))).)))...))...))))))))))((((((((...((.(((((((.......))))))).))...))))))))((.(((.(.((((..((((((((.(..(((((.(........).)))))..((((((....(((......)))....)))))).(..((((((((((((((((.(((.((((((((((((((((.....)))))).((((((.((((...))))(((((((((.(((((.........))))).......((((.(((((((((..((((((......)))).))..))))))).)).))))..)))))))))...(((((.((((......))))..)))))))))))...)))))))))).((((.......))))....((....(((((............)))))...))((((((((..............(((((((.......)))))))(((((.((....(((.......)))..)).)))))...........))))))))............)))...))))))..))))))))))..).).))))))))..))))).))).))..)))))....))))......))..)))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((.(((((((...))))))).)))(((((..((.....((.,,.(((.(((((..((.({.(((((((((({{...,}.))))))})}))..,.(((((..(((((...})))).....(((({|...}))))))))))((((((((((.{...(((,{((((,..{.((((.....)))).,....(({((((((((((((....((.....)))))))..)))))))).}|(((((((...........))))))),}},)))).)))...},...))))))))))((((((((...((.((((((({......))))))).))...)))))))){{.(((.(.((((..((((((((.{.,(((((.(........}.))))),.((((((....(((......)))....)))))).(..((((((((((((((((.(({.((((((((((((((((.....)))))).{{((((,((((...}}}|(((((((({.,{|||.,,,,,...}}||}....,,.((((.(((((((((..((((((......)))).))..))))))).)).))))..}}}}}}})),|,{{{{{.{{{{.,,...)))),,))}}})))))}...)))))))))).((((.......))))....,,....(((((............)))))...},((((((((..............(((((((.......)))))))(((((.((..,,({,......,)}}..)).)))))...........))))))))............}}}...))))))..))))))))))..).}.))))))))..))))).))).)).))..))))).))).,,))..))..)))).)