Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PHKA2_0001600

Sequence Length

1397 nt

GC Content

0.5018

CAAAUGAUGGCUCAGACAUUCAUUCUGCUGUGCUCUCCACAAUUAGAAAACUAGAGGAUGGAUAUUUUGGAGGAGCCAGAGUAAAAUUAGGGAACCUUUCGGAAUUUCUCACCACAUCGUUCUACACAUAUCUGACUUUUCUGGAUCCAGACUGUGAUGAGAAGUUGUUUGACAAUGCCAGCGAAGGGACUUUCAGUCCUGAUAGUGAUUCAGAUUUGGUAGGAUAUCUGGAAGACACCUGUAAUCAAGAAAGCCAAGACGAACUUGACCAUUAUAUCAACCACCUUCUGCAAAGCACAUCGUUGAGGUCCUAUCUGCCUCCUCUUUGUAAGAACACAGAAGACCGCCAUGUCUUCAGUGCUAUCCACUCCACGCGGGACAUACUUUCUGUGAUGGCAAAAGCAAAGGGUUUGGAAGUUCCAUUUGUUCCCAUGACUUUGCCGACUAAAGUUCUAAGUGCCCACCGUAAAUCACUGAAUCUUGUUGAUUCUCCUCAGCCACUCCUAGAAAAGGUUCCUGAAAGUGACUUUCAGUGGCCCAGAGAUGACCAUGGUGACGUGGACUGUGAGAAGCUGGUUGAGCAGCUAAAAGAUUGUUCGAACCUACAGGACCAAGCAGACAUUCUGUACAUUCUUUAUGUCAUAAAGGGUCCCAGCUGGGACACAAAUCUCUCUGGACAGCACGGGGUCACCGUUCAAAACCUUCUUGGUGAGCUCUAUGGGAAAGCCGGCUUGAACCAGGAGUGGGGUCUGAUUCGCUACAUCUCAGGCCUUCUCAGGAAGAAAGUGGAGGUCCUGGCUGAGGCCUGCACAGACCUGCUUUCGCACCAGAAGCAGCUCACCGUGGGCCUGCCGCCCGAGCCCCGGGAGAAGAUCAUCUCUGCGCCCCUUCCCCCAGAGGAGCUCACAAAACUCAUCUACGAGGCCAGUGGGCAGGACAUCAGCAUUGCCGUCCUCACGCAGGAGAUUGUGGUUUACCUGGCCAUGUAUGUCAGGGCGCAGCCCAGCCUCUUUGUGGAGAUGCUGAGACUCCGGAUUGGACUGAUCAUUCAGGUGAUGGCCACGGAGCUGGCACGGAGCCUGAACUGCUCAGGAGAAGAGGCUUCUGAAAGUUUGAUGAACCUCAGCCCUUUCGAUAUGAAAAAUCUCCUGCACCAUAUUCUAAGUGGGAAAGAGUUUGGCGUUGAAAGAAGUGUGCGCCCUAUCCACUCCUCCACAUCCAGCCCUACCAUCUCCAUCCACGAGGUGGGCCAUACCGGAGUCACCAAAACUGAGAGGAGUGGCAUUAACAGACUGAGGAGUGAAAUGAAACAGAUGACUAGGCGGUUUAGUGCUGAUGAACAGUUCUUUUCUGUGGGCCAGGCCGCGUCCAGCAGUGCGCAUUCCUCCAAGUCUGCG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-442.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -467.51

Frequency: 0.0000

Diversity: 485.79

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(........)(.((((((((((((((.((((..(((........)))..)).)))))))))))...((((((((((...........((((....((((((((..((((.((((.(((......(((.((((...((((.((((((.(((((..............)))))...)).)))).))))(((((...))))).))))))).....))).))))))))..))))))))...))))...........))((((.....))))..................((((((((((.........(((((.......)))))..)))))).))))((((((((((((((..(((.((.((..(((.(((((((((.(((.((((((((..((..(((((((..((..(((..((((...))))......))).))..))))))))).))))).....))))))..)))........(((((.....)))))......(((((((((....((((((..((((.((((((((..(((..(((((((.(((((((....))))).(((((.......((((((((((((...)).)))))).)))))))))......(((((...)))))....(((((((...)))))))(((((....))))).....)))))))))....)))))))))))..)))).)))))).(((((((.((((((((.......((((.((...(((((((((((((((...........)))))))(((((.(((((...((((((((..((((..((((((((...((.(((((((.......))))))).))...))))))))))))((((.....))))........))))))))....)))))....)))))((((((....(((......)))....))))))(((((..((....))..)))))...((((((((((((((((.....)))))).((((((.((((...))))(((((((((.(((((.........))))).......((((.(((((((((..((((((......)))).))..))))))).)).))))..)))))))))...(((((.((((......))))..)))))))))))...)))))))))).((((.......))))..........(((((............)))))....)))))))).....)).))))...(((((((.......))))))).))))...))))))))))).......))))))))).............))))))..)))..)).)).)))..))))))).((.((((.....)))).)).)))))))(((...)))((((.(....).))))..))))))))))))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(........)(.((((((((((((((.{{((..(((........)))..)).}})))))))))...((((((((({{,,.{{,...,{((({,,,{{{{{((({{((((.((((.(({,,{{{,({(,{(((,{,((({.((({{{.{{{{{,,,,.,.,,,,|||}}}}}...,,.}}}).})}|(((((...))))),}}}}}}}..,}}))}.))))})))},}})))}}}...,}||,..{{{{{...{.,..,.,...))))}.....,,..,....,..{({(((,,{{,,,...,..(((((.......)))))..)}}}}}.,}},((({((((((,,,,..|||}||.|||.,...{{{{(({(({((({,...,,|}}}}}}.|||{{{{.|||..|||..{|||,,,)))}...,,}))).)),.))))))|||..,,||{,..{||{|,,,{{||...,{{{{({{((..,,,}}}}|{{{{{{(((((((((.,..,(((((..((((.(((((({{,.(({,.(((((((.({(((((,,,,|}||}.{((((....,..(((((((((({{...,}.))))))}}}))}}}}},,....(((({...)))))....,{{{{||,,,))}}}))(((((....))))).....}}))))))).,.,)}}})))))))..)))).)))))},{(((((({((((.{((....{|,((((.{{.,.{{((({(((((((((...........))))))){{({|,,|,|{,..{(({{(({,{|{{{.,{(((({((...((.(((({{{{......))))))).))...)))))))},},}||,|.||}|}|||,{,,{..,,}}}}}|,,,,,||||,,.,.}})),((((((....(((......)))....)))))){((((.,{{,,,,,|,,|}}}}..,((((((({({{{((({....,)))}}).||||||,||{{..,)}}|((({((({|.,||||,,}}}}.,,|||||,..,||.((((.({(((((((..((((({......}))).))..))))))}.}}.)))),,|||||||}}|||{{,{{.{{{,.,,,,.)))),,))}}}|||}}}...}})))))))}.||||.,,,,..})))},..,,|,..(((((............)))))....)))))))),....}).))))...(((((((.......))))))),)}},.}}))))))}}}},...,...)))))))))..........}))))))}}.,},},.,),),,)),..}))))),.,|}|||{..},,)))).}}.,})}}}}(((...))}{{||.|..,.}.)}))..))))))))))))).)