Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PHKA2_0001900
Sequence Length
1974 nt
GC Content
0.4954
GUAGAUGAAGAGUACAAGAAUCCUCACACAGUAGACCGAGUUCCUAUGGGGAAGGUGCCUCAUCUGUGGGGCCAAUCCUUGUACAUCCUCAGCUCGCUGUUGGCAGAGGGAUUCCUUGCCGCUGGUGAAAUCGAUCCCUUAAAUAGAAGAUUUUCCACUUCAGUCAAACCUGAUGUUGUAGUACAAGUUACUGUUUUGGCAGAAAACAAUCACAUUAAGGACUUAUUGAGGAAACACGGGGUGAACGUCCAGAGUAUCGCGGACAUUCAUCCAAUUCAAGUCCAGCCGGGCCGGAUUCUUAGUCACAUAUAUGCCAAGCUUGGACGGAAUAAGAAUAUGAAUUUGAGUGGGCGACCGUAUCGACAUAUUGGUGUCCUUGGAACCUCUAAACUAUAUGUGAUUAGGAACCAAAUCUUUACUUUUACACCCCAGUUCACCGACCAGCAUCACUUCUACCUGGCCCUCGACAAUGAGAUGAUCGUGGAGAUGCUAAGGAUCGAGCUGGCCUACCUGUGCACCUGCUGGAGGAUGACGGGCAGACCCACACUCACCUUCCCCAUCAGUCGCACCAUGCUCACAAAUGAUGGCUCAGACAUUCAUUCUGCUGUGCUCUCCACAAUUAGAAAACUAGAGGAUGGAUAUUUUGGAGGAGCCAGAGUAAAAUUAGGGAACCUUUCGGAAUUUCUCACCACAUCGUUCUACACAUAUCUGACUUUUCUGGAUCCAGACUGUGAUGAGAAGUUGUUUGACAAUGCCAGCGAAGGGACUUUCAGUCCUGAUAGUGAUUCAGAUUUGGUAGGAUAUCUGGAAGACACCUGUAAUCAAGAAAGCCAAGACGAACUUGACCAUUAUAUCAACCACCUUCUGCAAAGCACAUCGUUGAGGUCCUAUCUGCCUCCUCUUUGUAAGAACACAGAAGACCGCCAUGUCUUCAGUGCUAUCCACUCCACGCGGGACAUACUUUCUGUGAUGGCAAAAGCAAAGGGUUUGGAAGUUCCAUUUGUUCCCAUGACUUUGCCGACUAAAGUUCUAAGUGCCCACCGUAAAUCACUGAAUCUUGUUGAUUCUCCUCAGCCACUCCUAGAAAAGGUUCCUGAAAGUGACUUUCAGUGGCCCAGAGAUGACCAUGGUGACGUGGACUGUGAGAAGCUGGUUGAGCAGCUAAAAGAUUGUUCGAACCUACAGGACCAAGCAGACAUUCUGUACAUUCUUUAUGUCAUAAAGGGUCCCAGCUGGGACACAAAUCUCUCUGGACAGCACGGGGUCACCGUUCAAAACCUUCUUGGUGAGCUCUAUGGGAAAGCCGGCUUGAACCAGGAGUGGGGUCUGAUUCGCUACAUCUCAGGCCUUCUCAGGAAGAAAGUGGAGGUCCUGGCUGAGGCCUGCACAGACCUGCUUUCGCACCAGAAGCAGCUCACCGUGGGCCUGCCGCCCGAGCCCCGGGAGAAGAUCAUCUCUGCGCCCCUUCCCCCAGAGGAGCUCACAAAACUCAUCUACGAGGCCAGUGGGCAGGACAUCAGCAUUGCCGUCCUCACGCAGGAGAUUGUGGUUUACCUGGCCAUGUAUGUCAGGGCGCAGCCCAGCCUCUUUGUGGAGAUGCUGAGACUCCGGAUUGGACUGAUCAUUCAGGUGAUGGCCACGGAGCUGGCACGGAGCCUGAACUGCUCAGGAGAAGAGGCUUCUGAAAGUUUGAUGAACCUCAGCCCUUUCGAUAUGAAAAAUCUCCUGCACCAUAUUCUAAGUGGGAAAGAGUUUGGCGUUGAAAGAAGUGUGCGCCCUAUCCACUCCUCCACAUCCAGCCCUACCAUCUCCAUCCACGAGGUGGGCCAUACCGGAGUCACCAAAACUGAGAGGAGUGGCAUUAACAGACUGAGGAGUGAAAUGAAACAGAUGACUAGGCGGUUUAGUGCUGAUGAACAGUUCUUUUCUGUGGGCCAGGCCGCGUCCAGCAGUGCGCAUUCCUCCAAGUCUGCG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-615.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -651.07
Frequency: 0.0000
Diversity: 661.81
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(.(((.((.........)).)))))).((((((.(((....((((((((..(.((((((....)))))))..))))))))....))).((.((((((((((.((((((((..(((((...)))))....)))))))).....((((........)))).........((((((.((.((.((((((..(((((((((..................(((((...((((........(((((((.((((.((...))..)))).)))))))..)))))))))...((((..((.(((((((((((((((......((.(((((.((..((((.((((.(((((((.(((....)))..))))...))).)))).))))...))))))).)))))))))))))))))))...((((((.((((((...(((((((.((....((((((...(((((......(((......)))......)))))))))))..))...))))))).......((((..(((.(((.((((((.(((....)))....)))...)))))).)))..))))(((........))).((((((...((((((((((.((((..(((........)))..)).)))))))))).....))...))))))..)))))).))))))..((((((((..((((.((((.(((......(((.((((...((((.((((((.(((((..............)))))...)).)))).))))(((((...))))).))))))).....))).))))))))..))))))))...))))...........))))))))))))))))).)).))))))......((((((((((.........(((((.......)))))..)))))).))))((((((((((((((..(((.((.((..(((.(((((((((.(((.((((((((..((..(((((((..((..(((..((((...))))......))).))..))))))))).))))).....))))))..)))........(((((.....)))))......(((((((((....((((((..((((.((((((((..(((..(((((((.(((((((....))))).(((((.......((((((((((((...)).)))))).)))))))))......(((((...)))))....(((((((...)))))))(((((....))))).....)))))))))....)))))))))))..)))).)))))).(((((((.((((((((.......((((.((...(((((((((((((((...........)))))))(((((.(((((...((((((((..((((..((((((((...((.(((((((.......))))))).))...))))))))))))((((.....))))........))))))))....)))))....)))))((((((....(((......)))....))))))(((((..((....))..)))))...((((((((((((((((.....)))))).((((((.((((...))))(((((((((.(((((.........))))).......((((.(((((((((..((((((......)))).))..))))))).)).))))..)))))))))...(((((.((((......))))..)))))))))))...)))))))))).((((.......))))..........(((((............)))))....)))))))).....)).))))...(((((((.......))))))).))))...))))))))))).......))))))))).............))))))..)))..)).)).)))..))))))).((.((((.....)))).)).)))))))(((...)))..).))))))))).))..........)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({(.(((.(((((((((.,{(((({((,{(.,((({...{{{({.,,}))}}}|},,,,,...}})))))...,}.))))))).)).))}.}).})(({,((({{(((....)))))))}.{((.{(((((..,,.........},.)))))}))}{.((((,.....}))},|{,{{.,.,,,..,},|((({{{..,..}))))}...,,.....((((((...((((({.....(((((((.((((.(,...,)..)))).))))))).......((((....)))).((.((((((((((((((((.,{{,.,.,|||{.((..{{,,,((((,,,,((((.(((....)))..))))}}}))).})))})|||{,.,,))))).,))))))))))))))))))...................(((((((.{(,,,,((((((...(((((......(((......)))......)))))))))))..)).,,)))))))......((((((,,(((((((,(,{{.(((,(.{.((({((..,...,...,((((((,{((.,,,|,|.......|}}}|}..{{{{.{((((((((.{{((,.(((........)))..}).}})))))))}|,,||||((((((.((({,,.....{{(({..{((({(((({{((((,({((,(((..,,,.{{{.,{{{.,.{{{,.{{|||,.{|||,}}}}.}}}}}}}}}}}}}}....,.}}}|,||}|(((((...)))))}||}}|||..,|{||}.||||,}||,,|}|||}}}...,}}},..{{{{{...{.,..,.}...))))},,,..,,,}}.},,,...}}||,..,})},.}})}}||||}},,.})}),))))))|,{{{.....,||}||(((({{{{..|||,||.((,.,,,.{{{{{{,((,(((,,,,,,,||}}||,.{((((((.,((..(((..((((...))))......))).)).,))))))}}}.}}}}},...,||||}}.,||}....,,,,(((((.....)))))..,,,,(((((((((.,..,(((((..((((.((((({{|,.{({,.(((((((.({(((((,,,,|}|||.{((((....,,.(((((((((({{...,}.))))))}}}))}}}}},,....(((({...)))))....,{{{{||,,,))}}}))(((((....))))).....}})))))))...})}}})))))))..)))}.}))))},{{(((({{((({.{((,...{|,(({{.{{...{{((({{((((((({...........))))))){(({{.,|,{{...{{({|(({|||{{{.,{(((((((...((.(((({{{{......))))))).))...)))))))}|}.|||,|.||||}|||{{{{{,.,.}}}|||,|,,,||||,,.,.)})).((((((....(((......)))....)))))),{{{(,,{{{{{,,|,,|}}}|,.,((((((({(({{((({....,)))})).||{|||,||{{..,)}}|((({((({{.,||||,,}}}}.,,|||||,..,||.((((.(((((((((..((((({......)))).))..))))))).}}.)))),,||}||||}}|||{{,{{.{{{,.,,,,.)))),,))}}}}||}}}...}})))))))}.||||.,,,...})))},..,,|,..(((((............)))))....}})))}})|....}}.}))}...(((((((.......))))))),)}},.}}))))))}}}},...,...)))))))))..........,}}))))))..,,,..}).)}.)))..))))))}}.))))))}})..,,}..,,...,)))))),}.),)))),))))))))))))))}))))).)))))))))
Back