Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PHKA2_0002100
Sequence Length
2193 nt
GC Content
0.4943
GACCCUAAUCGACUGCAUUAUGACCCUGCUGAACUCAAGCUCUUCGAAAACAUUGAAUGUGAGUGGCCUGUGUUUUGGACAUAUUUUAUAAUAGAUGGAGUCUUCAGUGGUGAUGCUGUUCAGGUCCAAGAAUACCGAGAGGCCCUGGAGGGAAUACUCAUCAGAGGCAAGAAUGGGAUCCGCCUGGUGCCUGAACUCUACGCUGUCCCGCCUAACAAGGUAGAUGAAGAGUACAAGAAUCCUCACACAGUAGACCGAGUUCCUAUGGGGAAGGUGCCUCAUCUGUGGGGCCAAUCCUUGUACAUCCUCAGCUCGCUGUUGGCAGAGGGAUUCCUUGCCGCUGGUGAAAUCGAUCCCUUAAAUAGAAGAUUUUCCACUUCAGUCAAACCUGAUGUUGUAGUACAAGUUACUGUUUUGGCAGAAAACAAUCACAUUAAGGACUUAUUGAGGAAACACGGGGUGAACGUCCAGAGUAUCGCGGACAUUCAUCCAAUUCAAGUCCAGCCGGGCCGGAUUCUUAGUCACAUAUAUGCCAAGCUUGGACGGAAUAAGAAUAUGAAUUUGAGUGGGCGACCGUAUCGACAUAUUGGUGUCCUUGGAACCUCUAAACUAUAUGUGAUUAGGAACCAAAUCUUUACUUUUACACCCCAGUUCACCGACCAGCAUCACUUCUACCUGGCCCUCGACAAUGAGAUGAUCGUGGAGAUGCUAAGGAUCGAGCUGGCCUACCUGUGCACCUGCUGGAGGAUGACGGGCAGACCCACACUCACCUUCCCCAUCAGUCGCACCAUGCUCACAAAUGAUGGCUCAGACAUUCAUUCUGCUGUGCUCUCCACAAUUAGAAAACUAGAGGAUGGAUAUUUUGGAGGAGCCAGAGUAAAAUUAGGGAACCUUUCGGAAUUUCUCACCACAUCGUUCUACACAUAUCUGACUUUUCUGGAUCCAGACUGUGAUGAGAAGUUGUUUGACAAUGCCAGCGAAGGGACUUUCAGUCCUGAUAGUGAUUCAGAUUUGGUAGGAUAUCUGGAAGACACCUGUAAUCAAGAAAGCCAAGACGAACUUGACCAUUAUAUCAACCACCUUCUGCAAAGCACAUCGUUGAGGUCCUAUCUGCCUCCUCUUUGUAAGAACACAGAAGACCGCCAUGUCUUCAGUGCUAUCCACUCCACGCGGGACAUACUUUCUGUGAUGGCAAAAGCAAAGGGUUUGGAAGUUCCAUUUGUUCCCAUGACUUUGCCGACUAAAGUUCUAAGUGCCCACCGUAAAUCACUGAAUCUUGUUGAUUCUCCUCAGCCACUCCUAGAAAAGGUUCCUGAAAGUGACUUUCAGUGGCCCAGAGAUGACCAUGGUGACGUGGACUGUGAGAAGCUGGUUGAGCAGCUAAAAGAUUGUUCGAACCUACAGGACCAAGCAGACAUUCUGUACAUUCUUUAUGUCAUAAAGGGUCCCAGCUGGGACACAAAUCUCUCUGGACAGCACGGGGUCACCGUUCAAAACCUUCUUGGUGAGCUCUAUGGGAAAGCCGGCUUGAACCAGGAGUGGGGUCUGAUUCGCUACAUCUCAGGCCUUCUCAGGAAGAAAGUGGAGGUCCUGGCUGAGGCCUGCACAGACCUGCUUUCGCACCAGAAGCAGCUCACCGUGGGCCUGCCGCCCGAGCCCCGGGAGAAGAUCAUCUCUGCGCCCCUUCCCCCAGAGGAGCUCACAAAACUCAUCUACGAGGCCAGUGGGCAGGACAUCAGCAUUGCCGUCCUCACGCAGGAGAUUGUGGUUUACCUGGCCAUGUAUGUCAGGGCGCAGCCCAGCCUCUUUGUGGAGAUGCUGAGACUCCGGAUUGGACUGAUCAUUCAGGUGAUGGCCACGGAGCUGGCACGGAGCCUGAACUGCUCAGGAGAAGAGGCUUCUGAAAGUUUGAUGAACCUCAGCCCUUUCGAUAUGAAAAAUCUCCUGCACCAUAUUCUAAGUGGGAAAGAGUUUGGCGUUGAAAGAAGUGUGCGCCCUAUCCACUCCUCCACAUCCAGCCCUACCAUCUCCAUCCACGAGGUGGGCCAUACCGGAGUCACCAAAACUGAGAGGAGUGGCAUUAACAGACUGAGGAGUGAAAUGAAACAGAUGACUAGGCGGUUUAGUGCUGAUGAACAGUUCUUUUCUGUGGGCCAGGCCGCGUCCAGCAGUGCGCAUUCCUCCAAGUCUGCG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-683.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -722.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 708.95
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((....(((((((..(((...(((((..(((((.....(((((.....)))))..)))))((((((((.((((((((..(((((........((.((((((.(((((((...(((((........)))))((((((((((((((((((..(((((.(((.(((((.....((......))...)))))....(((((..(((........)))..)))))))).)))))......))))).(((((((((..((((....((((((((((((.......((((((.......(((((.((((((((((..(.(((..(((((((((((..(((((...)))))....)))))))......((((((((....(((((((....((((((((.((((......))))((((((.....))))))...))))).)))....))))))).......(((((((.((((.((...))..)))).))))))).......((((....)))).((.(((((((((((((((......((.(((((.((..((((.((((.(((((((.(((....)))..))))...))).)))).))))...))))))).)))))))))))))))))))))))))))...........(((((((.((....((((((...(((((......(((......)))......)))))))))))..))...))))))).....))))))))..))).))))))))))))....))))))..))))))))))))..(((...((((.(........)))))....)))))))..)))))))))...(((((..((((....))))..).))))((((((((.....))))))))....)))))..))))))))......)))))))...(((((((.((.((((((((((.((((((.(((((..............)))))...)).)))).))))(((((...)))))..........)))))).))))))))).....)))))).))((((((((((...(......)...)))))...)))))(((((((.(((((((...))(((..(..(((((.......)))))..)..))).....(((.((((((......)))))).))).....(((((((((.((.((..(((((..((..(((((((..((..(((..((((...))))......))).))..))))))))).))))).....)).))((((((..(((.(((......(((((......))))).............((((.(((((((...))))))).))))))).)))....)))))).))))))..)))))))).))))))).....)))))...))))))))..)))))).)).))))).)))..))))..........)))....))))))((((((.(((.........((((((((.((((((.....))))..........(.(((((((((((.(((((((((.((((....((..(((.(((((((((...........)))))))))))).))......(((.(((.(((.....)))))).))))).)).))))))...)))..)).))))))))).)((((((..((((((((((((((.((((...............)))).))).).)).))))......(((......)))(((....)))....((((((((((((((((.(((.((((((((((((((((.....)))))).((((((.((((...))))(((((((((.(((((.........))))).......((((.(((((((((..((((((......)))).))..))))))).)).))))..)))))))))...(((((.((((......))))..)))))))))))...)))))))))).((((.......))))....((....(((((............)))))...))((((((((..............(((((((.......)))))))(((((.((....(((.......)))..)).)))))...........))))))))............)))...))))))..)))))))))).((((.......)))))))))))))))))))))).))..........))).)).))).)
Thermodynamic Ensemble Prediction
({{.......{{{{((,..,,,.,,{{((((.{{,{..||..{(({{.....}}}}}.|}}}{{(((((({((({{(({(.,{{{{,.....||||||}||{,,{{{{{,||}}})}}||,,|)))|}|||}}}}.,,..(((((,(((((((((..((((((((((({,(,,((((({(,((.((((((,,({(((({.{{{(((...((({....}))).),||,.|||,.......}}|}}.,|||||.|,..}}}}}},,((((((((((((.......((((((......{({{((.(((((((((({{({((,{((({{(((,,,,)))))))}.})))))....,,|}}||,.....{{{{||{{,,..{{(((((....{{({((((.({,{,,....,|,|((({{{.,,.,})))),...))))),,))..,.}})))}}.......(((((((.((((.(,...,)..)))).))))))).......{{{(.,..}}}}.((.((((((((((((((((.,{{,.,.,|||{.((..{{,,,((((,,,,((((.(((....)))..))))}}}))).})))})|||{,.,,))))).,)))))))))))))))))),,},,,,,...........(((((((.{{,,,,((((((...(((((......(((......)))......)))))))))))..)).},)))))))....,}}),)}....)))}})))))))))))....))))))..)))))))))))).}}..)))))).)).....,{((((((((({({.{{(((((((.{{((..(((........)))..}).}}))))))))|(((((((.....)))))))}....{{((,...((((((((..((((.((((.(((......(((.((((...((((.(((({{.(({{(...,.,..,,,,,,}}}}}...,,.)))).))))(((((...))))).))))))).....))).))))))))..))))))))...)))},..{{{{{...{.,,,,.,...))))}..................})))...))).)))))))},))))))))))))))}.{{{,{{{.,,,,||{|||((((((((..(((.((.((..,,,.((((((,((,(((,{{{{{{{|,,||,.{((((((..((..(((..((((...))))......))).))..))))))}}}.}}})}.....))}}}}..}}}....,,,.(((((.....)))))...,,,(((((((((.,..,(((((..((((.(((((({|,.(({,.(((((((.({(((((,,,,|}||}.{((((....,,.(((((((((({{...,}.))))))}}}))}}}}},,....(((({...)))))....,{{{{||,,,))}}}))(((((....))))).....}}))))))).,.})}}})))))))..)))}.}))))}.{(((((({((((.{((,...{{,((((.{{...{{((({(((((((((...........))))))){{{{|,||,{{,..((({{(({,{,{{{.,{{{||{{{,,.((.(((({{{{......))))))).)).,,)}|||}}},},}||{|.}}}}}|||,{,,{...,}}))}|,,|,{||||,....}})),((((((....(((......)))....)))))){{(((.,{{,,,,,|..}}}}}..,(((((({{{{{|((({....,)))}}),||||||,||{{.,,)}}|{((|((({|.,||||,,}}}},{,||||{,..,||.((((.{{(((((((..((((({......}))).))..))))))}.}}.)))),,{||||||}}|||{{,{{,{{{,.},,,.)))),,))}}}|||,|}...,}}}}}}}}}.||||.,,,,..})))},..,,||..(((((............)))))....)))))))),,...}).))))...(((((((.......))))))),)}},.}}))))))}))},.......)))))))))..........,,,))))))..,,}..)).)).)))..)))))))).,,||)))))}...))))))))),,.)))))})))))}}},}}}}}),}}}}},...,,...}))},.)
Back