Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PHKA2_0002200

Sequence Length

2493 nt

GC Content

0.4898

GCAGCUCUUGAGGCAAUUGAUGAACUGGACCUUUUUGGAGCCCAUGGAGGACGCAAGUCAGUGAUUCAUGUUCUGCCAGAUGAGGUCGAGCACUGCCAGUCUAUUCUGUUCUCCAUGCUGCCAAGAGCGUCGACAUCUAAAGAAAUUGAUGCUGGACUUCUUUCCAUUAUUUCCUUCCCGGCCUUUGCAGUGGAAGAUGUAAACCUUGUAAAUGUGACCAAAAAUGAAAUUAUUUCUAAGCUCCAGGGGCGUUAUGGAUGCUGUCGCUUCCUUCGAGAUGGUUAUAAAACUCCAAGAGAGGACCCUAAUCGACUGCAUUAUGACCCUGCUGAACUCAAGCUCUUCGAAAACAUUGAAUGUGAGUGGCCUGUGUUUUGGACAUAUUUUAUAAUAGAUGGAGUCUUCAGUGGUGAUGCUGUUCAGGUCCAAGAAUACCGAGAGGCCCUGGAGGGAAUACUCAUCAGAGGCAAGAAUGGGAUCCGCCUGGUGCCUGAACUCUACGCUGUCCCGCCUAACAAGGUAGAUGAAGAGUACAAGAAUCCUCACACAGUAGACCGAGUUCCUAUGGGGAAGGUGCCUCAUCUGUGGGGCCAAUCCUUGUACAUCCUCAGCUCGCUGUUGGCAGAGGGAUUCCUUGCCGCUGGUGAAAUCGAUCCCUUAAAUAGAAGAUUUUCCACUUCAGUCAAACCUGAUGUUGUAGUACAAGUUACUGUUUUGGCAGAAAACAAUCACAUUAAGGACUUAUUGAGGAAACACGGGGUGAACGUCCAGAGUAUCGCGGACAUUCAUCCAAUUCAAGUCCAGCCGGGCCGGAUUCUUAGUCACAUAUAUGCCAAGCUUGGACGGAAUAAGAAUAUGAAUUUGAGUGGGCGACCGUAUCGACAUAUUGGUGUCCUUGGAACCUCUAAACUAUAUGUGAUUAGGAACCAAAUCUUUACUUUUACACCCCAGUUCACCGACCAGCAUCACUUCUACCUGGCCCUCGACAAUGAGAUGAUCGUGGAGAUGCUAAGGAUCGAGCUGGCCUACCUGUGCACCUGCUGGAGGAUGACGGGCAGACCCACACUCACCUUCCCCAUCAGUCGCACCAUGCUCACAAAUGAUGGCUCAGACAUUCAUUCUGCUGUGCUCUCCACAAUUAGAAAACUAGAGGAUGGAUAUUUUGGAGGAGCCAGAGUAAAAUUAGGGAACCUUUCGGAAUUUCUCACCACAUCGUUCUACACAUAUCUGACUUUUCUGGAUCCAGACUGUGAUGAGAAGUUGUUUGACAAUGCCAGCGAAGGGACUUUCAGUCCUGAUAGUGAUUCAGAUUUGGUAGGAUAUCUGGAAGACACCUGUAAUCAAGAAAGCCAAGACGAACUUGACCAUUAUAUCAACCACCUUCUGCAAAGCACAUCGUUGAGGUCCUAUCUGCCUCCUCUUUGUAAGAACACAGAAGACCGCCAUGUCUUCAGUGCUAUCCACUCCACGCGGGACAUACUUUCUGUGAUGGCAAAAGCAAAGGGUUUGGAAGUUCCAUUUGUUCCCAUGACUUUGCCGACUAAAGUUCUAAGUGCCCACCGUAAAUCACUGAAUCUUGUUGAUUCUCCUCAGCCACUCCUAGAAAAGGUUCCUGAAAGUGACUUUCAGUGGCCCAGAGAUGACCAUGGUGACGUGGACUGUGAGAAGCUGGUUGAGCAGCUAAAAGAUUGUUCGAACCUACAGGACCAAGCAGACAUUCUGUACAUUCUUUAUGUCAUAAAGGGUCCCAGCUGGGACACAAAUCUCUCUGGACAGCACGGGGUCACCGUUCAAAACCUUCUUGGUGAGCUCUAUGGGAAAGCCGGCUUGAACCAGGAGUGGGGUCUGAUUCGCUACAUCUCAGGCCUUCUCAGGAAGAAAGUGGAGGUCCUGGCUGAGGCCUGCACAGACCUGCUUUCGCACCAGAAGCAGCUCACCGUGGGCCUGCCGCCCGAGCCCCGGGAGAAGAUCAUCUCUGCGCCCCUUCCCCCAGAGGAGCUCACAAAACUCAUCUACGAGGCCAGUGGGCAGGACAUCAGCAUUGCCGUCCUCACGCAGGAGAUUGUGGUUUACCUGGCCAUGUAUGUCAGGGCGCAGCCCAGCCUCUUUGUGGAGAUGCUGAGACUCCGGAUUGGACUGAUCAUUCAGGUGAUGGCCACGGAGCUGGCACGGAGCCUGAACUGCUCAGGAGAAGAGGCUUCUGAAAGUUUGAUGAACCUCAGCCCUUUCGAUAUGAAAAAUCUCCUGCACCAUAUUCUAAGUGGGAAAGAGUUUGGCGUUGAAAGAAGUGUGCGCCCUAUCCACUCCUCCACAUCCAGCCCUACCAUCUCCAUCCACGAGGUGGGCCAUACCGGAGUCACCAAAACUGAGAGGAGUGGCAUUAACAGACUGAGGAGUGAAAUGAAACAGAUGACUAGGCGGUUUAGUGCUGAUGAACAGUUCUUUUCUGUGGGCCAGGCCGCGUCCAGCAGUGCGCAUUCCUCCAAGUCUGCG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-772.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -818.64

Frequency: 0.0000

Diversity: 881.24

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((..(.((((...((((((....((..(((((.(((...))).))))).))...))))))..)))).)..))))(((((((((....((((((((((......)))......((((.(((...((((((((..((....))..))))))))(((......)))..............((((((((((((((..(((((((...(((((((((((.((((((..((((...)))).......(((.((.((((((.((((.(((((((((((.(((.(........).))).))).))))........)))).)))))))))).)).))).(((((.....(((((.....)))))..)))))........)))))).)))).))))))).....((.((((((.(((((((...(((((........)))))((((((((((((((((((..(((((.(((.(((((.....((......))...)))))....(((((..(((........)))..)))))))).)))))......))))).(((((((((..((((....((((((((((((.......((((((.......(((((.((((((((((..(.(((..(((((((((((..(((((...)))))....)))))))......((((((((....(((((((....((((((((.((((......))))((((((.....))))))...))))).)))....))))))).......(((((((.((((.((...))..)))).))))))).......((((....)))).((.(((((((((((((((......((.(((((.((..((((.((((.(((((((.(((....)))..))))...))).)))).))))...))))))).)))))))))))))))))))))))))))...........(((((((.((....((((((...(((((......(((......)))......)))))))))))..))...))))))).....))))))))..))).))))))))))))....))))))..))))))))))))..(((...((((.(........)))))....)))))))..)))))))))...(((((..((((....))))..).))))((((((((.....))))))))....)))))..))))))))......)))))))...(((((((.((.((((((((((.((((((.(((((..............)))))...)).)))).))))(((((...)))))..........)))))).))))))))).....)))))).)).....(((((...(......)...)))))...)))))))..))))....))))))..(((..(..(((((.......)))))..)..))).....((((((((((((((..(((.((.((..(((.(((((((((.(((.((((((((..((..(((((((..((..(((..((((...))))......))).))..))))))))).))))).....))))))..)))........(((((.....)))))......(((((((((....((((((..((((.((((((((..(((..(((((((.(((((((....))))).(((((.......((((((((((((...)).)))))).)))))))))......(((((...)))))....(((((((...)))))))(((((....))))).....)))))))))....)))))))))))..)))).)))))).(((((((.((((((((.......((((.((...(((((((((((((((...........)))))))(((((.(((((...((((((((..((((..((((((((...((.(((((((.......))))))).))...))))))))))))((((.....))))........))))))))....)))))....)))))((((((....(((......)))....))))))(((((..((....))..)))))...((((((((((((((((.....)))))).((((((.((((...))))(((((((((.(((((.........))))).......((((.(((((((((..((((((......)))).))..))))))).)).))))..)))))))))...(((((.((((......))))..)))))))))))...)))))))))).((((.......))))..........(((((............)))))....)))))))).....)).))))...(((((((.......))))))).))))...))))))))))).......))))))))).............))))))..)))..)).)).)))..))))))).((.((((.....)))).)).))))))))))).))).))))...))))))).....))))...))))..)

Thermodynamic Ensemble Prediction

.,,((.(((((((.,.{{(.((((((((....{((((((({.,((((((((((.,{,..,.{(.,.({(((((.(((......))).))))).)).}},},..}}.))))))))))))).)))))|(((((((..((....))..)))))))|(((......)))}.,,,.,,({{(((,((....||,|,||}}||,|||,...,((((((,(((,.,,.....{{,....}}},.......(((,((.((((({{((((.(((((((((((.(((.{........}.))).))).))))........)))).)))))))))),)).))).(((((.,,..(((((.....))))).,)))))((((((.({||{((((.||{{|.,,,,.,,|||({((((({{(({{{{{|||||{{({{{|{{,.|.,,,|,...,})|||||((((({....(((((((.((((({...(((,,{{.,,|||,||||,.{{(((,(.,{((,..,,,,.}},,}))})}}}.})}))}}..{,{{{{{{.{((((({({{.(((,...((((((((.,(,({{{{,...,}))))}}..)})))))),.,,})),}}),})))}})||,},|}}))}))))))).)))))))......)))))}.....||||}},,}}},||{({({.,..{||||{{{,{{,,.,,,..,},|{(({{{.,,..}})))},,,))))}.,))|||,,}||||}.......(((((((.((((.(,...,)..)))).)))))))..,,,,,))))})))))))}((.((((((((((((((((.,{{,.,.,|||{.((..{{,,,((((,,,,((((.(((....)))..))))}}}))).})))})|||{,.,,))))).,))))))))))))))))))......}},,.}}}}},..)))))))).}|,(((((.((..,(((.,.{(((.(((.{(.,{,,....,}.)),))),.)))}}))}..)))))))......{(((((,,(((((({,{,||.(((,(.{.((({({..,..,,.,.|((((((,{((.{{{{,|.......|})))}..{{{{.{{{{{((({,{{({,.({(........}}}..}).}})))))))}|,,|||{({{{{{,||||,,.....{{((|..|(({{{({(,,(((({({(({({{..,,,,({{.,{((,,,{{{{.({{||,.{{||{,}}}.},,}}}}}|}}}}}....,.}}}},|}}|(((((...))))),}}}}|||..,||)}}.}}}}}}}}|,|}|||}}}.,.}}}}...{{{{{...{.,..,.}...))))}.,...}}}}}.,},,...}}|}|..,}}}},}}}}}|||||},,,}}}),)))}})|,{{{.....{||}||((((((((..(((.{(.((,.,,,.{{{{{(,((,(((,{,,{{{||,,||,.{((((((.,((..(((..((((...))))......))).)).,))))))}}}.}}}}}....,||||}}.,}}}....,,,,(((((.....)))))..,,,,(((((((((.,..,(((((..((((.((((({{|,.{({,.(((((((.({(((((,,,,|}||}.{((((....,,.(((((((((({{...,}.))))))}}}))}}}}},,....(((({...)))))....,{{{{||,,,))}}}))(((((....))))).....}})))))))...})}}})))))))..)))}.}))))},{{(((({{((({.{((,...{|,(({{.{{...{{((({{((((((((...........))))))){{{{|.,|,{{...{{({{(({|||{{{.,{(((((((...((.(((({{{{......))))))).))...)))))))}|},|||,|.||||}||||{{,{,.,,}}}}||,|,,,||||,,.,.)})).((((((....(((......)))....)))))),{({(,,{{{{{,,|,,|}}}|..,((((((({({{{((({....,)))})).||||||,||{{..,)}}|{(({((({|.,||||,,}}}}.,,|||||,..,||.((((.({(((((((..((((({......)))).))..))))))}.}}.)))),,|||||||}}|||{{,{{.{{{,.,,,,.)))),,))}}}|||}}}...}})))))))}.||||.,,,...})))},..|,||..(((((............)))))....}})))}})|,...}}.)))}...(((((((.......))))))),)}},.}}))))))}}}},...,...)))))))))..........,}}))))))..,,,..}).)}.)))..))))))}},}})))}}}}..},},.,,..,,)))))),}.),)))),)))))))))))))),,)))},))).,,)}.