Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PHKA2_0002300

Sequence Length

2574 nt

GC Content

0.4899

GAUUAUGGAAUGUGGGAGCGUGGAGAUAAGACUAAUCAGGGCAUCCCGGAAUUGAAUGCAAGCUCCGUAGGAAUGGCCAAGGCAGCUCUUGAGGCAAUUGAUGAACUGGACCUUUUUGGAGCCCAUGGAGGACGCAAGUCAGUGAUUCAUGUUCUGCCAGAUGAGGUCGAGCACUGCCAGUCUAUUCUGUUCUCCAUGCUGCCAAGAGCGUCGACAUCUAAAGAAAUUGAUGCUGGACUUCUUUCCAUUAUUUCCUUCCCGGCCUUUGCAGUGGAAGAUGUAAACCUUGUAAAUGUGACCAAAAAUGAAAUUAUUUCUAAGCUCCAGGGGCGUUAUGGAUGCUGUCGCUUCCUUCGAGAUGGUUAUAAAACUCCAAGAGAGGACCCUAAUCGACUGCAUUAUGACCCUGCUGAACUCAAGCUCUUCGAAAACAUUGAAUGUGAGUGGCCUGUGUUUUGGACAUAUUUUAUAAUAGAUGGAGUCUUCAGUGGUGAUGCUGUUCAGGUCCAAGAAUACCGAGAGGCCCUGGAGGGAAUACUCAUCAGAGGCAAGAAUGGGAUCCGCCUGGUGCCUGAACUCUACGCUGUCCCGCCUAACAAGGUAGAUGAAGAGUACAAGAAUCCUCACACAGUAGACCGAGUUCCUAUGGGGAAGGUGCCUCAUCUGUGGGGCCAAUCCUUGUACAUCCUCAGCUCGCUGUUGGCAGAGGGAUUCCUUGCCGCUGGUGAAAUCGAUCCCUUAAAUAGAAGAUUUUCCACUUCAGUCAAACCUGAUGUUGUAGUACAAGUUACUGUUUUGGCAGAAAACAAUCACAUUAAGGACUUAUUGAGGAAACACGGGGUGAACGUCCAGAGUAUCGCGGACAUUCAUCCAAUUCAAGUCCAGCCGGGCCGGAUUCUUAGUCACAUAUAUGCCAAGCUUGGACGGAAUAAGAAUAUGAAUUUGAGUGGGCGACCGUAUCGACAUAUUGGUGUCCUUGGAACCUCUAAACUAUAUGUGAUUAGGAACCAAAUCUUUACUUUUACACCCCAGUUCACCGACCAGCAUCACUUCUACCUGGCCCUCGACAAUGAGAUGAUCGUGGAGAUGCUAAGGAUCGAGCUGGCCUACCUGUGCACCUGCUGGAGGAUGACGGGCAGACCCACACUCACCUUCCCCAUCAGUCGCACCAUGCUCACAAAUGAUGGCUCAGACAUUCAUUCUGCUGUGCUCUCCACAAUUAGAAAACUAGAGGAUGGAUAUUUUGGAGGAGCCAGAGUAAAAUUAGGGAACCUUUCGGAAUUUCUCACCACAUCGUUCUACACAUAUCUGACUUUUCUGGAUCCAGACUGUGAUGAGAAGUUGUUUGACAAUGCCAGCGAAGGGACUUUCAGUCCUGAUAGUGAUUCAGAUUUGGUAGGAUAUCUGGAAGACACCUGUAAUCAAGAAAGCCAAGACGAACUUGACCAUUAUAUCAACCACCUUCUGCAAAGCACAUCGUUGAGGUCCUAUCUGCCUCCUCUUUGUAAGAACACAGAAGACCGCCAUGUCUUCAGUGCUAUCCACUCCACGCGGGACAUACUUUCUGUGAUGGCAAAAGCAAAGGGUUUGGAAGUUCCAUUUGUUCCCAUGACUUUGCCGACUAAAGUUCUAAGUGCCCACCGUAAAUCACUGAAUCUUGUUGAUUCUCCUCAGCCACUCCUAGAAAAGGUUCCUGAAAGUGACUUUCAGUGGCCCAGAGAUGACCAUGGUGACGUGGACUGUGAGAAGCUGGUUGAGCAGCUAAAAGAUUGUUCGAACCUACAGGACCAAGCAGACAUUCUGUACAUUCUUUAUGUCAUAAAGGGUCCCAGCUGGGACACAAAUCUCUCUGGACAGCACGGGGUCACCGUUCAAAACCUUCUUGGUGAGCUCUAUGGGAAAGCCGGCUUGAACCAGGAGUGGGGUCUGAUUCGCUACAUCUCAGGCCUUCUCAGGAAGAAAGUGGAGGUCCUGGCUGAGGCCUGCACAGACCUGCUUUCGCACCAGAAGCAGCUCACCGUGGGCCUGCCGCCCGAGCCCCGGGAGAAGAUCAUCUCUGCGCCCCUUCCCCCAGAGGAGCUCACAAAACUCAUCUACGAGGCCAGUGGGCAGGACAUCAGCAUUGCCGUCCUCACGCAGGAGAUUGUGGUUUACCUGGCCAUGUAUGUCAGGGCGCAGCCCAGCCUCUUUGUGGAGAUGCUGAGACUCCGGAUUGGACUGAUCAUUCAGGUGAUGGCCACGGAGCUGGCACGGAGCCUGAACUGCUCAGGAGAAGAGGCUUCUGAAAGUUUGAUGAACCUCAGCCCUUUCGAUAUGAAAAAUCUCCUGCACCAUAUUCUAAGUGGGAAAGAGUUUGGCGUUGAAAGAAGUGUGCGCCCUAUCCACUCCUCCACAUCCAGCCCUACCAUCUCCAUCCACGAGGUGGGCCAUACCGGAGUCACCAAAACUGAGAGGAGUGGCAUUAACAGACUGAGGAGUGAAAUGAAACAGAUGACUAGGCGGUUUAGUGCUGAUGAACAGUUCUUUUCUGUGGGCCAGGCCGCGUCCAGCAGUGCGCAUUCCUCCAAGUCUGCG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-806.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -853.36

Frequency: 0.0000

Diversity: 889.57

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.((((...(((.((((((((((..(((.((..(..(((((((((((.(((....)))..))))..))).((.(((((......)))).).)).........((.(((((((((((((..((((((..((........))..))))))..)).))))).)))))).))...)))).)..)).)))..)))))))))).)))..((((((((..((....))..))))))))(((......)))........((((((.((....)).).)))))..........((((((.((((........((((...)))).......(((.((.((((((.((((.(((((((((((.(((.(........).))).))).))))........)))).)))))))))).)).))).(((((.....(((((.....)))))..)))))((((((.((..(((((...............((((((((((((((....))))...((((.((.............)).))))((((((....(((((((.(((((....(((((((..(((((((((....(((((..(((........)))..)))))...)).))))........(((.(((((((.(.(((....((((((((..(.((((((....)))))))..))))))))....))).))).)))))))))))..)))))))))))).)))))))......)))))).....))))))..))))(((((((....((((((((.((((......))))((((((.....))))))...))))).)))....))))))).......(((((((.((((.((...))..)))).))))))).......)))))))))))))((.(((((((((((((((......((.(((((.((..((((.((((.(((((((.(((....)))..))))...))).)))).))))...))))))).)))))))))))))))))))......)))).))))))..(((((((.((....((((((...(((((......(((......)))......)))))))))))..))...)))))))......(((((((.((((((((((((.(((((((((((.(((((..((...((((((((.(((...)))..))...))))))...)).......(((.((((.(((.(((.((.((((((...(((.(((((((((....(((((((.((((.......((((....((((((((..((((.((((.(((......(((.((((...((((.((((((.(((((..............)))))...)).)))).))))(((((...))))).))))))).....))).))))))))..))))))))...))))...........(((..(((((..((((........))))........(((...)))..)))))..)))....)))).))))))).........(((.((((((......)))))).))).)))))).))).(((((((......)))))))..((((((..((..(((..((((...))))......))).))..))))))..)))...))))))((((((((.(.((.((((((((((.....)))))...((((.....(((.....)))...)))).))))).)).).)))).(((((((.(((((((....))))).(((((.......((((((((((((...)).)))))).)))))))))......(((((...)))))....(((((((...)))))))(((((....))))).....)))))))))...))))(((.((((((.............)))))).)))..))))).)))))))..)))....)))))))))))).))))...)))))(((((((((.............))))).))))....((((((((...((.(((((((.......))))))).))...))))))))((.(((.(.((((..((((((((.(..(((((.(........).)))))..((((((....(((......)))....)))))).(..((((((((((((((((.(((.((((((((((((((((.....)))))).((((((.((((...))))(((((((((.(((((.........))))).......((((.(((((((((..((((((......)))).))..))))))).)).))))..)))))))))...(((((.((((......))))..)))))))))))...)))))))))).((((.......))))....((....(((((............)))))...))((((((((..............(((((((.......)))))))(((((.((....(((.......)))..)).)))))...........))))))))............)))...))))))..))))))))))..).).))))))))..))))).))).)).))))))))))))))....))))))))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((.{(((,{,(((.((((((((((..(((.{,....((.(((((((((.(((....)))..))))..))},)).))..(((((,{{,|,,|.|,..,...,..((.(((((((((((((..((((((..((........))..))))))..)).))))).)))))).))..})))).}..},.)))..)))))))))).))}..((((((((..((....))..))))))))(((......)))..,.,.,,{{{(({,((,,,,||,|,||}}|{,|||,...,(({((({(((.,{,,,...{{,..,,}})}...,...(((,((.((((({{((((.(((((((((((.(((.{........}.))).))).))))........)))).)))))))))),)).))).(((({.,,..(((({.....}}))}.,))))}{{{{{{.{{|||||{|,|||||,,,,,.,,||{({(((((({(({{{{{,||||{{{{{||||,.|,,,,|{,,.,||||{||((((({.,.,(({((({,(((({,..,(({,,{{.|,|||{||}||,{{(((,(,,(((...,{{,.,},,}))})}}|.,}|}},,..,.,||{||.{((((({({,.((({...{((((((({{({(,,,,...{{||||}},..}||||||,{,{{|||{||||||||}||{|{|{||}}}}))))))),})))))).....,}}}}}}.....||||||||,,,,||(((((....{{|||{{{,({,,.,,...,},|{(({{{.,,.,}})))},,.))))).,)),,|.,}}|||}.......(((((((.((((.(,...,)..)))).)))))))..,,,,.||||,}}})))),((.((((((((((((((((.,{{,.,.,|||{.((..{{,,,((((,,,,((((.(((....)))..))))}}}))).})))})|||{,.,,))))).,))))))))))))))))))......}},..,,,,,...(((((((.{{,,,,((((((...(((((......(((......)))......)))))))))))..)).,,)))))))......||{||{,,{||||||}|}}|}|||}{.{.||||||..}}}}}}}}}|||{{{,{{{,{{{{,|.......||}|||,,{{||,||||{{|||,||(|,.({(.,.....,||}..}),}}}))))))}|{{{{{((,,{,,}||||}},....|{{(|..|{{{{{{{{,,{(((|(|((,{{{,,,,,,({(,{(((,,,{({{.((({{,.{{|{{,,,,.,,,,,,}||}}}}}....,.}}}).}}}|(((((...))))),}}}}}}}..,}|))}.))))}))),,}}}})))),,.})},...{{{{{...{.,..,.,...))))}....,}}}}}..},}...}}})|.,}}}|||}}}}}|||||},,,}}})}))),|}{,|||.....{|||||((((((((..(((.{(.((,.,,,.((((((,((,(((,{,,{{{||,,||,.{((((((.,((..(((..((((...))))......))).)).,))))))}}}.}}}}},...,||||}}.,|}}....,,,.(((((.....)))))...,,,(((((((((.,..,(((((..((((.(((((({{,.(({,.(((((((.({(((((,,,,|}||}.{((((....,,.(((((((((({{...,}.))))))}}}))}}}}},,....(((({...)))))....,{{{{||,,,))}}}))(((((....))))).....}})))))))...,)}}})))))))..)))}.}))))},|{(((({{((({,{((,...{|,(({{.{{.,.{{((({{((((((((...........))))))){{{||.||,||,..{{(||(({||,{{{.,{(((((((...((.(((({{{{......))))))).))...)))))))}|},|||,|.||||}|||{{{{{,.,.}|}|||,|,,,||||,,.,.)})).((((((....(((......)))....)))))),{{{(,,({{{{{,|,,|}|}|..,((((((({(({{((({....,)))})).||{|||,||{{..,)}}|((({((({{.,||||,,}}}}.,,|||||,..,||.((((.(((((((((..((((({......)))).))..))))))).}}.)))),,||}||||}}|||{{,{{.{{{,.,,,,.)))),,))}}}}||}}}...}})))))))}.||||.,,....})))},..,,|,..(((((............)))))....}})))}})|....,}.)))}...(((((((.......))))))),)}},.}}))))))}}}},...,...)))))))))..........,}}))))))..,,,..}).)}.)))..))))))}},}}}|)}}})..},},,}},,}}))})))}).)})))),))))}))))))))),,},}}},))))....