Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PHKA2_0003300

Sequence Length

397 nt

GC Content

0.5139

UGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACCGUGCCUGGCCUCGGGUAUGUUUUUUGUUUGUUUGUGUAUUUUUUGAGACGGAGUUUGGCUCUUGUUGCCCAGGCUGGGGUGCAAUGGCACGAUCUCAGCUCAUCGCAACCUCCAUCUCCCAGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGAUUACAGGCAUGUGCCACCACGCCCAGCUAAUUUUGUUUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUUUCCAUGUUGGUCAGGCUGGUCUCGAAAUCCCGGCCUCAGGUGAUCUGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGAAUUACAGGUGUGAGCCACCGCGCCUGGCCGGGUAUGUUUUAUUAGAAUAAUUUUUUACUUAUCCAAAAGCAAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-127.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -132.22

Frequency: 0.0003

Diversity: 90.20

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.(((.((((....)))).)).).)))(((.((...(((((.((.......((((((..(((..(((((((((((((..(((.....(((((...(((((((((((....))))...)))))))....)))))..))).))))((((.............))))...((((((.((((.((((((((......(((....)))......))))))))(((((((((((.....))))))))))).........))))..))))))))))))))).(((((((..(((((.......)))))((((((.....)).)))).......(((((((......)))))))))))))).......)))..))))))......)).)))))....)).)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((,(((.((((....}}}}.)).},}}|(((,((...(((((.({.....,.{{((((..{{{..{((((((((((((..(((.....(((((...(((((((((((....))))...)))))))....)))))..))).)))){(((,....,.......}})),..((((((.((({.((((((((......(((....)))......)))))))),,,{(((((((.....)))))))|||,....}}...})))..))))))))))))))}.(((((((..(((((.......))))}(((({{.....}).)))),.....,(((((((......)))))))))))))).,.....}}}..)))))}......)).)))))....)).}))