Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PHKA2_0005100
Sequence Length
1308 nt
GC Content
0.4641
GACCCUAAUCGACUGCAUUAUGACCCUGCUGAACUCAAGCUCUUCGAAAACAUUGAAUGUGAGUGGCCUGUGUUUUGGACAUAUUUUAUAAUAGAUGGAGUCUUCAGUGGUGAUGCUGUUCAGGUCCAAGAAUACCGAGAGGCCCUGGAGGGAAUACUCAUCAGAGGCAAGAAUGGGAUCCGCCUGGUGCCUGAACUCUACGCUGUCCCGCCUAACAAGGUAGAUGAAGAGUACAAGAAUCCUCACACAGUAGACCGAGUUCCUAUGGGGAAGGUGCCUCAUCUGUGGGGCCAAUCCUUGUACAUCCUCAGCUCGCUGUUGGCAGAGGGAUUCCUUGCCGCUGGUGAAAUCGAUCCCUUAAAUAGAAGAUUUUCCACUUCAGUCAAACCUGAUGUUGUAGUACAAGUUACUGUUUUGGCAGAAAACAAUCACAUUAAGGACUUAUUGAGGAAACACGGGGUGAACGUCCAGAGUAUCGCGGACAUUCAUCCAAUUCAAGUCCAGCCGGGCCGGAUUCUUAGUCACAUAUAUGCCAAGCUUGGACGGAAUAAGAAUAUGAAUUUGAGUGGGCGACCGUAUCGACAUAUUGGUGUCCUUGGAACCUCUAAACUAUAUGUGAUUAGGAACCAAAUCUUUACUUUUACACCCCAGUUCACCGACCAGCAUCACUUCUACCUGGCCCUCGACAAUGAGAUGAUCGUGGAGAUGCUAAGGAUCGAGCUGGCCUACCUGUGCACCUGCUGGAGGAUGACGGGCAGACCCACACUCACCUUCCCCAUCAGUCGCACCAUGCUCACAAAUGAUGGCUCAGACAUUCAUUCUGCUGUGCUCUCCACAAUUAGAAAACUAGAGGAUGGAUAUUUUGGAGGAGCCAGAGUAAAAUUAGGGAACCUUUCGGAAUUUCUCACCACAUCGUUCUACACAUAUCUGACUUUUCUGGAUCCAGACUGUGAUGAGAAGUUGUUUGACAAUGCCAGCGAAGGGACUUUCAGUCCUGAUAGUGAUUCAGAUUUGGUAGGAUAUCUGGAAGACACCUGUAAUCAAGAAAGCCAAGACGAACUUGACCAUUAUAUCAACCACCUUCUGCAAAGCACAUCGUUGAGGUCCUAUCUGCCUCCUCUUUGUAAGAACACAGAAGACCGCCAUGUCUUCAGUGCUAUCCACUCCACGCGGGACAUACUUUCUGUGAUGGCAAAAGCAAAGGGUUUGGAAGUUCCAUUUGUUCCCAUGACUUUGCCGACUAAAGUUCUAAGUGCCCACCGUAAAUCACUGAAUCUUGUUGAUUCUCCUCAGCCACUCCUAGAAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-360.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -382.80
Frequency: 0.0000
Diversity: 450.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(..(.(((((....).)))).)..)(((((.......)))..(((((.....)))))...(((((((.((((((((..(((..........(((((((.(.(((((((((((.((((...((((.((.............)).))))((((((....(((((((.(((((....(((((((..(((((((((....(((((..(((........)))..)))))...)).))))........(((.(((((((.(.(((....((((((((..(.((((((....)))))))..))))))))....))).))).)))))))))))..)))))))))))).)))))))......)))))).....((((........)))).........((((((.((.((.((((((..(((((((((..................(((((...((((........(((((((.((((.((...))..)))).)))))))..)))))))))...((((..((.(((((((((((((((......((.(((((.((..((((.((((.(((((((.(((....)))..))))...))).)))).))))...))))))).)))))))))))))))))))...((((((.((((((...(((((((.((....((((((...(((((......(((......)))......)))))))))))..))...))))))).......((((..(((.(((.((((((.(((....)))....)))...)))))).)))..))))(((........))).((((((...((((((((((.((((..(((........)))..)).)))))))))).....))...))))))..)))))).))))))..((((((((..((((.((((.(((......(((.((((...((((.((((((.(((((..............)))))...)).)))).))))(((((...))))).))))))).....))).))))))))..))))))))...))))...........))))))))))))))))).)).))))))..............))))))))))))))).)))))))).........))).))))))))((((((......))))))((((.....))))..(((.(((.((((((((..((..(((((((..((..(((..((((...))))......))).))..))))))))).))))).....))))))..)))........(((((.....)))))......))))))).......))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(,,(.{,,(,{.,.{{|||}.,.,|(((((,.,,,{.,||,,((({(...,,|}}}},{,(((((((,(({(({{{.|{({.,........{|||{{{,{,((({{{{{{{{,{||{|{{({((|{(,.,....{{{{,.|(({{{(({(((,...}||.||||,|||,,,..|{|{,,{,.|.|||{||}}||||((({(,,(((...,,,,.}},,}))})}||,,|||}.......|||||.{{{{({{({..{{{|,..,((((((((((((.......{(((((,,,..,|({{((.((((((((((|{({{{,{{(({{{((,,,,))))))),.})))))....,,}}}}},.....{{{|||{{,,,.{{(((((....{{({((((.({,{,,....,|,|{(({{{.,,.,}}))),.,.))))),,)),,,.}}}}}}}.......(((((((.((((.(,...,)..)))).))))))).......||||.,,,)))).((.((((((((((((((((.,{{,.,.,|||{.((..{{,,,((((,,,,((((.(((....)))..))))}}}))).})))})|||{,.,,))))).,)))))))))))))))))).,,,,,,,...........(((((((.{{,,,,((((((...(((((......(((......)))......)))))))))))..)).,,))))))).....}}}|}}..,.)))}})))))))))))....))))))..)))))))))))}.}|,,}}}|||,}}......,,|}|||,,,,||,||||,,|||}||||}.{{(........}}}..,},}|}})})}}}|(((((((.....)))))))}....|||||...({{(((((,,((((.({((.(((..,,,.({(.{(((.,.{{{{.({{{|,.{{||{,,,}.,,,,,,}}}}}}}}...}}.)))),))))(((((...})))),))})))}..,,,))}.))))}))),,)})))}}}...}}}|,..{{{{{...{.,..,.,...))))}............,,,.,,}}}}...)))}))))))))}))|))))))))}}}}..,,,})}.})}}|||,((((((......)))))),|||.....)}}},,{((,(((,{,,,{{||}}||,.{((((((.,((..(((..((((...)))).....,))).)).,))))))}}}.}}})).....}}}}}}..,},....,,,,(((((.....)))))......)))}))),,.....})
Back