Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PHKA2_0007000

Sequence Length

1115 nt

GC Content

0.4771

GUGAGGAGAGCAGGCCAACGAGCAUCUUUUUUUUAAGUUCUCUUUGCUGUCUGGUAAGCUUUUCUCCUGUGAAUAUGACAGAAUUCUGCAUGCAUAGGUUCAAAUAGAGACAUAUGAAAUGAUACCAAGAGCCUAGUACAAGUCUGCCCGUAGUAGGUGCUCGGUAAAUGCUUUUUGAGACAGGCGUGCCAUCACUUCCAGUCAUGAAUAUUAGUGAAAUUCAGACUGCUUUAGAAGUUUGCUGUUGACAUGUCACUUGACUCACAGCCCUUGUGCCCCUAAUCACAAUCAUCUCUGACCCUUGUGCAAGCUGUCAUCAGACCCUCUGUGUAACACACAGCCAGGCUGAUUUUCUGGCCACACCCUCGCUUACUGGGAUACUGAAUGUACUCAUGGAACUUACUGGAGAGCUUUGGUUUCCAAAGAAAACUAGUCCUGUGGAAGUACAUAGAAAAUAUUUUUCACCCAUUUGGGCAGCUAGAAAGACCAACAGUGGGAUCGCUUUGGCAGUGCAGGGCACAAUCCCUGCUUACCUGGGCACAGGGUUGGUCAUGGGGUCUUGGGUCAAGCUGCUGUUUCAUCCUAGCCCCUGCUGCUCACAGAAAGCUUGUGAGCUAUUUCCCUUAGUAGCAAAUUUCAGUCCAGAGCUGAGCAUGCACUAGUCCAGAGGCCAAGAGAACAGUUUGAUUUGUUCUCAACAUCAGGCAGCAGUGUCUUUAGUUGACAUUAACCAAAGCCAUCAAUCAGGUAAACAGAGUGUCCACCUCCCACCUGCUCACAGUGCCCCCACUUGGAAAGCAUCUUCGAACCCAUAGCCCUGGAAGGAUCAGGAAUUAAGGAGUUAUUGAUUUGCUUUCAGAGACAGCAGUGUUGGGCAAGAUGCUUAAAUCCCCAUCUGAGGAGCUGGAAAUAAAUCUAGCAGUGCACCUUUCCCUUCCACCCUACAGCGACAGCUCCCGGGCAGGCAGCAGACUGAUUUGUCUGAUCUUGAGCAGGGCAGCCCCAUGACUGGGUGGAUUGAAACGAGUACUGAGCCUCUUGCCUGGCAAUAAAACCCCAGGAUUAGUGCUGACCUGAGUUGUCAGCUGGUGUUUCCAGGUAAAGAAAGGGUGGCC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-351.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -372.33

Frequency: 0.0000

Diversity: 216.02

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((....(((((((.....(((.(.(((......))).))))..(((((((((((.....(((((((((((..((((.(((....))))))))))))).......)))))............((((.((.(((((.(((..........))).))))).)).))))...((((((.(.(((((((((((..(((.((((((((.(((((.........)))))))))).....(((((((((((((((...(((....)))...(((((((.((((((.....((((((((....)))...)))))...(((((((...(((((.((((........((((...))))..((((((((....(((.........))).......((((((((((((.....(((((....((((((...))))))....))))).)))))..))))))).(((((...))))).(((....)))..)))))))).....)))).))).))....)))))))((((((......))))))......))))))))))))).....((((.((.((((.((((....)))).)))).))))))....((((((((.....))))))))........)))))))))))))))......))).))))))))).)).))))))))))...((((((((......))))))))...)))))))))))(((.((((.((((....)))).)))).))).....((((..(((...)))..))))....))))))).))..(((((((((((((((.((((..............(((((...((((((.((((....)))).))))))((((.((...)).)))).((((((((((((.((((...(((.(....).)))((((((......))))))(((((.(.((((...(((((((..........((((((...((((.(.(((((......))))).)))))....))).))).........)))))))..)))).).))))))))).))))))))))))........)))))......((((((.......)))))).))))))))))))).......))).))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

,((,,,,(((({((.....(((.,.{{{......}}),})))..{((((((((((.....,{,,,((((((..{(((.(((....))))))})))))).,,....|}}}.,,|.....,,..((((.((.(((((.(((..........))).))))).)).))))...((((((((.(((((((((((..{(({((,(((((.(((((.,.....,.)))))))))).....(((((((((((((((...(((....)))...(((((({{((((((.....((((((({....}))...)))))...((((((({({(.((,.((((({...})))))...}))))}|((((((((....(((.........))).......((((((((((((,....{((((....((((((...))))))....)))))}),))),.})))))).((((,...})))).(((....)))..)))))))),.{{,|,||{|}}.,)}},.))))))}((((((......))))))......)))))))))))))|,||.((((.((.((((.((((....)))).)))).)))))),,..((((((((.....))))))))........}))))))))))))))......}}).))))))))).)).))))))))))...((((((((......))))))))...)))))))))))((({(,,,.,,,|}}}}},,,..,,|,|.......{|||..,{,,.,}}}..}))}....))))))),)},.((((((((((((((((((((......,,,.,{,.(((((..,{{(((|.{{{{....,))).})))}}|{||,||.,.||,|}}}.((((((((((((.((((,..(((.{....}.)))((((((......)))))){((((.(.((((...(((((((..,,..,...((((((...((((.,.(((((......))))).,))))..}.))).)))....}}...)))))))..)))).).))))))))).))))))))))))........}}}}}.,,,..((((((.......)))))).))))))))))))).......))).))),