Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PIP5K1A_0001900

Sequence Length

2215 nt

GC Content

0.4420

GAGAAUCUCUUGAACUGGGAGAAGGACGUUGCAGGGAGCCAAGAUGGCGCUGUUGCACUCCAGCCUCGGUGACCAGCAAAACUCCGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAGGCCGGGUGUGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGCAGGCGGAUCAUGAGGUCAGGAGAUUGAGACCAUCCUGGCUAACACGGUGAAACCCUGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAUUAGCCAGGCGUGAUGGCACACACCUGUAAUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUUGCUUGAACCCAGGAGGUGGAGGUUGCAGUGAGCCGAGAUCGUGCCAUUGCACUCCAACCUGGGCAACAGAGCGAGACUCUGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAGCGACAGAGCGAGACUCCAUCUAAAAAAUAAAAAUUAAAAAAAAAGGGACAGGUGCGGUGGCUCUUGCUUGUAAUCCUAGCACUUUGGGAGGCUUGAGGUGGAUGGAUCAUUUGAGGUCAGGAGUUCAAGACCAGCCCAGCCAUCAUGGUGAAAUCCCGCCUCCACUAAAAACACAAAAAUUAGCUGAAUGUGGUAGGAGGCGCCUGUAAUCCCUGCUACUCAGGAGGCUGAGCAGGAGAAUCACUUGCAGUGAGCUGAGGUCAUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCGAUAGAGUGAGACUCCAUCUCAAAAAAAAAGAAAAAGUUAUAUUUCCCAGAGAAAAUAUGGAUAUUUGAAUAAGAAAGGGGUCUAGAAUAAAAAUGGAAUAUGCACGAGGCCUAUGUGAGUAUGGAGAAGGAGAGAGGGACAUACACAGUUGCUAUCCAAAAGGAUCUGGUAUUACUGAGCAAGAGGCAGGAGUUUAUACUUAUGUUUAGUUUGACUCAAACUCUGAUGGUUUCAGUAUGCUUGACAGAGAUGUGAGUGUGUGAUACACUCUUAUGAUUGUUUUUUUUUCCCCCCUAGCAGCAUCUGGAAUCAAGAGACCCAUGGCAUCUGAGGUCUUGGAAGCUAGACAGGAUUCUUACAUCUCAUUGGUAGGCUAGAAAUUAUGCAACUCAUCUUUUAUUGUAGUUUAUUUUAAAUAUUAACAAUAUCUCACAUUUAUUGAGCAUUUUUAAUGUACCAAAUGCAAUAUAUACCAAAAAGUAAAUACUGUACCUAAGUGCCCUUUAAGAUAUUCUUAUUUAAUCCUUCAAACAACUACAGUGAGGCAAAUACUGUUAUCUGUUUUACAGAUGAAGAAAGUGAGGAUUGCAUAGUUACUAAGUGGGAUUAGUAAAGCUGGGAUUCAAAUUCAAACCCAGGCAGUCUGACACUAAAGCUCACUUUCUUUGUUUUGCUGUUAUGGCCUCCUGAUUGCAUACCUUCGAUGAAUAUGAAGAACUUUUAGCCAUGCAGAAGCUGUUAGUUUCACAAGUUUCUCUUUUUUGUCCAGAAUAUCGCCAUUUUGCUCAACUUUCUUCCCAUGGUGUAUUUCCUAACCCUCUUCUCACUUCUUGCCUCUCCCCUGGGUUUUGUGAAAGGGGCCUCAGAAUGCAGGCCCUUUUGACCUGGGACUUCAAACUUUCUCUCAGAACAUCUUCCAGCAUCUGUCAGGUGAUAUACUGAGAGUUUUCUGGUACUAAGGGCCUUGGCUAAAAGAAUAGAACUUGAAUAUCAGGUCUUAAGAUUGGGACAUCCAGCCAGUCACGGUUGCUCAUGCUUGUAAUCCUAACACUUUGGGAGGCCAAGGUGAGAGGAUUGCUUGAGGCCAGGAGAUCGAGACAGGCCUGUGCAACAUAGUGAGACCCUGGUUCUACAAAAAAAUAAAACAUUAGCCAGGUGCACACCAUAGUCCCAGCUACUCGGGAUUGCUUGAGCCCAGGAGGUUGAGGCUGCAGUGAGCCAUUAUCACACCACUGCCCUCUAGCCUGGGUGACAGAGACACCCUGUCUCAAAAAAAAACUGUGAUACCCUGUUUCCACUAGUCUCUCAGCCUUCUGGCUUAUAAACUUAAUGAGUAUUGAUGUUAUGAAGAGUAACUUCAUGUCUGUUGCUCUGGCAUUUUGGCUCUUGGGGAUAACUUUCUAGACUGCUAUACUGGUUUACUCCUCCCUUCUUGCCUUUUUUUUUUUUGAGAUGAAGUCUUGCUCUGUUGCCCAGUAUGGAGUACAGUGGCUCGAUCUUGGCUCACUAUGUCCUCUGCCUCCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-753.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -791.82

Frequency: 0.0000

Diversity: 523.69

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((...)))(((....((.(((.((((((.(((((((((((.(((((((((((((.(((((.(((((((((((((.......(((((((((..............(((((((((((.((.((((((((((...((((((....))))))....((((((((.(..((((..((((((((...........))))))))......))))..))))))))).......................))))))))).).)))))))))((..((((........)))).))((((((((.((..((((((...((((((...(((((..(((((((.((((....)).)))))))))))))).)))))).....))))))..))))))))))............(((((..(((((...(((.(((((............................))))).))).))))))))))....((((((....)))))))))))))))))))))).))).)))))))..))))).)))...))))...)))))).)))).......(((((((((((....(((........).))....)))).))))))).......)))))))...((((....))))(((((.......)))))((((((((((((((..(((((((.((((((..((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((.....((((((........(((((.(((........)))..)))))..................(((((((((((.(.(((....(((((((((((((((..((((((...((((((((....))))..))))....((((((((((((..(((((...(((.......)))..)))))...((((..(((((((((.(((((.(((((..(((.(((((((...))))))).)))..))))).................)))))))))))))))))).....(((((...((((.((((((((((.(((((..(((((.(((.(((((((.(((........(((((((.(((......(((((((((....(((((((.....(((((((......((..(.((((((.............((((.(((.(((......))).))).))))...)))))).)..)))))))))..)))))))..........)))))))))(((((....((.((.((((((...))))))((((((((((((((((((....(((((((......)))))))..(((((.............)))))))))))...........)))))))))))).....)).))....))))).))))))))))))))))))))..))))))))(((((.((...)))))))))))))))))).))))..)))).....)).))).......))).)))))))))..............)))))).......))))).)))).))))))....))).).)))))))))))((((((((((((...)).))))))))))...)))))).....))))))(((((((..(((((..(((...)))..))))).....)))))))....((((.((((.(((((((((((((...........(((...(((((((((((.((((((.........))))))...(((((.((.((((((((((((..((((((((....))))))))..)))))).(((((..........))))))))))).)).)))))....))))).))))))....)))............))))))))).))...)).)))).)))).((((((........((((((.((((((((((((..((((((((.((.(((((((.....((((........))))....((((((...))))))..........)))))))...)).)).)))).)).)))))))))))))))))).........))))))..((((((....((((((((.........))))))))))))))..(((....(((((.......((((.........))))........)))))....))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))..)))))).)))))))..))))))))))))))))))))))).))...)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((...})){{{..{{(({((.{((((((.(((((({((((.{{{|||{{{{{{|,{((((.{(((((((({(((,,,...,(((((((((..............,({((((((({{((.((((((((((...((((({....}))))),,..((((((((.(..((((,.((((((((.........,.))))))))......))))..)))))))))..||...............,,,.))))))))).).)))))))))|,..((((........)))).}}||||||{||||..{|||{(...{{{{((.,,(((((..{((((((,((((,,,,||.|||||||}||||||.}}||||,,,,,||||||,,||}}||||||,...........(((((,.{((((.,.(((.(((((............................))))).))).)))))))))),,..((((({....})))))||}}}||||}||}}}}.}}}|||}}))|..}}}}}.}}}...)}|}...}}}}}}.)))}.......(((((((((((....(((........}.))....)))).)))))))...,...|||||||...((((....))))|||||.,,....)}|||(((({(((({((({..{({{{||.{{{{{{..{{(((((((((({({((({|.{{{|{|{{{{{{{{((({..,,{{{{{{{{{{,,..|.,,}}}}}|,....{,,,{,((,.((,(((((((({......,{{{{.,,,(((((((((((.(.(((....(((((((((((((((,.((((((.{.((((((((....)))}.,))))....((((((((((((..(((((.,.(((.......))).,)))))...{(((..(((((((((.(((((.(((((..(((.(((((((...})))))).)))..))))).................))))))))))))))}})).....{((((...((((.(((((((((({(((((..((((..{{......||({(((((((({..(((((((.(((.....,(((((((((..,,,,,,{{{,{{{.{(({,((,,....,,,}},|{{{{,,,}},||...,,,|||{.{{{.(((......))).}}}.}|||,....))))....|{|||},.},})),,,,,..........}))))))))(((((....{{.,{{((((((...))))))|{((((((((((((((((....(((((((......)))))))..(((((.{,........}.)))))))))))...........)))))))))))},....}}.}}....))}}).)))))))))).{{|||,,,,...))))),..}))))))).})))))).))))))))))).))))..)))).....)).))},......))).)))))))))..............)))))).,.....)))))}}))).))))))....))).).)))))))))))(((((((((({,...,}.))))))))))..,((((({...........,||||||..|||{|,}|{(...||},,||}}}.....))))|||,...{(((.{(((.(((((((((((((.....,,....(((,..(((((((((((....(((,....}},(((.(((.(((({.({{..((((((((((((..((((((((....))))))))..))))))))...)))}..}}.))))).))).))){||||,..)}},})))))}}}))))..,.}}}............))))))))).))...)).)))),))))..,}}}})}}}}}}}||(({{{((((((((((((,.{{(((({(,,,.(((((({....,((((........))))|...((((({...))))))..........)))))))...}),}},)))),)},})))))))))))))))}},,..(((((.((((...((((((....((((((((.........))))))))))))))...)))))))))..,,...))))))))}.}}...,,||}},,.,)),)))))),}),,)))))))))))))))))).))))))))))))))))))))..)))))).))))))).,)))))))))))))),})))))}).})}}})))