Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PIP5K1A_0004200

Sequence Length

1946 nt

GC Content

0.4671

GUGCCUUAUGCCUCUGGCAUGCCCAUCAAGAAAAUAGGCCAUAGAAGUGUUGAUUCCUCAGGAGAGACAACAUAUAAAAAGACAACCUCAUCAGCCUUGAAAGGUGCCAUCCAGUUAGGCAUUACCCACACUGUGGGGAGCCUGAGUACCAAACCAGAGCGUGAUGUCCUCAUGCAAGAUUUCUACGUGGUUGAGAGUAUCUUCUUUCCCAGUGAAGGGAGCAACCUGACCCCUGCUCAUCACUACAAUGACUUUCGUUUCAAGACCUAUGCACCUGUUGCCUUCCGCUACUUCCGGGAGCUAUUUGGUAUCCGGCCCGAUGAUUACUUGUAUUCCCUCUGCAGUGAGCCGCUGAUUGAACUCUGUAGCUCUGGAGCUAGUGGUUCCCUAUUCUAUGUGUCCAGCGACGAUGAGUUCAUUAUUAAGACAGUCCAACAUAAAGAGGCGGAAUUUCUGCAGAAGCUGCUUCCAGGAUACUACAUGAACCUCAACCAGAACCCUCGGACUUUGCUGCCUAAAUUCUAUGGACUGUACUGUGUGCAGGCAGGUGGCAAGAACAUUCGGAUUGUGGUGAUGAACAAUCUUUUACCAAGAUCGGUAAAAAUGCAUAUCAAAUAUGACCUCAAAGGCUCAACCUACAAACGGCGGGCUUCCCAGAAAGAGCGAGAGAAGCCUCUUCCCACAUUUAAAGACCUAGACUUCUUACAAGACAUCCCUGAUGGUCUUUUUUUGGAUGCUGACAUGUACAACGCUCUCUGUAAGACCCUGCAGCGUGACUGUUUGGUGCUGCAGAGCUUCAAGAUAAUGGAUUACAGCCUCUUGAUGUCAAUCCAUAAUAUAGAUCAUGCACAACGAGAGCCCUUAAGCAGUGAAACACAGUACUCAGUUGAUACUCGAAGACCGGCCCCCCAAAAGGCUCUGUAUUCCACAGCCAUGGAAUCCAUCCAGGGAGAGGCUCGACGGGGUGGUACCAUGGAGACUGAUGACCAGUAAGUGGGCUCAGGGCCACUAGGGGGGAGAACAUAGGCCCACAGCACUUUUCUUUUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUAGUUUCACUCUUGUUGCCCAGGCUGAUGUGCUGAUGUGCAAUGGCACGAUCUCAGCCUACUACUACCUCCACCUCCUGGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCUUCAGCCUCCUGAGUAGCUGUGACUACAGGCACCUGCCACCACACCCAGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAAGGGGUUUCAUCAUGUUGGGCAAACUAGUCUACGAACUCCUGACCUCAGGUGAUCCACCCGCCUUGGCCUCCCGUAGUGCAGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGUGCCCGGCCACAGCACUUUUUCUUUAGGAAGGGACCCAGCUUCUGGAAAGGAGUAGCCUUGACUCAGCAGUUGGAUCAGUAACAUUAUUGUUGACAGAAGUAUAGAAUGAGCUUGAACGAGCUUUCUUAAUACAAAAUGAAAAGAAGAUUAAUUUCGGGUUUAUAGUAUAUGUGGGAAGGAGAGCUGUUCAAGAGUUAAAGACUUAAAAAAUUAUAGUCUUAAAUGCAUGUCUGCAAAUUAUAUUAGAACUUUAUUAGGGCUGGGCACAGUGGCUCAUGCCAGUAAUCCCAACACUUUGGAAGGCUGAGGCAGGCGGAUCACUUGAGUCCAGGAGUUUGAGAUCAGCCUGAGCAUCAUGAUGAGACCUCAUCACUACAAAAACUCAAAAAUUACCUGAGUGUGAUGGUGAGCACCUGUGGUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAUGAGGCAGAAUUGCUUGAGCCCAGGAGGUCAAGGCUGCAGUGAGCCACUGUACAUGCCACUGCACUCCAGCUUGGGCAAAAAGAAUGGGACCCUGUGUCAAAAAAAAAAAAAUUGUUAUAGACUUCUUUGUGGAAGGCAUCCUUCUUCAUCAUGCCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-726.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -760.86

Frequency: 0.0000

Diversity: 418.82

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((..((((((((...(((.............))).......((((((.((((...))))...))))))..............(((((((.(((.(..((((((((((.(((((((....(((((...)))))..)))).((((((((((.(((((((((((((..(((.(((((.......((((..(((((...((((((((.(..(...(((((...((((.((..((.((((((((((((((((....)))......((.(((..(.((((((((.(((((((....(((((.(((..((((..((......))..)))).))))))))....(((((...)))))..(((((((.....(.(((((.(..((((.........))))..)))))).).....)))))))......((((((((((........((((((((..((((.((...(((.....(((............)))....)))....))))))..)).))))))........)))))))).))))).)).)).)))))))).)..)))..))))))))))))))).))...(((((((......)))))))...(((((...))))).......(((.....)))......)))))).)))))....)..).)))))))).))))).))))....(((((((..((..(((....)))..))......)))))))))))).)))..)))))...).)))))))(((((......))))).......))))))))))...(((((((.......((((.(((((.((((((.((((((((.........)))..)).))).))))))..........(((...))).((..(((((....))).))..)).((((........))))))))).))))...((.((((.....)))).)).)))))))))).)))))))))).).))).))))))))))).....))))..)))).)))((((.(((((((.....((((((((......(((...(..(((((((((((((........((((((.((((.((((((((((((..((((..(((((((.((((.((..((((((((............((((((((((((((((((((((((((.(.(((((((((((((((((((.(((((((((..(.(((((.(((((.(((.((((((((.(..(((((.((((.((.((((((((((((((.((..((..((.((((.((((((((((..((((((((((((.((.((((((((((.(((.((((..((((((((.((((((((((((.(((((((((((((((.(((((((((........((.((((((.((((.((((.....))))...)))).)))))).))..(((((....)))))......(((((..(((((((((((.....((((((.............))))))......)))))))))))..)))))..))))))))).)))))...((((((.((((((...........))))))...((((....))))...........)))))).....)))))))))).)))))))))))).))))))))..)))).))).)))))))))).)).))))))))))))..)))))))))))))).))..))..)).)))))))))))))).)).)))))))))..))))))))).))).))))).))))).)..))))))))).))))))))))))))))))).)))).)))))))))))))))))))))))..)))))).)))).)))).)))))))......))))..)))))))))))).)))).))))))........)))))))))))))..)....))).....)))))...)))....))))))....).))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((..((((((((,||(((.,,........,.))}.,,....((((((.((((...)))).,.))))))..............(((((((.(((.{..((((((((((.(((,(((.,,.(((,,..,|||||{{||||((((((((({{.(((((((((((((..(((.(((({.......((((..(((((...((((((((,,..,...((({{,..{{{{.{{..{(.(((((((((((((,,...,,{{{....,..,,.((((((((((((,..((((((.{((({((((((((..((((((((((.......(((({,(((.......))))))))))))..)}}.,,))}..)))))))))))}.)))))).......,,|.,,.,{{{....)))},,}}}}.},,,....{(((((((((........(((((({{..{{{(,((...|||,.{,.(((.,.{.....|,.}}).}..}))...,))})))..}}.))))))........)))))))).))..}.)))}})))))}})),),.,...,,,))))))))))))).}}...(((((((......)))))))...(((({...})))).{{,...|||,}|..}},......))}})|,}}}}}.....,.}.)))))))).))))).))))....{((((((.,(,..{{{....}}}..,,.,,,..))))))}})))).)))..))))}...}.,))))))(((((.,...,}))}|,....,.))}))))))),))},}}}||......{(((((((((..,,,,,|.})).})))))}.,,,,,},},.}|,,,,.||||||,.,,,..}}.{{{...}}}.||,,||||{.,.,})),},.....|{{{.,,,....||||}||},.,})),}}||.((((.....))))))).},,))),))).)))))))))).}.))).)))))))}))).....))))..))))}}))((((,(((((((....,(({{{{{|,.....|{|,,.|..(((((((((((((........((((((.((((.((((((((((((..((((.,(((((((.((((.(,..{{((((((............((((((((((((((((((((((((((.(.(((((((((((((((((((.(((((((((..,.(((((.(((((.(((.((((((((((..(((((.((((.((.((((((((((((((.((..((..((.((((.((((((((((..((((((((((((.((.((((((((((.(((.((((..((((((((.((((((((((((.((((((((((.{,,,.(((((((,...}}}}}}|,.((((((.((((.((((.....))))..,}))).)))))).}}.{(((((....))))},}.,,,{(,{{..{{{{,(((((({.{((((((((..({({..,{,.,||||||,.....})),,,)))})..},},)})),,,)))))})))))}}}}}..{{.((((((,,,....,},.))))))...((((....))))............,}},,....,)))))))))).)))))))))))).))))))))..)))).))).)))))))))).)).))))))))))))..)))))))))))))).))..))..)).)))))))))))))).)).)))))))))..))))))))).))).))))).))))).)..))))))))).))))))))))))))))))).)))).)))))))))))))))))))))))..)))))).})}).)))).)))))))......))))..)))))))))))).)))).))))))........)))))))))))))..}....})).....}})))|,,||}..,,))))})....,.))))