Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PIP5K1A_0006800

Sequence Length

1218 nt

GC Content

0.4499

UGCAUCGCCCAGGCUUCUACGCUGAACGGUUCCAGCGCUUCAUGUGCAACACAGUAUUUAAGAAGAUUCCCUGUAAGUGGUUUCUACCAAUUGACUGCCUACUCCUGCCCAGUGGCUCCCUUACCCCAAGAGAACAGAGGGCAGGACACCUCUGGUAGGGAGCUGCCAAUGCCAGAGGCCUCUCCUUCCACCUACAUCCCAUGAGAGCCAUUUCUUGUCCUUUGUGUUAGUCUGUCAUAGUCAUUUCCAAGUUGCUGUUUCCCCCUUGGCUCUUCCUGCAUAUGUCAAUGAGGUGAGGACCAUUUCUGGGGAAUUGGGAUUUGCAAAAAAAUAAAUAAAUAAAUAAUGUGUAGUUGUGGAUGUAGGAUCCAUGCCACAGAGAUAGGCAGAGCCUAUGUACAGAGAUACGCAGUGAGGUUAAUGGUGUUCUGUUUUGUCUUCUAGACUAUCUCAGGUGGUUACAGAAGCAUUUACUGAUUUCUGCUUAGCACAUGUUUUUAGUCUCUUUUCUCAACUUUCUUGUUUAGGAAGUGCCAAUAUUUUUUUGCAAAUCUUCCAUGCUGCUGCCAUAGCAAAUUCUAGCUUCUCUUUCCCUUCUUCUCAUAUUAGGCAUCAUUAUUCCCAUAGCGAGGGAGAGGGGACCUAGGCAUGCCAGUCUUAAGGGAUAUGGAAAAACCAGGCUGGGUGCAGUAUCUCACACCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGACCAAGGCAGGAGGAUCGGUUAAGCCCGAUAGUUUGGAACCAGCCUGGGCAACAUCAUGAGACCUUGUCUCUACAACAAAUUUUAAAAAGAUAAAAAAAUCUUUACAAAGUGAUAAAAAUUACAAGUAUCAAUUAUUUAGUGCUGGGCACAUACAUGCUAAGAAAAUGUAGAGUGAAAGAGUUAUCUUUCUUGGCCCGGCACGGUGGCUCACACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAAGCAGGUGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCGAGACCAGUCUAACCAACGUGUUGAAACCCUGUCUCUACUAAAAAUACUAAAAUUAGCCGGGUGGUGGUGAGCACCUGUAAUCUCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCACUUGAACACGGUAGGCAGAGGUUGCAGUGAACUGAGAUAGUGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGUGACAAGAGAGGAAACUUCAUCUCAAAAAAAGUUAUCUUUCUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-386.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -406.68

Frequency: 0.0000

Diversity: 281.74

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.(((((((((((((((......))..(((((((((((.....))))....((((........(((..((((...)).))..)))........))))....((((((((...((((((((....(((..(((((((((((((((((..(((((((((.((.....))..))))))))).(((((..................))))).....)))))))))))))...........(((((.(((....))).)))))((((((..(((.(((((((.(((......))).)).)))))))).....))))))..((((((((((((((((((.......(((..((((((....((((((.....))))))(((((.((((((((((((((((((..((....((.....))...))..)))).))))))))..((((...))))))))))..)))))..((((((((.....)).))))))....))))))..)))...............(((((((.....))))))).....)))))))))))))))))).((((((((((...)))))....((((.(((((((((((((((........(((......))).......)).))))))))))))).)))))))))....))))..)))...(((.....))).((((((......................)))))).....))))).))).)))))))).(((((......)))))....))))))))))))))))........(((((...)))))...............((((((......)))))).....(((((....)))))(((((.....))))).(((((((((.(((((((.........)))))....((((((....)))))).)))))))))))(((((.((.(((((((..((((((....)))))).......)))))))))))))).((((.((((..(((((.((.............)).)))))..))))))))....................((((.((...(((((...(((((...(((((((........))))))))))))....)))))...)).))))((((.(((..(((((((.((((...))))..))))))))))..)))).)))))(.(((((((.(((((...........))))).)))))))..)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((..(((((((((((....(((((........))))){{{{..{(((....{.||,|,,,,|,}|{,.{,{{,{.,.((((....)))}.,|,,((({{{{((((((((,..(({((({(.,......,|{|,{||{{|||||||{..(((((((((,({.....))..))))))))).(((((..................))))).....})))))}}}}}}}...,,,||{..{{{{{,{{,....,||,||||,((((((..(((.(((((((.(((......))).)).)))))))).....))))))..{(((((((((((((((((.......,,,..,(((({.,..((((((.....))))))|||||,((((((((((((((((((..((....,{,,...,}...))..)))).))))))),,,}}|}}..||||||}}}|,.|||}|..((((((((.....)).))))))...,)))))),.,,.}}}},,.........(((((((.....))))))).....))))))))))))))))),.{{((((((({...}))))....((((.((((((((((((({{........{{{......,}}.......)).))))))))))))).))))))))),||||||,.,}))}},}}},....|||{((((({,.{{{...,,,...{{{....,|||||,...,,))))}.}}},))}}}))).{((((......))))}...,}).,.)))))))))))........(((((...)))))...........,...((((((......)))))).....(((((....))))){((((.....)))}}.(((((((((.(,(((((.........)))))....((((((....)))))).,,)))))))))(((((.((.(((((((..((((({....}))))).......)))))))))))))).((((.((((.,(((((.((..,..........)).))))).,))))))))...........,,,....}}}.{|||||,.||,||,}.||||{...(((((((.,....,.)))))))))))).}..}),)}.,,,.,}}))}})))}.({.(((((((.((({...})))..))))))),,}})))))))))))))(((((((.(((((...........))))).)))))))...