Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PLXND1_0001300

Sequence Length

942 nt

GC Content

0.5860

AUUCCUGAGAGCUGCCGGCCCAACAUGGAAGAGGGAAUUAGCUUGUUCUCCUCACUACUCAACAACAAGCACUUCCUCAUCGUCUUUGUCCACGCGCUGGAGCAGCAGAAGGACUUUGCGGUGCGCGACAGGUGCAGCCUGGCCUCGCUGCUGACCAUCGCGCUGCACGGCAAGCUGGAGUACUACACCAGCAUCAUGAAGGAGCUGCUGGUGGACCUCAUUGACGCCUCGGCCGCCAAGAACCCCAAGCUCAUGCUGCGGCGCACAGAGUCUGUGGUGGAGAAGAUGCUCACCAACUGGAUGUCCAUCUGCAUGUACAGCUGUCUGCGGGAGACGGUGGGGGAGCCAUUCUUCCUGCUGCUGUGUGCCAUCAAGCAGCAAAUCAACAAGGGCUCCAUCGACGCCAUCACAGGCAAGGCCCGCUACACACUCAGUGAGGAGUGGCUGCUGCGGGAGAACAUCGAGGCCAAGCCCCGGAACCUGAACGUGUCCUUCCAGGGCUGUGGCAUGGACUCGCUGAGCGUGCGGGCCAUGGACACCGACACGCUGACACAGGUCAAGGAGAAGAUCCUGGAGGCCUUCUGCAAGAAUGUGCCCUACUCCCAGUGGCCGCGUGCAGAGGACGUCGACCUUGAGUGGUUCGCCUCCAGCACACAGAGCUACAUCCUUCGGGACCUGGACGACACCUCAGUGGUGGAAGACGGCCGCAAGAAGCUUAACACGCUGGCCCAUUACAAGAUCCCUGAAGGUGCCUCCCUGGCCAUGAGUCUCAUAGACAAGAAGGACAACACACUGGGCCGAGUGAAAGACUUGGACACAGAGAAGUAUUUCCAUUUGGUGCUGCCUACGGACGAGCUGGCGGAGCCCAAGAAGUCUCACCGGCAGAGCCAUCGCAAGAAGGUGCUCCCGGAAAUCUACCUGACCCGCCUGCUCUCCACCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-344.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -361.87

Frequency: 0.0000

Diversity: 290.48

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.((.(.(((((((((((..((((((.((((((....(((((((................)))))))..)))))).))......((((....((((...))))....)))).((((.(((((((...((((((((........)))))..)))....))).)))).))))(((((.((...)).)))))..))))..)).)))).((((((.((.............)))))))).........(((....)))))))).).))))))((.((((((((((((((..((((....)).))..)))))...(((.((((((((...((((((..((((.....))))))))))(((((((.((......))))))))).........((..(((((....(((......)))..(((((((...((.(((((((((..((..((.(....).)).)).((.(.(((((((((.((((...((.....)).)))).))))).)))).).))))))))))).))))))))))))))..)))))).)))))))..(((((.(((((...(((.(((((((((((((.....(.((((.....(((((((((((.((((.((((.((..((((......))))))))))..)))).).).))....((((((.((.((.(((.(.((((((((.((((..(...((((((..............)).))))..)..))....))))).)))))).)))..))))....((((...))))..)))))).....)))))))((((((.....)))))).....((((....((((...((((.(((.((..(((.....)))..)))))))))))))))))...)))).)......)).))))))).)))).)))..))).))))))).......)))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{{{,,{(,({(({((((((((..,,{(((,((((({....(((((((................))))))).,||||||,||{{{,,{(({{,,{,((((..{||||,{{.||||.,{{({(((((((,..((({((((..|,,...))))),,})).,}}))},}|}},))}}(((((.({...,|,|||||,.|,},..}}.},))}|||||{.,{,,..,{.,{{...|)|}}}}}.,.......{||....))))))))}).}})}))({.((((((((,,{{{{,,||||....)},})}}),)))||.|||.||||{||{.||{|||||}|||||}||||)),}}}})))(((((((,{{......)}))))))).........{|}}|(({{....(((......)))..(((((((..,((.(((((((((..{{,.((.(....).}}.,},|(.,.(((((((((.((((...,,.....},.)))).))))).)))).}.},))))))))).))))))))),}}}}..))},},.)}})}},..((((,{(((({...(((.(((((((((((((..{..({{((,,,...{(((((((({{.((((.((((.((..((((......))))))))))..)))).).}.))....((((((.((.((.(((.(.((((((((.((({..,...((((((..............)).))))..,..},....)))))}}))))}.)))..))))....((((...))))..)))))).....))))))|((({((,...,|||}}}...,.{,{,.,,.,|||,..{{(({{(({((..{{{....,,,)|}}},)))})}}}}))))),,,))))},}}),},)),,)))))).)))).)))..))).))))))).),..))))))}}}},})