Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PLXND1_0001800
Sequence Length
2796 nt
GC Content
0.6170
ACCACGUGACUGUUGAGAUGUCUGUGAGGGUCAAUGGGCGGAACAUCGUCAAGGCCAAUUUCACCAUCUACGACUGCAGCCGCACUGCACAAGUGUACCCCCACACAGCCUGUACCAGCUGCCUGUCGGCACAGUGGCCCUGUUUCUGGUGCAGCCAGCAGCACUCCUGUGUUUCCAACCAGUCUCGGUGCGAGGCCUCACCAAACCCCACGAGCCCUCAGGACUGCCCCCGGACCCUGCUCUCACCCCUGGCACCCGUGCCUACGGGUGGCUCCCAGAACAUCCUGGUGCCUCUGGCCAACACUGCCUUUUUCCAGGGUGCAGCCCUGGAGUGUAGUUUUGGGCUGGAGGAGAUCUUCGAGGCUGUGUGGGUGAAUGAGUCUGUUGUACGCUGUGACCAGGUGGUGCUGCACACGACCCGGAAGAGCCAGGUGUUCCCGCUCAGCCUCCAACUAAAGGGGCGGCCAGCCCGAUUCCUGGACAGCCCUGAGCCCAUGACAGUCAUGGUCUAUAACUGUGCCAUGGGCAGCCCCGACUGUUCCCAGUGCCUGGGCCGCGAAGACCUGGGUCACCUGUGCAUGUGGAGUGAUGGCUGCCGCCUGCGGGGGCCUCUGCAGCCCAUGGCUGGCACCUGCCCCGCCCCCGAGAUCCACGCGAUUGAGCCCCUGAGUGGCCCGUUGGACGGUGGGACCCUGCUGACCAUCCGAGGAAGGAACCUGGGCCGGCGGCUCAGUGACGUGGCCCACGGCGUGUGGAUUGGUGGUGUGGCCUGUGAGCCACUGCCUGACAGAUACACGGUGUCGGAGGAGAUCGUGUGUGUCACAGGGCCAGCCCCAGGACCACUCUCAGGUGUGGUGACCGUGAACGCCUCUAAGGAGGGCAAGUCCCGGGACCGCUUCUCCUACGUGCUGCCCCUGGUCCACUCCCUGGAGCCUACCAUGGGCCCCAAGGCCGGGGGCACCAGGAUCACCAUCCAUGGGAAUGACCUCCAUGUAGGCUCCGAGCUCCAGGUCCUGGUGAACGACACAGACCCCUGCACGGAGCUGAUGCGCACAGAUACCAGCAUCGCCUGCACCAUGCCUGAGGGGGCCCUGCCGGCUCCGGUGCCUGUGUGUGUGCGCUUCGAGCGUCGGGGCUGCGUGCACGGCAACCUCACCUUCUGGUACAUGCAGAACCCGGUCAUCACGGCCAUCAGUCCCCGCCGCAGCCCUGUCAGUGGCGGCAGGACCAUCACAGUGGCUGGUGAGCGUUUCCACAUGGUGCAGAAUGUGUCCAUGGCCGUCCACCACAUUGGCCGGGAGCCCACGCUCUGCAAGGUUCUCAACUCCACCCUCAUCACCUGCCCGUCCCCCGGGGCCCUGAGCAACGCAUCAGCGCCAGUGGACUUCUUCAUCAAUGGGCGGGCCUACGCAGACGAGGUGGCUGUGGCUGAGGAGCUACUGGACCCCGAGGAGGCACAGCGGGGCAGCAGGUUCCGCCUGGACUACCUCCCCAACCCACAGUUCUCUACGGCCAAGAGGGAGAAGUGGAUCAAGCACCACCCCGGGGAGCCUCUCACCCUCGUUAUCCACAAGGAGCAGGACAGCCUGGGGCUCCAGAGUCACGAGUACCGGGUCAAGAUAGGCCAAGUAAGCUGCGACAUCCAGAUUGUCUCUGACAGAAUCAUCCACUGCUCGGUCAACGAGUCCCUGGGCGCGGCCGUGGGGCAGCUGCCCAUCACAAUCCAGGUAGGGAACUUCAACCAGACCAUCGCCACACUGCAGCUGGGGGGCAGCGAGACGGCCAUCAUCGUGUCCAUCGUCAUCUGCAGCGUCCUGCUGCUGCUCUCCGUGGUGGCCCUGUUCGUCUUCUGUACCAAGAGCCGACGUGCUGAGCGUUACUGGCAGAAGACGCUGCUGCAGAUGGAGGAGAUGGAAUCUCAGAUCCGAGAGGAAAUCCGCAAAGGCUUCGCUGAGCUGCAGACAGACAUGACAGAUCUCACCAAGGAGCUGAACCGCAGCCAGGGCAUCCCCUUCCUGGAGUAUAAGCACUUCGUGACCCGCACCUUCUUCCCCAAGUGUUCCUCCCUUUAUGAAGAGCGUUACGUGCUGCCCUCCCAGACCCUCAACUCCCAGGGCAGCUCCCAGGCACAGGAAACCCACCCACUGCUGGGAGAGUGGAAGAUUCCUGAGAGCUGCCGGCCCAACAUGGAAGAGGGAAUUAGCUUGUUCUCCUCACUACUCAACAACAAGCACUUCCUCAUCGUCUUUGUCCACGCGCUGGAGCAGCAGAAGGACUUUGCGGUGCGCGACAGGUGCAGCCUGGCCUCGCUGCUGACCAUCGCGCUGCACGGCAAGCUGGAGUACUACACCAGCAUCAUGAAGGAGCUGCUGGUGGACCUCAUUGACGCCUCGGCCGCCAAGAACCCCAAGCUCAUGCUGCGGCGCACAGAGUCUGUGGUGGAGAAGAUGCUCACCAACUGGAUGUCCAUCUGCAUGUACAGCUGUCUGCGGGAGACGGUGGGGGAGCCAUUCUUCCUGCUGCUGUGUGCCAUCAAGCAGCAAAUCAACAAGGGCUCCAUCGACGCCAUCACAGGCAAGGCCCGCUACACACUCAGUGAGGAGUGGCUGCUGCGGGAGAACAUCGAGGCCAAGCCCCGGAACCUGAACGUGUCCUUCCAGGGCUGUGGCAUGGACUCGCUGAGCGUGCGGGCCAUGGACACCGACACGCUGACACAGGUCAAGGAGAAGAUCCUGGAGGCCUUCUGCAAGAAUGUGCCCUACUCCCAGUGGCCGCGUGCAGAGGACGUCGACCUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1154.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1202.71
Frequency: 0.0000
Diversity: 769.21
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((..(((...((.(.(((((((((.((((.((((....(((...((((...(((..((((..((((((.....((((((..(((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((..((..(((((((.((...((((.(((((...))))).)))).)))))))))..))..))).)).)))))((((.(((............))).)))).((.(((....))).))..............(.(((((((....))))))).)..((((......))))..(((((((((...(((((....(((((((((...))))))))).)))))....))))))))).........)))))))))))).)............)))))))))).)..))))..))))))...(((((((..((.((((((.((((.(((((((((..(((....((((((((...((.(....).))...)))....((((((((((((.(((...))).)))))..))))))).)))))....)))...)).).)))))).).))).)))))).)).(((.((((.(((((((....))).)))).)))).))).(((((.(((((..(((((...((((((((((((..((((((((((((.((((((..((.((.(((((...((((((((((..(((((((.((((((......))...(((((((...)))))))(((((.(((...(((((.(.((((((((((.((((((((((.(((.(((..(((((..((((((((.((....)).)))))))))))))))))))))....)))).))))....(((((.(((..(((((.((.((((....))))(((.(((((((...(((((...(((((((.(((((((((((.......(((.(((((...))))).))).)))))))))))(((((((....)))).)))..........)))))))((((((.((....((((.((((.....)).))))))...)).)))))).((.(((((((.((((..((((((((.(((....((((....))))..))).)))...)))))..)))).))))))).))))))))))))))))))).)))))..))).)))))((((.......))))..(((.......)))))))))))))))))))..))).)))))))))))))))).((((....)))).(((((((.((..((....))((((((.(((((((.((((((..........)))))))))...)))).)))))).((.........)))).))))))))))).))))))....))))))).))....)).)))))))..)))))..)))).......)))))))(((.((....)))))(((((((((....((((((..(((.....((((.((..(((((((((.....)))))).)))..)).))))......))).)))))))))))))))...(((....((((........)))))))((((((...))).)))......(((....)))))))).)))))..))))).))))).........))))))).)))).))..))))..)))))))..)))..)))).)))).)))))..))))))))))..)))(((((((((((((.(((((((((((((((((((((.............(((..((........))..)))...........))))))).((((((((.(((.((((.((...(((((((((.((((((((((((....((((((((.....))))))))......((((((((((.......((((......)).)).......)))))))))).)))))))))))).)(((((...)))))...(((....)))...(((((..(((...((((.((((((((..(((((..(((...((((.(((..(((..((..(((..((((....))))..)))..))...))).))).))))...(((.(((((((.(((...((((.((.......)).)))).......((((((((...((........))...))))))))((((((.((..((........))..))))))))..((((...(((((....(((((((((((((...)))..((((((....(((((((................)))))))..))))))(((((....((((....((((...))))....))))...)))))((((((..((((((((........)))))..))).)))))).)).)))).))))))))).))))(((((((.(........).)))))))((((.((..((.((((.((((.((............))....)))).))))))..)))))).))).))))))).))).......))).)))))..)))))).)).)))).))))))))......((.((((((((........(((((((.((......)))))))))..........)))))).)).))(((......)))..(((((((...((.(((((((((..((..((.(....).)).)).((.(.(((((((((.((((...((.....)).)))).))))).)))).).))))))))))).)))))))))))))))))........((((....))))((((.....)))))).)))).))))).......))))))..))))).))))))))).))).)))).)))...)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((..{,(.,.({,(.(((((((((.((((.((((.{{,({,...{||||..((({.((((..{{{{{{..,..(((((({,(((((((({,(((((({((((((((((((((((((((((..((..(((((((.((...((({.(((((...})))),})|}}}.))))))}..))..))).}}.)))))((((.(((............))).)))),((.{{{....}}}..},,,....{{{{{..(|({,,,|}))).}})))))}}..((((......))))..(((((((((((.(((((....{((((((((...))))))))).))))).)),))))))))).........)))))))))))).}............)))))))))).,},)))),.))))))...(((((((..((.((((((.((({.(((((((((..{((....((((((((..,{(,{....,})).,.)))....((((((((((((.{({...}}}.)))))..))))))).)))))....))}...)).),}))))).).))).)))))).)).(((.((((.(((((((....))).)))).)))).))).(((((.(((((..(((((...((((((((((((..((({((((((((.((((((..((.((.(((((...((((((((((..(((((((.((((((......)),..(((((((...))))))){((((.(((...(((((.(.((((((((((.((((((((((.(((.(((..(((({.,((((((((.((....)).)))))))))))))))))))}},,..)))).))))....(((((.(((..(((((.((,((((....)))){{.{(((((((...(((((...(((((((.((((((((({{.....,.(((.(((({...})))).))).)))))))))))(((((((....}))).))),.......,.)))))))((((((.((....((({,({((.....}).))))))...)).)))))).((.(((((((.((((..((((((((.(((....((((....))))..))).)))...)))))..)))).))))))).))))))))))))))))))).)))))..))).)))))((((.......))))..{((.......)))))))))))))))))))..))).))))}})))))))))).((((....}))).(((((((.((..{{....}}((((((.(((((((.((((((..........)))))))))...)))).)))))).({,......,,,,}}.))))))}))))}}}))))....))))))).))....)).)))))))..)))))..}},,.......))))))){,,.{{..{{|||||(((((((((,...((((((..{((.....((((,((..(((((((((.....))))))},))..)).))))......)}}.))))))))})))))}.,.(((.,..((((........)}}))}){(({{{,,,})).}))}}}},.(((....)))))))).)))))..))))).))))).........))))))).}))).))}},,}}..}}}},)},.})),,)))).)))).)))))..))))))),}},})))(((((((((((((.((((((((((((((({(((((||..,......,,(((.,((........}}..)}}....|,...,,)}}||}}|{|||||||,(((.((((.((.{{(((((((({.((((((((((((....((((((((.....))))))))......(((((((((,.{{,.,.{,,({{{{...,.))})).,}})))))))))).}))))))))))}.|{,((({{,.||||...,,,,,}}||,...||{,...{|{{{{,,((,{(((((|,,,{,,,||.|||.,}||}....}}}|||{....,||||,{(((.,,,|}}|,,{,(((({...,,{|||||((((,..((...,(((((...(((.(.....,.}}}...))))))))))))}.|(((((({...{{........}}...)))))))|((((({{((..((........)}..}})))))}},}})}..,,}}))}}.,|}}}}|||((((.....||{,(((((,....(((((((................))))))).,||||||{{(({{{,{{{,{,{{,((((..{||||{{,.||||.,|||||{((((({..(((|{{{{..|,,..,))))),,})).}}}})),||,}||||||||||,||....((((((((,(......},}.)))))))){,.,{|.,{{.{((|.{|||,|,,,,}..,.,,.,))}...))))})))))},.},}})}}|||{||||.,,.,})))))},,},)})})))).)))))}))).)}})}))}}))}),}}})))))}}||||||.,},}},,(((((((.{{......)}))))))).........,)))))),})..,(((......)))..(((((((..,((.(((((((((..{(,.((.(....).}}.,},|(.,.(((((((((.((((...,,.....},.)))).))))).)))).}.},))))))))).)))))))))}))))))),}}.....((((....)))}((((.....))))}),)))).)))||......,)))))},,.}}}}.})))))))).))).)))).)))...)))
Back