Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PLXND1_0002100

Sequence Length

582 nt

GC Content

0.5911

UGUUCCUCCCUUUAUGAAGAGCGUUACGUGCUGCCCUCCCAGACCCUCAACUCCCAGGGCAGCUCCCAGGCACAGGAAACCCACCCACUGCUGGGAGAGUGGAAGAUUCCUGAGAGCUGCCGGCCCAACAUGGAAGAGGGAAUUAGCUUGUUCUCCUCACUACUCAACAACAAGCACUUCCUCAUCGUCUUUGUCCACGCGCUGGAGCAGCAGAAGGACUUUGCGGUGCGCGACAGGUGCAGCCUGGCCUCGCUGCUGACCAUCGCGCUGCACGGCAAGCUGGAGUACUACACCAGCAUCAUGAAGGAGCUGCUGGUGGACCUCAUUGACGCCUCGGCCGCCAAGAACCCCAAGCUCAUGCUGCGGCGCACAGAGUCUGUGGUGGAGAAGAUGCUCACCAACUGGAUGUCCAUCUGCAUGUACAGCUGUCUGCGGGAGACGGUGGGGGAGCCAUUCUUCCUGCUGCUGUGUGCCAUCAAGCAGCAAAUCAACAAGGGCUCCAUCGACGCCAUCACAGGCAAGGCCCGCUACACACUCAGUGAGGAGUGGCUGCUGCGGGAGAACAUCGAGGCCAAGCCCCGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-218.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -230.69

Frequency: 0.0000

Diversity: 132.17

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((.((((....(((.(.(((((..(((..(((((......(((((...(((...((((((((.((((....((....))..(((((........)))))......)))).))))))))..........))).))))).....(((((((................))))))).((((((((((((((((((..(((.((((..((((((((.((((..(.((((((((((..((((((((........)))))..))).))))))(((.(.(((.((..((((....((((((((.(........).))))))))....((.(((.(((....).)).))))).......))))..))))).).)))(((...)))(((((.((......))))))))))).).)))).))))).))).)))))))..)).))))))))))))))))..........(((((((.((......)))))))))........)))))..))).)))))).)))...(((.(((((.((.(((.....))).)).).))))..))))))))))))(((.(((...))).)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((({{((((....(((.(.(((((..(((..(((((....,.,,,,,...,.,..,((((((((.((((....{{...,}|.,((({{..,,,,.,}))}}......)))).)))))))),,.,,.....||{{|||||.....(((((((................))))))).(((((((((((((((({(.,(((,((((..((((((((.((((.,(,((((((((({..(((,((((..|.,...))))).|})).}}|)||{{{,|.||||{{{{(.({....((((((((,(......},}.))))))))...,{{.,((.(((,.,,||,|,},}}..,.,,..))}..,))))})))))},,|.}|}||{((({{((......))))))}}}}),}.)))).))))).))).))))}))..))}))))))))))))))))}}.,}}}}}}(((((((.{{......)})))))))........)))))..))).)))))).)))...(((.((((({((.(,(,{...))).},}))))))..))))))))))))(((.(((...))).)))