Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PLXND1_0002800

Sequence Length

1216 nt

GC Content

0.6373

ACCACGUGACUGUUGAGAUGUCUGUGAGGGUCAAUGGGCGGAACAUCGUCAAGGCCAAUUUCACCAUCUACGACUGCAGCCGCACUGCACAAGUGUACCCCCACACAGCCUGUACCAGCUGCCUGUCGGCACAGUGGCCCUGUUUCUGGUGCAGCCAGCAGCACUCCUGUGUUUCCAACCAGUCUCGGUGCGAGGCCUCACCAAACCCCACGAGCCCUCAGGACUGCCCCCGGACCCUGCUCUCACCCCUGGCACCCGUGCCUACGGGUGGCUCCCAGAACAUCCUGGUGCCUCUGGCCAACACUGCCUUUUUCCAGGGUGCAGCCCUGGAGUGUAGUUUUGGGCUGGAGGAGAUCUUCGAGGCUGUGUGGGUGAAUGAGUCUGUUGUACGCUGUGACCAGGUGGUGCUGCACACGACCCGGAAGAGCCAGGUGUUCCCGCUCAGCCUCCAACUAAAGGGGCGGCCAGCCCGAUUCCUGGACAGCCCUGAGCCCAUGACAGUCAUGGUCUAUAACUGUGCCAUGGGCAGCCCCGACUGUUCCCAGUGCCUGGGCCGCGAAGACCUGGGUCACCUGUGCAUGUGGAGUGAUGGCUGCCGCCUGCGGGGGCCUCUGCAGCCCAUGGCUGGCACCUGCCCCGCCCCCGAGAUCCACGCGAUUGAGCCCCUGAGUGGCCCGUUGGACGGUGGGACCCUGCUGACCAUCCGAGGAAGGAACCUGGGCCGGCGGCUCAGUGACGUGGCCCACGGCGUGUGGAUUGGUGGUGUGGCCUGUGAGCCACUGCCUGACAGAUACACGGUGUCGGAGGAGAUCGUGUGUGUCACAGGGCCAGCCCCAGGACCACUCUCAGGUGUGGUGACCGUGAACGCCUCUAAGGAGGGCAAGUCCCGGGACCGCUUCUCCUACGUGCUGCCCCUGGUCCACUCCCUGGAGCCUACCAUGGGCCCCAAGGCCGGGGGCACCAGGAUCACCAUCCAUGGGAAUGACCUCCAUGUAGGCUCCGAGCUCCAGGUCCUGGUGAACGACACAGACCCCUGCACGGAGCUGAUGCGCACAGAUACCAGCAUCGCCUGCACCAUGCCUGAGGGGGCCCUGCCGGCUCCGGUGCCUGUGUGUGUGCGCUUCGAGCGUCGGGGCUGCGUGCACGGCAACCUCACCUUCUGGUACAUGCAGAACCCGGUCAUCACGGCCAUCAGUCCCCGCCGCAGCCCUGUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-533.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -553.60

Frequency: 0.0000

Diversity: 233.73

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((((...(((((((((...(((((((((....((((......))))..))))...)))))))))).))))((((((..(((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((..((..(((((((.((...((((.(((((...))))).)))).)))))))))..))..))).)).)))))((((.(((............))).)))).((.(((....))).))..............(.(((((((....))))))).)..((((......))))..(((((((((...(((((....(((((((((...))))))))).)))))....))))))))).........)))))))))))).)............)))))))))).)..))))..)))))).......(((..((.((((((.((((.(((((((((..(((....((((((((...((.(....).))...)))....((((((((((((.(((...))).)))))..))))))).)))))....)))...)).).)))))).).))).)))))).))..)))..)))))))..((((((((((...((.(((((((....((((.(((....)))...))))...)))))))))..(((((..((((((((((.....(((((..((((.(((.((......)).))).))))(((......)))))))))).))))))))..))))).....((((.(.((((((((((.((((((((((.(((.(((..(((((..((((((((.((....)).)))))))))))))))))))))....)))).))))....(((((.(((..(((((.((.((((....))))(((.(((((((...(((((...(((((((.(((((((((((.......(((.(((((...))))).))).)))))))))))(((((((....)))).)))..........)))))))((((((.((....((((.((((.....)).))))))...)).)))))).((.(((((((.((((..((((((((.(((....((((....))))..))).)))...)))))..)))).))))))).))))))))))))))))))).)))))..))).)))))((((.......))))..(((.......))))))))))))))))))))))))..)))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((((((...(((((((((...(((((((((....((((,....,))))..))))...)))))))))).))))((((((,.({((((((,{(((((({((((((((((((((((((((((..((..(((((((.((...((({.(((((...})))),})|}}}.))))))}..))..))).}}.)))))((((.(((............))).)))),((.{{{....}}}..},,,....{{{{{..(|({,,,|}))).}})))))}}..((((......))))..(((((((((((.(((((....{((((((((...))))))))).))))).)),))))))))).........)))))))))))).}............)))))))))).,,})))),.)))))).......,((..((.((((((.((({.(((((((((..{((....((((((((..,{(,{....,})).,.)))....((((((((((((.{({...}}}.)))))..))))))).)))))....))}...)).),}))))).).))).)))))).)).,))),})))))))..((((((((((.,...{(((((((..,{(((({(,..|||||||..|||},||}}}}|||.|..(((((..((((((((((.....(((((,,((((.(((.((......)).))).)))}|{{......}})))))))).))))))))..)))))..,.,|{{{.|.((((((((((,(((((((({{.((|.|{{,,(((({.,((((((((.((....)).))))))))))))))))))))),,,.}))).))))....(((((.(((..(((((.((,((((....)))){{.{(((((((...(((((...(((((((.((((((((({{.....,.(((.(((({...})))).))).)))))))))))(((((((....)))).))),.......,.)))))))((((((.((....((({,({((.....}).))))))...)).)))))).((.(((((((.((((..((((((((.(((....((((....))))..))).)))...)))))..)))).))))))).))))))))))))))))))).)))))..))).))))){({{,.....,))))..{{(,......})))))))))))))))))))))))..)))).