Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_POLR2A_0002200
Sequence Length
2038 nt
GC Content
0.5442
ACUUCAAGAACUAGUGCGCAGGGGGAACAGCCAGUACCCAGGCGCCAAGUACAUCAUCCGAGACAAUGGUGAUCGCAUUGACUUGCGUUUCCACCCCAAGCCCAGUGACCUUCACCUGCAGACCGGCUAUAAGGUGGAACGGCACAUGUGUGAUGGGGACAUUGUUAUCUUCAACCGGCAGCCAACUCUGCACAAAAUGUCCAUGAUGGGGCAUCGGGUCCGCAUUCUCCCAUGGUCUACCUUUCGCUUGAAUCUUAGUGUGACAACUCCGUACAAUGCAGACUUUGACGGGGAUGAGAUGAACUUGCACCUGCCACAGUCUCUGGAGACGCGAGCAGAGAUCCAGGAGCUGGCCAUGGUUCCUCGCAUGAUUGUCACCCCCCAGAGCAAUCGGCCUGUCAUGGGUAUUGUGCAGGACACACUCACAGCAGUGCGCAAAUUCACCAAGAGAGACGUCUUCCUGGAGCGGGGUGAAGUGAUGAACCUCCUGAUGUUCCUGUCGACGUGGGAUGGGAAGGUCCCACAGCCGGCCAUCCUAAAGCCCCGGCCCCUGUGGACAGGCAAGCAAAUCUUCUCCCUCAUCAUACCUGGUCACAUCAAUUGUAUCCGUACCCACAGUACCCAUCCCGAUGAUGAAGACAGUGGCCCUUACAAGCACAUCUCUCCUGGGGACACCAAGGUGGUGGUGGAGAAUGGGGAGCUGAUCAUGGGCAUCCUGUGUAAGAAGUCUCUGGGCACGUCAGCUGGCUCCCUGGUCCACAUCUCCUACCUAGAGAUGGGUCAUGACAUCACUCGCCUCUUCUACUCCAACAUUCAGACUGUCAUUAACAACUGGCUCCUCAUCGAGGGUCAUACUAUUGGCAUUGGGGACUCCAUUGCUGAUUCUAAGACUUACCAGGACAUUCAGAACACUAUUAAGAAGGCCAAGCAGGACGUAAUAGAGGUCAUCGAGAAGGCACACAACAAUGAGCUGGAGCCCACCCCAGGGAACACUCUGCGGCAGACGUUUGAGAAUCAGGUGAACCGCAUUCUUAACGAUGCCCGAGACAAGACUGGCUCCUCUGCUCAGAAAUCCCUGUCUGAAUACAAUAACUUCAAGUCUAUGGUCGUGUCCGGAGCUAAAGGUUCCAAGAUUAACAUCUCCCAGGUCAUUGCUGUCGUUGGACAGCAGAACGUCGAGGGCAAGCGGAUUCCAUUUGGCUUCAAGCACCGGACUCUGCCUCACUUCAUCAAGGAUGACUACGGGCCUGAGAGCCGUGGCUUUGUGGAGAACUCCUACCUAGCCGGCCUCACACCCACUGAGUUCUUUUUCCACGCCAUGGGGGGUCGUGAGGGGCUCAUUGACACGGCUGUCAAGACUGCUGAGACUGGAUACAUCCAGCGGCGGCUGAUCAAGUCCAUGGAGUCAGUGAUGGUGAAGUACGACGCGACUGUGCGGAACUCCAUCAACCAGGUGGUGCAGCUGCGCUACGGCGAAGACGGCCUGGCAGGCGAGAGCGUUGAGUUCCAGAACCUGGCUACGCUUAAGCCUUCCAACAAGGCUUUUGAGAAGAAGUUCCGCUUUGAUUAUACCAAUGAGAGGGCCCUGCGGCGCACUCUGCAGGAGGACCUGGUGAAGGACGUGCUGAGCAACGCACACAUCCAGAACGAGUUGGAGCGGGAAUUUGAGCGGAUGCGGGAGGAUCGGGAGGUGCUCAGGGUCAUCUUCCCAACUGGAGACAGCAAGGUCGUCCUCCCCUGUAACCUGCUGCGGAUGAUCUGGAAUGCUCAGAAAAUCUUCCACAUCAACCCACGCCUUCCCUCCGACCUGCACCCCAUCAAAGUGGUGGAGGGAGUCAAGGAAUUGAGCAAGAAGCUGGUGAUUGUGAAUGGGGAUGACCCACUAAGUCGACAGGCCCAGGAAAAUGCCACGCUGCUCUUCAACAUCCACCUGCGGUCCACGUUGUGUUCCCGCCGCAUGGCAGAGGAGUUUCGGCUCAGUGGGGAGGCCUUCGACUGGCUGCUUGGGGAGAUUGAGUCCAAGUUCAACCAAGCCAUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-712.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -751.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 449.42
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(..........)((((.((.((..((((.((((((.(((((((((((....((((((........))))))(((((((.....(((..(((((((...((((((((((...))).)))......))))....)))))))..)))...))))))).((((...(((((((((.....((.((((...((((((((..((((((((((.......((((.(((.((((((((.((.(.((((((..((((........))))........((((.(((........)))))))(((.((((((..((((.....(((((.(((((((..........)))))))..((((((((....)))))))).((.((((((((........)).))))))))((.((.(((...(((((((.................))))))).....))).)).))..((((((......(((((((..(((((((.......((((((((((((.(((((((((......))))))).(((((.............)))))....)).))))))..))))..)).......)))))))....((..(((.....)))..))((((.....)))).))))))).....)))))).))))).....))))..)))))))))(((.....)))))))))).)))))))))).))).))))))))))))))..))))).)))((.((((((((((((((...((((...(((.((.((((((.......)))))))))))........(((((((((..((((((....(((.((.((((........((((..((((...))))(((.((..(((((((.(((.....))).)))))))..)).)))...)))))))).)).))).............((...)).))).)))..)))))....)))).(((((........(((((.((((((.....(((((....))))).((((..((((.((((((..((....))..)))))))))).))))............))))))...)))))........)))))................))))..))).)))))))))))))...)))))))))).)))))..))))..((..((((((((....)))))))).))(((((((((((((.((......)).))))...)).))((.((((((((....(((((...)))))....))))...))))))..((((..(((((....))).))..))))((((((...(((((((((((....((((.(((((((.((.((((((...(.(((((((((.(((((((((.(.((((((...(((((....))))))))))))))))..))))...)..)))))))).).)....)))))).)...((((((..(((((.(((.(((((((((((....)))))..(((.......)))(((.((((..((((((..((..((((...))))))))))))..)))).)))....(((((((....)))))))((.((((.(((.....))).)))))).(((((((......)))))))...))))))))).))).)).........))))))..(((((......)))))((((((((....(.(((((((((.((((...((((.((...(((.(((.((((...(((..(((.....((((((((((.((....(((.((((.((.((((.(((((.............))))).)))).)))).)).((((((((.(((................))))))))))).(((....)))(((.....))))))....).)...))))))))))......)))..))).....)))).))))).)...)).))))...)))).))))).)))).).....))))))))).)))))).).))))....))))))))))))))))).))))))))).)))))))...)))).))....))))..))..))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{{...{{(((.(.((((..(((..((.....}}.)))..))))}.....((((((........))))))(((((((.....(((..(((((((...((((((((((...)))},))......))))....)))))))..)))...)))))))..((((.{{,..((((((..({((((((((.,((((((((..((((((((((.......((((.(((.(((((((({((.(.(((((({{((({,,......}},)}}}...,,((((.(((........)))))))(((.((((((..((((.....(((((.(((((((..........)))))))..((((((({....}))))))).((.((((((((........),,)))))}))((.((.((({.,(((((((.............,...))))))}...,.))).)).))..((((((.,....(((((((..(((((((.......((((({((((((.(((,(((,({{{,..,))))),.(((((.,........,..)))))}}}})).))))))..}))}..)).......)))))))....((..(((.....)))..))((((.....)))).)))))))...,.)))))).))))).....))))..))))))))},{(,....)))))))))).)))))))))).))).))))))))))))))..)))))},)}.||(((((...(((((.(((((((.((((({((.((((((.......)))))))),,{((({{,,..........................}}.}||}},.......{{{{.((((...))))|||,{{..(((((((.(((,...,))).)))))))..}}.}}}..})))))....{{.,,..........},,)))),,))..)))))..)))))},,.....((((((.{.(..((.(((((((((,(({......}))....{(({,.((((..((({{((((((..((....))..)))))))))).)))),})),......,}|((((((((((((((........))))}.........,,...,}}...|(((((((((.((((((...)))))).{(({....))))(((..(.{.((((((((....))))))))...},}..))}...(((((.(((.....(({...}))...))).)))))...(((((((((..,.(((((.,(((,.((({,(((,.((((..((((,....,)),))..))))}}|||||..|||.,(((((({{{,..,,{{,((.,..}}})},)}))))}}}}}}{(((({.,,,|}}}}|{.((((((.,,{(({{..,,))))))))))))},.},,})))}..,.))))).,..)))))))))..))))))))}((((({...(((.((,{(((((((((((....))))),,(((.......)))(((.((((..((((((..,{..((((...))))),))))))..)))).)))....{((((((....))))))){(.((((.(((.....))).)))))),(((((((......)))))))...})))))))).))).((((........))))...(((({......))))){(((((((.,,,(.(((((((((.((((.,,((((.((...,{{.||{,|{||...{((,,((({{,..((((((((((.{(,((.{{{.((({,((.((((,((({,....,,,,...,,})))}.}})}.}}}..||.{(((((((,{((.,,...........},))))))))))}{(({....}))|||....,)),))),||,}.}...}))))))))),.,...)))..))),....)))}.})))).,,,,)},))))...)))).)))))},))).).}},.)))))))))})))}))))))))))))))))))).))..).))))))),},))))))))})))))))),)})))).,))))..,,,,),,...
Back