Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_POLR2A_0002300

Sequence Length

2432 nt

GC Content

0.5214

GUGUGAGCCACUGCACUGGACUUGCAAAGGACUUUAGGUCCAUUGUCCUUUUAUUCUUAGAUACCUCCUUCACUGAGACCUUUUCCUUACCUCACCUCUCUAGGUGGAACGGCACAUGUGUGAUGGGGACAUUGUUAUCUUCAACCGGCAGCCAACUCUGCACAAAAUGUCCAUGAUGGGGCAUCGGGUCCGCAUUCUCCCAUGGUCUACCUUUCGCUUGAAUCUUAGUGUGACAACUCCGUACAAUGCAGACUUUGACGGGGAUGAGAUGAACUUGCACCUGCCACAGUCUCUGGAGACGCGAGCAGAGAUCCAGGAGCUGGCCAUGGUUCCUCGCAUGAUUGUCACCCCCCAGAGCAAUCGGCCUGUCAUGGGUAUUGUGCAGGACACACUCACAGCAGUGCGCAAAUUCACCAAGAGAGACGUCUUCCUGGAGCGGGGUGAAGUGAUGAACCUCCUGAUGUUCCUGUCGACGUGGGAUGGGAAGGUCCCACAGCCGGCCAUCCUAAAGCCCCGGCCCCUGUGGACAGGCAAGCAAAUCUUCUCCCUCAUCAUACCUGGUCACAUCAAUUGUAUCCGUACCCACAGUACCCAUCCCGAUGAUGAAGACAGUGGCCCUUACAAGCACAUCUCUCCUGGGGACACCAAGGUGGUGGUGGAGAAUGGGGAGCUGAUCAUGGGCAUCCUGUGUAAGAAGUCUCUGGGCACGUCAGCUGGCUCCCUGGUCCACAUCUCCUACCUAGAGAUGGGUCAUGACAUCACUCGCCUCUUCUACUCCAACAUUCAGACUGUCAUUAACAACUGGCUCCUCAUCGAGGGUCAUACUAUUGGCAUUGGGGACUCCAUUGCUGAUUCUAAGACUUACCAGGACAUUCAGAACACUAUUAAGAAGGCCAAGCAGGACGUAAUAGAGGUCAUCGAGAAGGCACACAACAAUGAGCUGGAGCCCACCCCAGGGAACACUCUGCGGCAGACGUUUGAGAAUCAGGUGAACCGCAUUCUUAACGAUGCCCGAGACAAGACUGGCUCCUCUGCUCAGAAAUCCCUGUCUGAAUACAAUAACUUCAAGUCUAUGGUCGUGUCCGGAGCUAAAGGUUCCAAGAUUAACAUCUCCCAGGUCAUUGCUGUCGUUGGACAGCAGAACGUCGAGGGCAAGCGGAUUCCAUUUGGCUUCAAGCACCGGACUCUGCCUCACUUCAUCAAGGAUGACUACGGGCCUGAGAGCCGUGGCUUUGUGGAGAACUCCUACCUAGCCGGCCUCACACCCACUGAGUUCUUUUUCCACGCCAUGGGGGGUCGUGAGGGGCUCAUUGACACGGCUGUCAAGACUGCUGAGACUGGAUACAUCCAGCGGCGGCUGAUCAAGUCCAUGGAGUCAGUGAUGGUGAAGUACGACGCGACUGUGCGGAACUCCAUCAACCAGGUGGUGCAGCUGCGCUACGGCGAAGACGGCCUGGCAGGCGAGAGCGUUGAGUUCCAGAACCUGGCUACGCUUAAGCCUUCCAACAAGGCUUUUGAGAAGAAGUUCCGCUUUGAUUAUACCAAUGAGAGGGCCCUGCGGCGCACUCUGCAGGAGGACCUGGUGAAGGACGUGCUGAGCAACGCACACAUCCAGAACGAGUUGGAGCGGGAAUUUGAGCGGAUGCGGGAGGAUCGGGAGGUGCUCAGGGUCAUCUUCCCAACUGGAGACAGCAAGGUCGUCCUCCCCUGUAACCUGCUGCGGAUGAUCUGGAAUGCUCAGAAAAUCUUCCACAUCAACCCACGCCUUCCCUCCGACCUGCACCCCAUCAAAGUGGUGGAGGGAGUCAAGGAAUUGAGCAAGAAGCUGGUGAUUGUGAAUGGGGAUGACCCACUAAGUCGACAGGCCCAGGAAAAUGCCACGCUGCUCUUCAACAUCCACCUGCGGUCCACGUUGUGUUCCCGCCGCAUGGCAGAGGAGUUUCGGCUCAGUGGGGAGGCCUUCGACUGGCUGCUUGGGGAGAUUGAGUCCAAGUUCAACCAAGCCAUUGUGAGUGUUGUGCUCUUCACAGCAGUCUUCUUUUCCUCCUUUUACCUGUUGACUUCUGUGGUUUCCAAGAGCAGCCCACUUCUGUCCACAACCUACAGAAUAGGUUCUGUAGGUUCUGUCCCACCUAAUAAUAGCUCUCAUUCAUGGAGAGACUGCUUGUACCUUACCAAGUCCUGUGUUUGGCCCAUUAUCGCUUUAUACCAUCAUGGCUUUAAUACACUCCUAGUAGGGGAGGGUUUGUUAGUCCCAUGUUGCAGAGACAAAAACUGAGGCUUGGAGAGAGUGACUGGAUUGUGUGAUGGUCAUAUAGGAAGUAAGUGGCAUGACUGGGAUAUGACAUAGGAGAAUUGUUCUUUUUUUUUUUCUCUACACUCUCUGCUGUGUGCAGGGUCUAAUUUAGAUAAAGAUAGGGAAUUGGGGCUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-828.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -873.85

Frequency: 0.0000

Diversity: 512.47

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(...((((((..((....(((.(((..(((((((((((((((.((......((((....)))).......)).)).)))))..........((((((....))))))...(((...(((..(.((((((........)))))).)..)))))).....((((((..((((((((((.......((((.(((.((((((((.((.(.((((((..((((........))))........((((.(((........)))))))(((.((((((..((((.....(((((.(((((((..........)))))))..((((((((....)))))))).((.((((((((........)).))))))))((.((.(((...(((((((.................))))))).....))).)).))..((((((......(((((((..(((((((.......((((((((((((.(((((((((......))))))).(((((.............)))))....)).))))))..))))..)).......)))))))....((..(((.....)))..))((((.....)))).))))))).....)))))).))))).....))))..)))))))))(((.....)))))))))).)))))))))).))).))))))))))))))..)))))).)))))).))..))).))).)))))))))(((((((.(((((((((((((....))))......((((((.((((((((((.((((((..(((((..((((........((((..((((...))))(((.((..(((((((.(((.....))).)))))))..)).)))...)))).......................(((((((((((((......(((((......((((((.(.(..((.(((((((((.(((......))).....(((..((((..((((.((((((..((....))..)))))))))).))))..)))........(((((((((((((((........))))).....................(((((((((.((((((...)))))).((((....))))(((..(.(.((((((((....))))))))...).)..)))...(((((.(((.....(((...)))...))).)))))...(((((((((....(((((..((((.(((.((((((((((..(((((....))).))..))))).((((((((((.((.(.................).)))))).))))))...((.((((((....))))))))((((((.((.((....)))))))))))))))..))).))))....)))))....)))))))))..)))))))))(((((....(((.(((.(((((((((((....)))))..(((.......)))(((.((((..((((((..((..((((...))))))))))))..)))).)))....(((((((....)))))))((.((((.(((.....))).)))))).(((((((......)))))))...))))))))).))).((((........))))...(((((......)))))((((((((....(.(((((((((.((((...((((.((...(((.(((.((((...(((..(((.....((((((((((.((....(((.((((.((.((((.(((((.............))))).)))).)))).)).((((((((.(((................))))))))))).(((....)))(((.....))))))....).)...))))))))))......)))..))).....)))).))))).)...)).))))...)))).))))).)))).).....))))))))))))).))))))))))))))))))).))..).)))))))....((((((((..((((((.((((.(((.((((..(((....)))))))..))).))))..(((((.((((..(.................)..)))).)))))))))))..))))))))..........((.(((((((((((....))))))))))).)).........((((((((((((.......))))).))).))))))))).....)))))))..))))))................((.(((((..((((((..(((((.....)))))....))))))..))))).))....))))....)))))..)))))))))).))..))..)).))))))(((((((....(((..........)))...))))))).)))))))...(((((((.(((((.(((.......((((((.....))))))........))).))))).))))))))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(...(((((({{(,,{,{(((,(({,,,(((({.,,||}|},.|||||......{{,{{{,.........,,}))})},,...,,,....,{(((((....))))))...{{(...{{{|,|.{(((((........)))))).|,,|}||}}..,{{((((((..((((((((((.......((((.(((.(((((((({((.(.(((((({{((({,,......}},)}}}...,,((((.(((........)))))))(((.((((((..((((.....(((((.(((((((..........)))))))..((((((({....}))))))).((.((((((((........),,)))))}))((.((.((({.,(((((((.............,...))))))}...,.))).)).))..((((((.,....(((((((..(((((((.......((((({((((((.(((,(((,({{{,..,))))),.(((((.,........,..)))))}}}})).))))))..}))}..)).......)))))))....((..(((.....)))..))((((.....)))).)))))))...,.)))))).))))).....))))..))))))))},{(,....)))))))))).)))))))))).))).))))))))))))))..)))))),))})))}))}}))}.))))).)))))))(((((((.({((((((({{{{....|}||{{{{,.{{((((,{{({{(((((.((((({..(((((..((((.{,..{{{((((,.((((...))))|||.{{..(((((((.(((,...,))).)))))))..}}.}}},,.|,|{{,{..,{{{..............(((((((((((((......(((((,.....((((((.(.(..((.(((((((((.(((......)))....,(({,.((((..((({{((((((..((....))..)))))))))).)))),})),......,}(((((((((((((((........))))}........,,,...,,}..,,(((((((((.((((((...)))))).((({....})))(((..(.(.((((((((....))))))))...}.)..)))...(((((.(((.....(({...)))...))).)))))...(((((((((....(((((.,(((,.((((,(((,.((((..((((,....,)),))..)))))}|||||..|||..((((({({{,....{{,{{....})})).)})))))))))}{(((({....}))))}{.((((((.{,{(({,..,,)))))))))))}|..},,,)))}..,.)))))....)))))))))..))))))))){(((({...(((.((,{(((((((((((....))))),,(((.......)))(((.((((..((((((..,{..((((...))))),))))))..)))).)))....{((((((....))))))){(.((((.(((.....))).)))))),(((((((......)))))))...})))))))).))).((((........))))...(((({......))))){(((((((.,,,(.(((((((((.((((.,,((((.((...,{{.||{,|{||...{((,,((({{,..((((((((((.{(,((.{{{.((({,((.((((,((({,....,,,,...,,})))}.}})}.}}}..||.{(((((((,{((.,,...........},))))))))))}{(({....}))|||....,)),))),||,}.}...}))))))))),.,...)))..))),....)))}.})))).,,,,)},))))...)))).)))))},))).).}},.))))))))))))},))))))))))))))))))).))..).})))))),,..((((((((..((((((.((((.(((.((((..(((....)))))))..))).))))..(((((.((((..(.................)..)))).)))))))))))..)))))))).,,....},.((.(((((((((({....})))))))))).)).........,,,,((((((((.......))))).))).})),))))).....)))))))..))))))..,,,..,{{......,,.{{{||,.,||{|{,.(((((.....))))).}},})}}}),,)))}),))..}})))}....))))),.)))))))))).)),,)).,}},))))))|||||{{.},.{||.}},}}},}}))).,.,}}})}}.}))))))...(((((((.(((((.(((.......((((((.....))))))........))).))))).)))))))}))))))))