Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PPP1R12A_0002600

Sequence Length

1793 nt

GC Content

0.4044

AUAAGACAAAACCCCUGGCUUCUGUAACUAAUGCCAACACUUCUAGUACACAAGCAGCUCCUGUAGCUGUUACAACACCUACUGUGUCAUCAGGUCAAGCAACACCUACAUCACCUAUUAAAAAGUUUCCAACCACAGCUACAAAAAUUUCUCCCAAAGAAGAAGAGAGAAAAGAUGAGUCUCCUGCAACUUGGAGGUUAGGACUUAGAAAGACGGGCAGCUAUGGUGCACUUGCUGAAAUCACAGCAUCUAAAGAGGGUCAGAAAGAAAAAGAUACUGCAGGUGUUACACGUUCAGCUUCAAGUCCCAGACUUUCCUCCUCUUUGGAUAAUAAAGAAAAGGAGAAAGAUAGUAAAGGAACUAGGCUUGCAUAUGUUGCACCUACAAUACCAAGACGACUAGCCAGUACAUCUGACAUUGAAGAGAAAGAAAACAGAGAUUCUUCAAGUUUGCGAACAAGUAGUUCAUAUACAAGGAGAAAAUGGGAAGAUGAUCUUAAAAAAAAUAGCUCAGUUAAUGAAGGAUCAACGUAUCAUAAAAGUUGCUCCUUUGGUAGAAGACAAGAUGAUUUGAUUAGUUCUAGUGUUCCAAGCACCACAUCAACACCAACAGUUACCUCUGCAGCUGGGCUUCAGAAAAGCCUGCUUUCCAGCACAAGCACUACUACAAAGAUUACAACGGGUUCUUCCUCAGCAGGCACACAAAGCAGUACCUCAAAUCGUUUGUGGGCUGAGGAUAGUACUGAGAAAGAAAAGGACAGUGUUCCUACGGCAGUGACCAUUCCUGUUGCUCCAACUGUUGUAAAUGCUGCAGCUUCUACCACAACCCUGACUACAACUACUGCUGGCACUGUCUCCUCCACAACAGAGGUCAGGGAGAGACGCAGAUCAUACCUCACUCCUGUUAGGGAUGAAGAGUCUGAAUCCCAAAGAAAAGCAAGAUCUAGACAAGCAAGACAAUCUAGAAGAUCAACACAGGGAGUGACAUUAACUGAUCUUCAAGAAGCUGAGAAAACAAUAGGAAGAAGUCGUUCUACCCGAACCAGAGAACAAGAAAAUGAAGAAAAAGAAAAAGAGGAAAAAGAGAAACAAGAUAAAGAGAAACAAGAAGAAAAGAAGGAGUCAGAAACAUCUAGAGAAGAUGAAUAUAAACAAAAGUACUCCAGAACGUAUGAUGAGACUUACCAGCGUUAUAGGCCAGUAUCAACUUCAAGUUCAACCACUCCAUCCUCUUCACUUUCUACUAUGAGCAGUUCACUGUAUGCUUCAAGUCAACUAAACAGGCCAAAUAGUCUUGUAGGCAUAACUUCUGCUUACUCCAGAGGAAUAACAAAAGAAAAUGAAAGAGAGGGAGAAAAAAGAGAAGAGGAGAAAGAAGGAGAAGAUAAAUCACAACCUAAAUCAAUCAGAGAACGACGACGACCAAGAGAGAAAAGAAGAUCUACAGGAGUUUCAUUUUGGACACAAGAUAGUGAUGAAAAUGAACAAGAACAACAAUCAGACACAGAAGAGGGAUCCAAUAAGAAAGAAACUCAGACGGAUUCCAUUUCUAGAUAUGAAACCAGUUCUACAUCAGCUGGUGAUCGAUAUGAUUCCUUGCUGGGUCGCUCUGGAUCAUACAGUUACUUAGAAGAAAGAAAACCUUACAGCAGCAGGCUAGAAAAGGAUGACUCAACUGACUUUAAAAAGCUUUAUGAACAAAUUCUAGCUGAAAAUGAAAAGCUGAAGGCACAGCUACAUGAUACAAAUAUGGAACUAACAGAUCUUAAAUUACAGUUGGAAAAGGCCACCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-392.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -423.83

Frequency: 0.0000

Diversity: 346.32

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((.......(((((((((((((....................((((.(((((.((((.(((((((((....((((.....))))....((((........))))...........................)))))))))....((((((.(.........).))))))...((((((((((.((...)).)))...))))))).......)))).))).))))))....((((......))))((((((((((((...(((((.....(((..((.((.((.........)).)).)).))).....))))).))))))))))))...........((((..(((((((...((...((((..((((.....)))))))).....))..........((((((((((((..((((....................((((((..((.((.((((.....)))).)).))..))))))))))...))))).............(((.((((.....((((((.((((...........)))).))))))((((((((...........(((((.(((...(((((..............))))).))))))))...(((((((.((((((.....))))))((((........)))).............(((((((((((.((((((((((...(.((((((................))))))))))))))).)).))...........((((......)))).((((((.((....))))))))......)))))))))..)))))))))))))))......))))))).......)))))))))))))).))))...))))))))))))).(((.............)))((((((((..(((((..((...))..)))))...........((((((...............(((.((((((((......(......)......)))))))).)))................((..(..((((((((..........(((.....(((..(((((.......................................................(((((......(((((.....))))).......((....)))))))....(.(((((((...........))))))).)..........)))))..))).....)))..((((((((.((((......(((((((.......(((((((((((...((((...........)))))))).)))))))....)))))))((((..............................))))...)))).))))))))......(((....((....))....)))...........))))))))..)..)).............))))))))))))))((((((((.(.(((......))).).))))))))............(((.....(((((.(((((((....................))))))).))))).....))).(((((((.......)))))))((((.....)))).))))((((((.(((.((..(((((.((((..(((((((..((..(.((((..(((.....)))....)))).)..))...))...)))))..)))).))))).))..(((((((((...(((...(((((......))))).)))...........(((.((...)).))).......)))))))))..))).))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((((.......(((((((((((((....................((((.{{(((.((((,(((((((((....{{{{.....|}|}....((((........))))......,..........||......,.)))))))))....((((((.,.........).))))},...((((((((((.({...}).)))...))))))).......)))).))).))))))...,((((......))))|(((((((((((...({{{{.....(({.{((.(({((...,,..,.)}|||,},,|||....,)))}}.})))))))))),.....,,....((((..(((((((...{{...((((..((((.....)))))))).....}}..........(((((({,.{{{,.{.{(,,{{{...........,,..{{((((..((,{{.((((.....)))).}}.})..}}}}}}.,|{{{{,|,,,.}}}}........,{{.{{{{,,...{(((((.((((...........)))).)))))|((((((((....{,,,...,{,,..,,,...(((({...,))))...,,,}|,.......},,....(((((((.((((((.....))))))((((........)))).............(((((((((,{,((((((((((...(.((({{{,,.............,))))))})))))))).,}.,),,,,..,,...((((......)))).{(({((,((....}}}))))),,,,..)))))))))..))))))))))))))),.....}}}}}},.......)))))))))))))).))))...))))))))))))).{{{.....,,||....,||((((((((..(((((..((...))..)))))...........{(((((...............(((.((((((((..,,..{..,,,.}......)))))))).))).,}},...........((..(..((((((((..........,.{.....,,,..{{,,,.............,.........................................(((((......(((((.....)))))........,....}}))))).,{{(.,.{({((,.,,,..{{.,},,,.,,,)..,}}.}}}.}})),.}))).....|||{.((((((((.(((({{.,,.{((((((.......(((((((((((...{{{{...........}})})))).)))))))....))))))}{(((...,,,.......................,)})),...}}).))))))))....,.,||,,..{,....,,....,}}...,,......))))))))..)..)).............)))))))))))))){(((((((.(.(((......))).).)))))))}............(((.....(((((.(((((((.....{........}.....))))))).))))).....))).(((((((.......))))))){{{{,...})))).))))((((((.(({,{,..(((((.((((..((((({(..{(....((((.,(((.....))).,..)))).,...}...})..,)))))..)))).))))).}...(((((((((...,{,...(((((......))))).|||........,.}|{,.,,...},.}},....,,.)))))))))..))).))))))