Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PPP1R12A_0004100

Sequence Length

2155 nt

GC Content

0.4023

ACUUUUAAUACAGGCAGGCUAUGAUGUUAAUAUUAAAGACUAUGAUGGCUGGACACCUCUUCAUGCUGCAGCUCAUUGGGGUAAAGAAGAAGCAUGUCGAAUUUUAGUGGACAAUCUGUGUGAUAUGGAGAUGGUCAACAAAGUGGGCCAAACAGCCUUUGAUGUAGCAGAUGAAGACAUUUUAGGAUAUUUAGAAGAGUUGCAAAAGAAACAAAAUCUGCUCCAUAGUGAAAAACGGGACAAGAAAUCUCCACUAAUUGAAUCAACAGCAAAUAUGGACAAUAAUCAGUCACAGAAGACCUUUAAAAACAAAGAGACGUUGAUUAUUGAACCAGAGAAAAAUGCAUCCCGUAUUGAAUCUCUGGAACAAGAAAAGGUUGAUGAAGAAGAAGAAGGAAAGAAGGAUGAGUCUAGCUGCUCUAGUGAAGAAGAUGAGGAAGAUGACUCGGAAUCAGAAGCUGAAACAGAUAAGACAAAACCCCUGGCUUCUGUAACUAAUGCCAACACUUCUAGUACACAAGCAGCUCCUGUAGCUGUUACAACACCUACUGUGUCAUCAGGUCAAGCAACACCUACAUCACCUAUUAAAAAGUUUCCAACCACAGCUACAAAAAUUUCUCCCAAAGAAGAAGAGAGAAAAGAUGAGUCUCCUGCAACUUGGAGGUUAGGACUUAGAAAGACGGGCAGCUAUGGUGCACUUGCUGAAAUCACAGCAUCUAAAGAGGGUCAGAAAGAAAAAGAUACUGCAGGUGUUACACGUUCAGCUUCAAGUCCCAGACUUUCCUCCUCUUUGGAUAAUAAAGAAAAGGAGAAAGAUAGUAAAGGAACUAGGCUUGCAUAUGUUGCACCUACAAUACCAAGACGACUAGCCAGUACAUCUGACAUUGAAGAGAAAGAAAACAGAGAUUCUUCAAGUUUGCGAACAAGUAGUUCAUAUACAAGGAGAAAAUGGGAAGAUGAUCUUAAAAAAAAUAGCUCAGUUAAUGAAGGAUCAACGUAUCAUAAAAGUUGCUCCUUUGGUAGAAGACAAGAUGAUUUGAUUAGUUCUAGUGUUCCAAGCACCACAUCAACACCAACAGUUACCUCUGCAGCUGGGCUUCAGAAAAGCCUGCUUUCCAGCACAAGCACUACUACAAAGAUUACAACGGGUUCUUCCUCAGCAGGCACACAAAGCAGUACCUCAAAUCGUUUGUGGGCUGAGGAUAGUACUGAGAAAGAAAAGGACAGUGUUCCUACGGCAGUGACCAUUCCUGUUGCUCCAACUGUUGUAAAUGCUGCAGCUUCUACCACAACCCUGACUACAACUACUGCUGGCACUGUCUCCUCCACAACAGAGGUCAGGGAGAGACGCAGAUCAUACCUCACUCCUGUUAGGGAUGAAGAGUCUGAAUCCCAAAGAAAAGCAAGAUCUAGACAAGCAAGACAAUCUAGAAGAUCAACACAGGGAGUGACAUUAACUGAUCUUCAAGAAGCUGAGAAAACAAUAGGAAGAAGUCGUUCUACCCGAACCAGAGAACAAGAAAAUGAAGAAAAAGAAAAAGAGGAAAAAGAGAAACAAGAUAAAGAGAAACAAGAAGAAAAGAAGGAGUCAGAAACAUCUAGAGAAGAUGAAUAUAAACAAAAGUACUCCAGAACGUAUGAUGAGACUUACCAGCGUUAUAGGCCAGUAUCAACUUCAAGUUCAACCACUCCAUCCUCUUCACUUUCUACUAUGAGCAGUUCACUGUAUGCUUCAAGUCAACUAAACAGGCCAAAUAGUCUUGUAGGCAUAACUUCUGCUUACUCCAGAGGAAUAACAAAAGAAAAUGAAAGAGAGGGAGAAAAAAGAGAAGAGGAGAAAGAAGGAGAAGAUAAAUCACAACCUAAAUCAAUCAGAGAACGACGACGACCAAGAGAGAAAAGAAGAUCUACAGGAGUUUCAUUUUGGACACAAGAUAGUGAUGAAAAUGAACAAGAACAACAAUCAGACACAGAAGAGGGAUCCAAUAAGAAAGAAACUCAGACGGAUUCCAUUUCUAGAUAUGAAACCAGUUCUACAUCAGCUGGUGAUCGAUAUGAUUCCUUGCUGGGUCGCUCUGGAUCAUACAGUUACUUAGAAGAAAGAAAACCUUACAGCAGCAGGCUAGAAAAGGAUGACUCAACUGACUUUAAAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-479.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -517.25

Frequency: 0.0000

Diversity: 593.67

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..((((((((..((((........))))..)))))))).(((((...(((((((((.(((((.((((.((......)).))))..))))).)..)))).....((((((((...(((((.(..(((((((.(((((.((...)).)))))..(((((((((((((...(((((....)))))....)))))..)))).))))....(((.......))).)))))))..........).)).)))....)))))))).........))))...))))).((((((((((((......)))((((........))))....)))))))))..(((((((..(((((.....)))))...)))))))(((........))).................((((..((.((((((...((..((((((........((((((((.(((((..((.(((((.((.((..(((.((((.......(((((((((((((....................((((.(((((.((((.(((((((((....((((.....))))....((((........))))...........................)))))))))....((((((.(.........).))))))...((((((((((.((...)).)))...))))))).......)))).))).))))))....((((......))))((((((((((((...(((((.....(((..((.((.((.........)).)).)).))).....))))).))))))))))))...........((((..(((((((...((...((((..((((.....)))))))).....))..........((((((((((((..((((....................((((((..((.((.((((.....)))).)).))..))))))))))...))))).............(((.((((.....((((((.((((...........)))).))))))((((((((...........(((((.(((...(((((..............))))).))))))))...(((((((.((((((.....))))))((((........)))).............(((((((((((.((((((((((...(.((((((................))))))))))))))).)).))...........((((......)))).((((((.((....))))))))......)))))))))..)))))))))))))))......))))))).......)))))))))))))).))))...))))))))))))).(((.............)))((((((((..(((((..((...))..)))))...........((((((...............(((.((((((((......(......)......)))))))).)))................((..(..((((((((..........(((.....(((..(((((.......................................................(((((......(((((.....))))).......((....)))))))....(.(((((((...........))))))).)..........)))))..))).....)))..((((((((.((((......(((((((.......(((((((((((...((((...........)))))))).)))))))....)))))))((((..............................))))...)))).))))))))......(((....((....))....)))...........))))))))..)..)).............))))))))))))))((((((((.(.(((......))).).))))))))............(((.....(((((.(((((((....................))))))).))))).....))).(((((((.......)))))))((((.....)))).)))))))..))))))))).))....)))))))).............))))).........))))))..))...)))))).))..))))......

Thermodynamic Ensemble Prediction

.{(((({{,.,,(,(,{(((((.(((({.........)}},}).)))))||({(({{(((((.((((.(({....,)).)))}..))))}.}..||||.,...{{{({{({,..{(({({(,.({{((((.(((((.{{...}}.))))}..(({((({{,{(({,{{((((,....,,||{{.,,,,|||{.,}}),))},,..,},,......})))}))|}}}},,.....,,,|,|,..,,..,.))))}}},.,,..||,,|,,}...,,}}}.((((((((((((......))}((((.......,)),}....)))))))))..(((((((..(((((.....)))))...)))))))..,,.....,}}))}.,..,,,,,.......{{{(..((.((((((,,{(({{((({((,..{,...{(((......,.}}}|,..{(((,{{({{,..,,,.............,||||||||||{..,...........{{{{|,((({.{,{{{.(((({((((({(((....{{{{,,..,||||,...((((........))))......,,,.......,||.....,,,|}||||}},....((((((.,.........).))))},...((((((((((.({...}).)))...))))))).......}})},))).)))))}.,,{((((....,.||||,(((...((((({{{(.........(({.{(({(({(({.{{{.,{.{(((({,.{{(({...{|||{{(({{((((({.....)))))}..,)))}..,||,|||...||,.}||||},{|,|,.}}},))))))..................(((((({,.{{{,.,.{({{{{{............,..{{((((..((,{{.((((.....)))).}}.})..}}}}}}.,|{{|{,|,,..})}}........,{{.{{({,,,.,{(((((.((((...........)))).)))))|((((((((....{,,,...,{,,..,,,...(((({...,))))...,,,}|,.......},,....(((((((.((((((.....))))))((((........)))).............(((((((((,{,((((((((((...(.((({{{,,.............,))))))})))))))).,}.,),,,,..,,...((((......)))).{(({((,((....}}}))))),,,,..)))))))))..))))))))))))))),.....}}}}}},.......)))))))..,||||,||||...||,,,,)),,}))}))}}}))))})).....{(((((((((..(((((..((...))..)))))............{{((((({............}))}}|,,,||...}}}}}}))))}......))))))))).))).)))).}.........{{..{..((((((((..........,.|..,..,,...,{,,,.............,.........................................(((((......(((((.....)))))........,....}}))))).,{{(.,,{({((,.,,,..{,.,},},.,,,)..,}}.}},.}})),.}))).....||||.{(((((((.{((({|.|,.{{(((((.......(((((((((((...{{{{...........}})})))).)))))))....))))))}{(((...,,........................,)}))....,}}.)))))))),...,.,||,,..{,....,}....}}}...,,..,,.,))))))))..}..))...,,........,.,}))}}}))}}}{(((((((.{.(((......))).).)))))))}..{((((.....(((.....(((((.(((((((.....{........}.....))))))).))))).....))).....)))))...,{|||,{{,((((,...}))))})}.}}))}))}}}}))}}}))}},}})}},|||,,,,,..,,....}}))},}}},))},)))})}..)),..)})))}.))..)))),.....