Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PRDM5_0002200
Sequence Length
2228 nt
GC Content
0.3573
UAUUAGUACAUGGAAAAGUGAAAGGCCUGUUUUAUAUAUGAGAAAGGUGGUAUAUGAAGCUGUGAAGAUGUCUCAAAUUUAAAAAGAAAGCAUUUACACAGAAUGGGAGAAAAUAUUUGCAAACUACCCAUCUGACAAGUGAUUAAUAACCAGAAUAUAUAAAGUGCUCAAACAACUCAAUAGGAAAAAAAUCAAAUAAUCUAAUGAAAACAUGAAGAAAAUAUCUGAAUAGACAUUUUUCAAAAGAAGACAAAUGGCCAACAGGUAUAUGAAAAAAUGUUCAGCAAAAUUAAUCAUCAGAAAAAAAUGCAAAUCAAAACUACAGUGAGAUAUCAUCUCACCCUAGUUAAAAUGGCUUCUAUCCAAAAGACGGAAUAACGAAUGCUGGAGAGGAUGUGGAGAAAGGGGAAUGCUUGUACACUGUUGGUGGGAAUGCAAAUUAGUACAGCCUCUUUGGGUAAUGGUAUGGUGGUUACUCAAAAGACUGAAGAUAGAGCUAGCAAUUCCACUGUAGAUAUAUACCCCAGUGAAAGGAAAUCAGUAUAUUGAAGAGAUAUCUGCACUCCCAUGUUUAUUGCAGCACUAUUCACAAUAGCCAAUAUUUGGAAUCAACCUAAGUGUCCAUCAAUGAGAGAAUGGGUAAAGGUAAUUUUCUUAAGUGAAGUAAGCCAGGCACAGCUGCACAAAUUUCACAUGUGCUCACUUAUAUAUGGAAGCUAAAAUUAAAACUAUUAAACUCAUGAAGAUAGAGAAUAGAAUGAUGGUUACCAGAGGCUGGGAAGGGUAGCGGGGAGGGGGUGAAUAAAAUGGGAUAGUUAAUAGGUGUAAAAAUAUAGUUAUAAUGAAUACGAUCUAUUAUUUGAUAGCACAACAGGGUGACUAUAGUCAACAUAACUUAUUGUAUAUUUAAAAAUAAAAGAAUAGAAUUGGAAUGUUUCUAACACAAAUGAUAGAUGCUUGAGGUGAUAGGUACCCCAAUUACCCUGAUGUGAUUAUUACACAUUGCAUGCCUAUAUUGAAACAUCACAUGUACCCGAAAAAUACAUAACACCUAUUAUGUACCCAUAAUAAUAAAAAUUAUGAAAAGGUAUAUAAGCUUCUGCAUUCUCUUGGGAGCUUGGGUCUUUAUUCUGAAGGCUCCCCUAUAUACAUGUUAAUUAAUUUGUAUGUCUUUUCUCUAAUUAAAAAUAAUUAAAAAGAUUUAAAAUAUAACUUACUCUUUAAGUUUAAUGAAUAUAUCUACAACACUGAAUUGUUUAGAAUUCUAAAUUAUGAAGAUGAACUUACAUAUCACCUCGAAACACUAUUUGUUUUUCCUCUUAAUAGUCUCAUUUAAAUCAUCAUGGUAUUUUAUUUCUAUUUUAGGAGAUCCUAAGAAAAAGCUUAUAUGUUCAGUGUGCAAUAAAAAGUGUUCUUCAGCAUCAAGCCUACAGGAACAUAGAAAGAUUCAUGAGAUAUUUGAUUGUCAAGAAUGUAUGAAGAAAUUUAUUUCAGCUAAUCAGCUAAAACGUCAUAUGAUCACCCACUCAGAAAAACGACCCUAUAAUUGCGAGAUUUGUAAUAAGUCUUUCAAGAGGCUUGAUCAAGUGGGUGCUCACAAAGUAAUACACAGCGAAGACAAACCUUACAAAUGCAAACUUUGUGGAAAGGGAUUUGCCCACAGAAAUGUUUACAAGAAUCAUAAGAAGACCCACUCUGAGGAGAGACCGUUCCAAUGUGAAGAAUGUAAAGCUUUGUUCCGGACCCCAUUUUCUUUACAGAGACACCUGCUAAUACAUAACAGUGAGAGGACUUUCAAGUGCCAUCACUGCGAUGCUACCUUUAAGAGGAAGGAUACAUUAAAUGUUCAUGUCCAGGUGGUUCAUGAAAGACACAAGAAGUAUAGGUGUGAGCUAUGUAAUAAGGCCUUUGUUACACCUUCAGUGCUUAGAAGUCAUAAGAAAACACAUACAGGAGAAAAGGAGAAAAUCUGUCCAUAUUGUGGCCAGAAAUUUGCCAGCAGUGGUACACUCAGAGUUCAUAUCCGGAGCCACACAGGUGAGCGUCCCUAUCAAUGUCCUUACUGUGAAAAAGGAUUCAGUAAAAAUGAUGGACUGAAGAUGCACAUUCGUACUCACACCAGGGAGAAGCCGUACAAGUGCUCAGAGUGCAGCAAGGCCUUCAGCCAGAAGCGAGGCCUGGAUGAGCACAAGAGGACGCACACUGGAGAAAAGCCUUUUCAGUGUGAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-504.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -550.17
Frequency: 0.0000
Diversity: 512.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........(((......)))........(((((((((((.(......).)))))))))))((((.((((((.((...........))..)))))).))))...((((((..............)).))))(((((....((((((((.....((((((.....((......))..........................(((.(((....)))..)))..(((((((......(((((.((.......)).))))).....)))))))........))))))......)))))))))))))................(((((..(((((((...)))))))..)))))...(((((((((.(((......((......))..(((((.((.((((((((.....((((.(((..(.((((......((((((.(((....((((.(((.((.((((((((((.(.....).)))))))))))).)))........))))))).)))))))))).)..))).))))((((.........(((.(((((.....)))))))))))).)))))))).)).)))))(((((...)))))((((...))))...........(((((..(((..(((((((((((....(((...((((......))))...))).((((.((((..(((..((((((((.(((.((((.(((((((..((((.........................(((...((((((..(((((((((....(((((((..(((((..........(((((((.....(((((.((..((((((((((...(((((((.(((..........(((((((((((((((((((......))).))))((..(((((..(..(((.(((.(((........))).))).))).)..))))).))....))))))))))))......((((((.((....)).))))))..((((((.......))))))..))).)))))))..........(((((.........))))).))))))))))..))))))).(((((....)))))....(((((((((((((((((........)))))))))(((((((((...)))))))))......(((((.(((....))).)))))(((((((...((((((....))))))))))))).........((((((.....))))))......))))))))........(((((......))))).....(((((((.....))).)))))))))))((((((.....))))))..)))))..))))))).....)))))))))..))))))...))).(((((((....)))))))...)))))))))))..)))).))).......((((((((..((.....))....))))))))......((((.(((.(........).))).))))((((((.((((....))))((((....))))......))))))((.((((((((..((....(((.(((....(((.((((((((...)))))))).))).))).))).)).)))))))).))(((((((....((.....(((......))).....))...)))))))((((.((..(((.((..((((...((((.(...........).))))....)))).)))))..)).)))).))))))))..)))..)))).))))......)))))))))))....((..((((((......(((..((((((..(.(((....))).)..))))))..)))((.((((...)))).))((.((((...)))))).....))))))..)).)))..)))))..........((((((((...((((((((.....)))))))).(((((((.((((.......))))............((((((...(((....((((.((((...)))).))))....(((((....)))))..)))....)))...)))((((((((....))).)).)))((((((......((((((............))))))...))))))))))))).(((......))))))))))).))))))))))))....((.(((...((((....(((((((..((.....)))))))))......))))..))).)).(((((((((((......)))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
......,.({{......}}}.....|,,{((((((((((.(......).))))))))))|((((.((((((.({...........}}..)))))).))))}.,((((((..............}).))))|((({...,((((((((.....{{{{{{.....((......,}...{{,.,,{{...............|||,,||,...}}}..,,,..(((((((......(((((,((.......)).})))).....)))))))........)))))).,....))))))))))))}......,,,.......(((((..(((((((...)))))))..)))))...(((((((((.(((.......{{{...{{{{{((.((.{..(((((((((....,(({......((((((((((((((((((,(((...,{,{{.(((.{(,((((((((((.{.....}.)))))))))))),)))...,},|.,,|.))},))))||((((((({{...,..|{{({...,{....|,...|}}}}.....))))))))}{|{|.{{{{.{{||{|||,.{{(({...}}}}}(((,...})))...........(((((..{,...(((((((((((....(((...((((......))))...))).((((.((((..(((..((((((((.(((.((((.({(((({.{((((.............,,..........{((|{|((((((..(((((((((....(((((((,,(((((,{{.{,,...(((((((.....(((((.((..((((((((((...{((((((.,,,..........(((((((((((((((((((......))).)))),{..{((({..{..(((.({(.(((........},,.))).}}}.},.}})}).)),...))))))))))))....,.((((((.((....)).)))))),,((((((.......)))))),,}}|.))))))},,....,,..||||{.........}}}}}.))))))))))..))))))).{({{{....})))){{{{(((((((((((({{,,{|,......,||||||||{(({{{,,,..,)})))))))}}..,,{{{{{.||,....,}),))))))}|||||}..((((((....)))))),,,||||.........{{{(({...,,|}}}||,,..,,||,.,|||,.{{{,......}||||||}}}})}}}}}|{|||||,,,..,,,.}}},)))))))..,,|.}},,,}}}}}}})))}}}..))))))).....)))))))))..))))))...))).{((((((....))))))}...)))))})))))..)))).))).......((((((((..((.....))....)))))))).....,((((.(((,({,{{{...|.}}}.}}}},|{{{{.{,,.....}}}}((((....))))......|},,,|{{.((((((((..{{....{({.({{....(((.((((((({...}))))))).))},))),))}.}}.)))))))).||(((((((....,,.....(((......))).....}}...)))))))||,,.(({.,,,.||}.{{{|,,,||||.|,.,,,}}....,.,|}}...,|||}.}}})),.,,.)))).))))))))..)))..)))).))),,.....)))))))))))....|,)))))}}}}.,,,,{{{..((((((..(.(((....))).)..))))))..||},{.((((,...,,)}))}.,{|||...,}}|{{{{{.{{..,,)).,)}))),.{{{.....(((((((((((((({,...({.....,))....,))))))))...))))))....)))..........,,,,...}}}}....,,,,....((((.((((...)))).))))...,})))))))))}})))))))....)))))))))((((((((....))).)).))){{,{{,..{({{(({{{{......,,,,},||||},...,,,}}}))}}},,.}.}}})))))),,)).,....))))))))))))....(({(((,..{{{{..,.(((((((,.((.....))))))))),..}}}))))..})).}}.(((((((((((......)))))))))))..
Back