Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PRDM5_0002300

Sequence Length

1635 nt

GC Content

0.4379

GGUGAAAAGUUCGGACCCUUUGCUGGAGAGAAGAGAAUGCCUGAAGACUUGGAUGAAAAUAUGGAUUACAGGUUGAUGUGGGAGGUUCGUGGGAGUAAGGGAGAAGUUUUGUACAUUUUGGAUGCUACCAACCCACGGCACUCCAACUGGCUUCGCUUCGUUCAUGAGGCACCAUCUCAGGAGCAGAAGAACUUGGCUGCCAUUCAAGAAGGAGAAAACAUUUUCUAUUUGGCAGUUGAAGAUAUAGAAACAGACACGGAGCUUCUGAUUGGCUACCUGGAUAGUGACAUGGAGGCUGAGGAGGAAGAACAGCAAAUUAUGACAGUCAUCAAAGAAGGGGAAGUUGAAAAUUCUAGAAGACAAUCAACAGCGGGCAGAAAAGAUCGCCUUGGCUGUAAAGAGGACUAUGCUUGUCCUCAAUGUGAAUCGAGUUUUACCAGUGAGGAUAUUCUUGCUGAGCAUCUCCAGACAUUGCACCAGAAACCCACAGAGGAGAAAGAAUUUAAGUGCAAGAACUGUGGGAAGAAAUUCCCAGUUAAGCAGGCUUUGCAAAGACAUGUUCUUCAGUGCACAGCGAAAAGCAGUCUAAAGGAGUCUUCGCGAAGUUUUCAGUGCUCUGUUUGCAAUUCUUCCUUCAGUUCAGCAUCGAGUUUUGAGCAGCACCAGGAGACUUGCCGGGGGGAUGCCAGGUUUGUGUGCAAGGCUGACAGCUGUGGAAAGAGGCUGAAGAGCAAGGAUGCCCUGAAAAGACACCAGGAAAAUGUCCACACUGGAGAUCCUAAGAAAAAGCUUAUAUGUUCAGUGUGCAAUAAAAAGUGUUCUUCAGCAUCAAGCCUACAGGAACAUAGAAAGAUUCAUGAGAUAUUUGAUUGUCAAGAAUGUAUGAAGAAAUUUAUUUCAGCUAAUCAGCUAAAACGUCAUAUGAUCACCCACUCAGAAAAACGACCCUAUAAUUGCGAGAUUUGUAAUAAGUCUUUCAAGAGGCUUGAUCAAGUGGGUGCUCACAAAGUAAUACACAGCGAAGACAAACCUUACAAAUGCAAACUUUGUGGAAAGGGAUUUGCCCACAGAAAUGUUUACAAGAAUCAUAAGAAGACCCACUCUGAGGAGAGACCGUUCCAAUGUGAAGAAUGUAAAGCUUUGUUCCGGACCCCAUUUUCUUUACAGAGACACCUGCUAAUACAUAACAGUGAGAGGACUUUCAAGUGCCAUCACUGCGAUGCUACCUUUAAGAGGAAGGAUACAUUAAAUGUUCAUGUCCAGGUGGUUCAUGAAAGACACAAGAAGUAUAGGUGUGAGCUAUGUAAUAAGGCCUUUGUUACACCUUCAGUGCUUAGAAGUCAUAAGAAAACACAUACAGGAGAAAAGGAGAAAAUCUGUCCAUAUUGUGGCCAGAAAUUUGCCAGCAGUGGUACACUCAGAGUUCAUAUCCGGAGCCACACAGGUGAGCGUCCCUAUCAAUGUCCUUACUGUGAAAAAGGAUUCAGUAAAAAUGAUGGACUGAAGAUGCACAUUCGUACUCACACCAGGGAGAAGCCGUACAAGUGCUCAGAGUGCAGCAAGGCCUUCAGCCAGAAGCGAGGCCUGGAUGAGCACAAGAGGACGCACACUGGAGAAAAGCCUUUUCAGUGUGAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-450.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -482.15

Frequency: 0.0000

Diversity: 409.37

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

........((.(((.(..(((.((((.(((....(((((((((((..(.((........)).)..)).))))((((((.((((.(((((((((.((..(((((((((((..((((((((...((((((.((((...((((.(((..(((((...(((((......))))).(((..((((((((........((((((((((....((((((.(....).))))))...))))))))))...........(......)..)))))))).)))((.(((((...(((((.(.((.(((((((((((((((..((((((.((((...))))......((((.(..((((((((((..((((((.....(((((((((.((.....))))))..)))))...((((((.......))))))...(((((......)))))((((((((....))))))))....(((((.........................)))))...........((((((..(((((((((....)))))......))))..)))))).((((.((((.(((.((.....))))).))))))))......))))))..).)))))))))).))))))))))..))))))))))...))))).)).))))....))....)))))))....)))))..))))))).)))).))).))).((((((.(((((.((...((.((((((((((((((....))).....((((.........))))(((((((((.((..((((......)))).)).)))))))))..........))))))))))).))...))...............(.((((.(((.(........).))).)))).)(((((....)))))..)))))..)))))).....(((....)))((((((((..((....(((.(((....(((.((((((((...)))))))).))).))).))).)).)))))))).(((((((((....((.....(((......))).....))...)))))))))...(((.....)))(((....))).........(((((....(((...((((....))))...)))....)))))))))))))))))))).))))..)))))))(((((....))))).(((((......(((..((((((..(.(((....))).)..))))))..)))...((((...))))..((((((((...))))....))))..(((((((......(((.....((((((((((((((.....((......)).....))))))))...))))))....))).................((((((...(((....((((.((((...)))).))))....(((((....)))))..)))....)))...))).))))))).))))))))).)))))))))).((((((.........))))))(((((...........))))).......)))))...)))...)))).)))..)))).))..((.(((...((((....(((((((..((.....)))))))))......))))..))).)).(((((((((((......)))))))))))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

,.......((.(((.,.,(((.((((.(((....((((((((({{..(.((,,,.....||,|..||,||||({{{({,((((,({{{(((((.((..(((({((((((,.{(((((((,,.{(({((,{(((...((((.(((..(((((...((((({....|))))).(((..((((((((.......{((((((((((....((((((.(....}.))))))...)))))))),),}.........,......,..)))))))).)))((.(((((...(((((.(.((.(((((((((((((((..((((((.,{({...,},},.....((((.{..((((((((((..((((((.....(((((((((.({.....))))))..)))))...((((((.......))))))...(((((......)))))((((((({....}))))))).,,.,{({({{,,..{{{,,.......,,.....))||,,,{,,{.....((((((..(((((((((....))))),.....})))..)))))).,,,...}})))}|.}))}...||,,..,))}))))...}},))))))..)})))))))))).))))))))))..))))))))))...))))).)).}}}}....}}....)))))))....)))))..))))))).))}},)}}.))}.((((({.,{((((((...((.(((((((((((.{{,,..((((.........))))....,}}}|((((((((.((..((((......)))).)).))))))))}..........))))))))))).))...}),))}}{{,.{{{{{....((((((,.({.{((({...)))}).)).)))))}....})))))))||||..}}))))......{{,,,{((.((((((((..{{....{({.(({....(((.((((((({...}))))))).))},))),))}.}}.)))))))).}|{((((((....,,.....(((......))).....,}...)))))))||,,.(({.,,,.||},(({{..,||{{.,.....||,|,.,.,|||...{|||,.,,)))}.,,,)))}.,})))}})))))))))))))).))))..))))))).,{|||,.}}|},.,|||||.,,,..|||..((((((..(.(((....))).)..))))))..|||.{.((((,..,}}),}}|{|{|||...,}}}},,,})})}}|||{{||.||,..{{{.....,,||,,,((((((({{{.,(({{{{{,,,..}}})))))}||,,.||||||,...,}}.,,,}............|||,....,({{,...((((.((((...}))).)))}...,|||||.,,})))}},,}}}..},))),,,))},|||||||.,,})))})).)))}}}}}},.{(((((,,,,.....}}}}}}{{{{{........},,))))),......)))))...)))...)))).)))...))).))..((,(((,..{{{{..,.(((((((,.((.....)))))))))...}},))))..}}}.}).(((((((((((......))))))))))).,