Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PRDM5_0003400
Sequence Length
1664 nt
GC Content
0.4189
GAAGGAGAAAACAUUUUCUAUUUGGCAGUUGAAGAUAUAGAAACAGACACGGAGCUUCUGAUUGGCUACCUGGAUAGUGACAUGGAGGCUGAGGAGGAAGAACAGCAAAUUAUGACAGUCAUCAAAGAAGGGGAAGUUGAAAAUUCUAGAAGACAAUCAACAGCGGGCAGAAAAGAUCGCCUUGGCUGUAAAGAGGACUAUGCUUGUCCUCAAUGUGAAUCGAGUUUUACCAGUGAGGAUAUUCUUGCUGAGCAUCUCCAGACAUUGCACCAGAAACCCACAGAGGAGAAAGAAUUUAAGUGCAAGAACUGUGGGAAGAAAUUCCCAGUUAAGCAGGCUUUGCAAAGACAUGUUCUUCAGUGCACAGCGAAAAGCAGUCUAAAGGAGUCUUCGCGAAGUUUUCAGUGCUCUGUUUGCAAUUCUUCCUUCAGUUCAGCAUCGAGGUUUUGUGUCUGAGUUAUGAAAUGGCUGUUAUAUAAUUGUGGGUCAUUUUUUGCAUGCAUACUUUCAUGCUUCUUAGUAAUUCAGUUUCACAUACCUACAGAAUUUAAAUGCUUUUCUUCUUACCUGCAUAGGUAAUGCAUGGAAUGACCCCGAAACUCUACUAGGGAGCAUGUAUUACAAAAUCUUGCUGAUGUUUGAGUUUUGUAGGUAUGUCUUCACCAUUUCUUCCUGUUCCGCUUUGCUGGUUGUCUUGUAGUUUUGAGCAGCACCAGGAGACUUGCCGGGGGGAUGCCAGGUUUGUGUGCAAGGCUGACAGCUGUGGAAAGAGGCUGAAGAGCAAGGAUGCCCUGAAAAGACACCAGGAAAAUGUCCACACUGGAGAUCCUAAGAAAAAGCUUAUAUGUUCAGUGUGCAAUAAAAAGUGUUCUUCAGCAUCAAGCCUACAGGAACAUAGAAAGAUUCAUGAGAUAUUUGAUUGUCAAGAAUGUAUGAAGAAAUUUAUUUCAGCUAAUCAGCUAAAACGUCAUAUGAUCACCCACUCAGAAAAACGACCCUAUAAUUGCGAGAUUUGUAAUAAGUCUUUCAAGAGGCUUGAUCAAGUGGGUGCUCACAAAGUAAUACACAGCGAAGACAAACCUUACAAAUGCAAACUUUGUGGAAAGGGAUUUGCCCACAGAAAUGUUUACAAGAAUCAUAAGAAGACCCACUCUGAGGAGAGACCGUUCCAAUGUGAAGAAUGUAAAGCUUUGUUCCGGACCCCAUUUUCUUUACAGAGACACCUGCUAAUACAUAACAGUGAGAGGACUUUCAAGUGCCAUCACUGCGAUGCUACCUUUAAGAGGAAGGAUACAUUAAAUGUUCAUGUCCAGGUGGUUCAUGAAAGACACAAGAAGUAUAGGUGUGAGCUAUGUAAUAAGGCCUUUGUUACACCUUCAGUGCUUAGAAGUCAUAAGAAAACACAUACAGGAGAAAAGGAGAAAAUCUGUCCAUAUUGUGGCCAGAAAUUUGCCAGCAGUGGUACACUCAGAGUUCAUAUCCGGAGCCACACAGGUGAGCGUCCCUAUCAAUGUCCUUACUGUGAAAAAGGAUUCAGUAAAAAUGAUGGACUGAAGAUGCACAUUCGUACUCACACCAGGGUUCCAGUGUGACUCAAGAUGGAUUUUGCCACUCUGGCCAUCACAUCCUCAUUCCAGGCAACAGGAAGGAGGAGGCAAGAGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-455.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -489.05
Frequency: 0.0000
Diversity: 402.76
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.((((((....)))))).))(..(..(((........(((((((((((((((((((.(((...((.((((........)).))))(((((((((((((((..((((((.((((...))))......((((.(..((((((((((..((((((.....(((((((((.((.....))))))..)))))...((((((.......))))))...(((((......)))))((((((((....))))))))....(((((.........................)))))...........((((((..(((((((((....)))))......))))..)))))).((((.((((.(((.((.....))))).))))))))......))))))..).)))))))))).))))))))))..))))))))))...))))))))))))))))))))))((((((((((((((((..((((....)))))))))))))..(((((........)))))......))))))).)))))(((((((((((((((((((((((..............))))..((((((((((.......(((............)))..))))))))))...(((.....)))..))))))))))))))))))).(((.((.(((((.((((((((((...((((...((((((((..((((.(((...((.((.......))..))...)))))))......))))))))...)))).))))).....((((((((((((((....))).....((((.........))))(((((((((.((..((((......)))).)).)))))))))..........)))))))))))(((((((((....(((.(((((....((((((..((.(((((...))))).)).))))))....))))))))((((....))))....(((....(((........))).....))).........(((.((((((((...)))))))).))).)))))))))..((((((((((((((((((....((.....(((......))).....))...)))))))((((((((.((((...(((((....((((((....(((((....(((...((((....))))...)))....)))))....))))))..)))))..)))).))).)))))......))).))))))))....(((..((((((..(.(((....))).)..))))))..)))...(((((.....)))))............((((((.((....))..)))))).(((.....((((((((((((((.....((......)).....))))))))...))))))....)))..............)))))))))).)).)))..((((.((((...)))).)))).....(((((.(((((((...(((((((.(((((..((((((......(((((.((((..((((......((((((............))))))...))))))))((((........))))..))))).....)))))).)))))))))....)))....)))))))))))).......(((((.((((........)))).)))))..)))..)..)
Thermodynamic Ensemble Prediction
({,({{{{,....}|||||.{{(,.(..,{{{{,,.,,|{{{,(((((((((((((((.{{{..,((.{{{{...,,,..)}.}}|}(((((((((((((((..((((((.,{({...,},},.....((((.{..((((((((((..((((((.....(((((((((.({.....))))))..)))))...((((((.......))))))...(((((......)))))((((((({....}))))))).,,.,{({({{,,..{{{,,.......,,.....))||,,,{,,{.....((((((..(((((((((....))))),.....})))..)))))).,,,...}})))}|.}))}...||,,..,))}))))...}},))))))..)})))))))))).))))))))))..))))))))))...))))),))))))))))))))))|,,,,,,(((((((((..((((....)))})))))))))..(((((.,......))))),,,,..,},,})),}},,,((((((((((((((((((((({{...........,,,|||,..{{{|{|{{{|,......(((............))),||}}}}}}}}}...{{{.,,,,}}}))))))))))))))))))))),|||.{(.(((({{((((({({.{{{,{({((((,((((({,.(({{{{{{|||,,||||,},||,|},|||{||{{{...((((((.(.((((((((.,{,.((((((...((.(((((((((((.{{,,..((((.........))))....,}}}|((((((((.((..((((......)))).)).))))))))}..........))))))))))).))...}),)))){{{.{{{{{....((({((,.({.{{{{,.,.)))}),)).)}))}}....}}}}))))((((....)))).....{||...,||,((((((((..{{....{({.({{....(((.((((((({...}))))))).))},))),))}.}}.)))))))).|((((((((....,,.....(((......))).....,}...))))))))}...(((.....))){((....}}|(((({....(((({....{{{...((((....))))...})),...)))))....))))})))))))).))))))).},}||||{{{.{{({,.((((({......(((..((((((..(.(((....))).)..))))))..||},{.((((,..,,})}))|,,{|||...,}}},,,||.,})))))..}).))}},||,.....{{{|||((((((((||,..{{.....,))....,))))))))...}))))),},,,),,}}}}}..,,.,..}))))))))).)).}}}..((((.((((...)))).)))).....(((((.(((((((,,.((,((({{(((({..((((((.,....(((((.((({..{(((..,{,,((((({..........,.)))))}...)))}))))|{{{,.,,....}}}}..)))))....,)))))).)))))))))..,,)),....)))))))))))).....,.(((((.{(((.{....}.)))).)))))},}}}}})},)
Back