Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PRDM5_0005700

Sequence Length

1237 nt

GC Content

0.4220

GAAGGAGAAAACAUUUUCUAUUUGGCAGUUGAAGAUAUAGAAACAGACACGGAGCUUCUGAUUGGCUACCUGGAUAGUGACAUGGAGGCUGAGGAGGAAGAACAGCAAAUUAUGACAGUCAUCAAAGAAGGGGAAGUUGAAAAUUCUAGAAGACAAUCAACAGCGGGCAGAAAAGAUCGCCUUGGCUGUAAAGAGGACUAUGCUUGUCCUCAAUGUGAAUCGAGUUUUACCAGUGAGGAUAUUCUUGCUGAGCAUCUCCAGACAUUGCACCAGAAACCCACAGAGGAGAAAGAAUUUAAGUGCAAGAACUGUGGGAAGAAAUUCCCAGUUAAGCAGGCUUUGCAAAGACAUGUUCUUCAGUGCACAGCGAAAAGCAGUCUAAAGGAGUCUUCGCGAAGUUUUCAGUGCUCUGUUUGCAAUUCUUCCUUCAGUUCAGCAUCGAGUUUUGAGCAGCACCAGGAGACUUGCCGGGGGGAUGCCAGGUUUGUGUGCAAGGCUGACAGCUGUGGAAAGAGGCUGAAGAGCAAGGAUGCCCUGAAAAGACACCAGGAAAAUGUCCACACUGGAGAUCCUAAGAAAAAGCUUAUAUGUUCAGUGUGCAAUAAAAAGUGUUCUUCAGCAUCAAGCCUACAGGAACAUAGAAAGAUUCAUGAGAUAUUUGAUUGUCAAGAAUGUAUGAAGAAAUUUAUUUCAGCUAAUCAGCUAAAACGUCAUAUGAUCACCCACUCAGAAAAACGACCCUAUAAUUGCGAGAUUUGUAAUAAGUCUUUCAAGAGGCUUGAUCAAGUGGGUGCUCACAAAGUAAUACACAGCGAAGACAAACCUUACAAAUGCAAACUUUGUGGAAAGGGAUUUGCCCACAGAAAUGUUUACAAGAAUCAUAAGAAGACCCACUCUGAGGAGAGACCGUUCCAAUGUGAAGAAUGUAAAGCUUUGUUCCGGACCCCAUUUUCUUUACAGAGACACCUGCUAAUACAUAACAGUGAGAGGACUUUCAAGUGCCAUCACUGCGAUGCUACCUUUAAGAGGAAGGAUACAUUAAAUGUUCAUGUCCAGGUGGUUCAUGAAAGACACAAGAAGUAUAGGUGUGAGCUAUGUAAUAAGGCCUUUGUUACACCUUCAGUGCUUAGAAGUCAUAAGAAAACACAUACAGGAGAAAAGGAGAAAAUCUGUCCAUAUUGUGGCCAGAAAUUUGCCAGCAGUGGUACACUCAGAGUUCAUAUCCGGAGCCACACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-322.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -346.89

Frequency: 0.0000

Diversity: 306.61

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((..........(((((((((..(....)..)).)))))))...........))))(...(((((.((.(((((..(((...((((((((((((((((((..((((((.((((...))))......((((.(..((((((((((..((((((.....(((((((((.((.....))))))..)))))...((((((.......))))))...(((((......)))))((((((((....))))))))....(((((.........................)))))...........((((((..(((((((((....)))))......))))..)))))).((((.((((.(((.((.....))))).))))))))......))))))..).)))))))))).))))))))))..))))))))))...)))))...((.(((((((((....((((.(.(((...(((((((((...((((((.(.((((((((.....((((((...((.((((((((((((((....))).....((((.........))))(((((((((.((..((((......)))).)).)))))))))..........))))))))))).))....))))))(((.(((((....((((((..((.(((((...))))).)).))))))....))))))))((((....)))).....(((....)))((((((((..((....(((.(((....(((.((((((((...)))))))).))).))).))).)).)))))))).(((((((((....((.....(((......))).....))...)))))))))...(((.....)))(((....)))(((((....(((((....(((...((((....))))...)))....)))))....))))))))))))).))))))).)))))))))....))).).))))......(((..((((((..(.(((....))).)..))))))..)))...(((((.....)))))...........(((((((.((..(((.(((.((.......)).))).))).)))))))))..((((((((.....)))))))).......))))))))).)).................................((((.((((...)))).))))....(((((....)))))..)))...)))..))))))))))))....)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((..........{(((((({(..(....}..}}.)))))))...........)))|((..(((((.{({(((((.,(((.,.((((((((((((((((((..((((((.,{({...,},},.....((((.{..((((((((((..((((((.....(((((((((.({.....))))))..)))))...((((((.......))))))...(((((......)))))((((((({....}))))))).,,.,{({({{,,..{{{,,.......,,.....))||,,,{,,{.....((((((..(((((((((....))))),.....})))..)))))).,,,...}})))}|.}))}...||,,..,))}))))...}},))))))..)})))))))))).))))))))))..))))))))))...)))))..{((,(((({,({,.,..|,{|,|,|||}|,(((({({{(|.,((((((,{,{({{((((,,,..((((((...((.(((((((((((.{{,,..((((.........))))....,}}}|((((((((.((..((((......)))).)).))))))))}..........))))))))))).))...}),)))){{{.{{{{{....((({((,.({.{{({,...)))}),)).)}))}}....}}}}))))((((....)))).....,||...,||.((((((((..{{....{({.(({....(((.((((((({...}))))))).))},))),))}.}}.)))))))).||{{{{{({....,...,,.{{{......))}.....,}...}))))))}|...(({.....))){{{,...}}|(((((....(((((....{{{...((((....))))...})),...)))))....))))})))))))),))))}}},|,||||||{{.{{{|,.{{{|||......(((..((((((..(.(((....))).)..))))))..}}},{.(((({..,,,)}))},,{|||...}})}|,,||,|)))))),,}).}},..{{{.....{{{{{{(((((((({{,..{{.....,)).....))))))))...}))))),,,,})).................,}},,,,,}}......((((.((((...)))).))))....{((((....)))))..))).,.)))},))))))))))))..}})