Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PREX2_0003300

Sequence Length

999 nt

GC Content

0.4144

ACAAGUUUCGUAUCUAUGAUGAAUAUUGUAGUAACCAUGAGAAGGCACAAAAAUUACUUCUUGAACUCAACAAAAUAAGAACAAUCCGGACAUUUCUUUUGAACUGCAUGCUGCUUGGAGGACGGAAGAACACAGAUGUUCCCUUGGAAGGAUAUUUAGUAACACCAAUACAAAGAAUAUGCAAGUACCCUCUUAUUUUGAAGGAGUUGCUGAAGCGGACUCCACGGAAACACAGUGACUAUGCAGCAGUGAUGGAAGCCCUCCAAGCCAUGAAAGCUGUCUGUUCCAACAUAAACGAGGCCAAGAGACAGAUGGAGAAGUUAGAAGUUUUAGAGGAAUGGCAGUCUCACAUUGAAGGCUGGGAGGGGUCCAACAUCACUGACACCUGCACUGAAAUGCUAAUGUGUGGAGUCUUACUGAAAAUUUCUUCUGGAAAUAUUCAAGAACGGGUGUUUUUUCUUUUCGAUAAUCUUUUGGUGUACUGCAAAAGAAAACACAGACGGUUGAAGAACAGCAAGGCAUCUACAGAUGGACAUCGGUACCUUUUUCGUGGCCGGAUCAACACGGAGGUGAUGGAAGUGGAGAAUGUGGAUGAUGGCACCGCUGAUUUCCAUAGCAGUGGACACAUUGUUGUUAAUGGAUGGAAGAUACAUAACACAGCAAAAAAUAAAUGGUUUGUUUGUAUGGCAAAAACACCUGAAGAGAAGCAUGAAUGGUUUGAAGCUAUUUUGAAAGAAAGAGAACGGCGGAAAGGUUUAAAAUUAGGAAUGGAGCAAGAUACCUGGGUCAUGAUCUCUGAACAGGGUGAGAAACUUUAUAAAAUGAUGUGCAGACAAGGAAAUCUGAUCAAAGACCGAAAGAGAAAACUGACUACGUUCCCUAAAUGCUUUCUUGGAAGCGAAUUUGUGUCAUGGCUGUUGGAAAUUGGAGAGAUUCACAGGCCUGAGGAAGGCGUGCACUUGGGACAAGCAUUAUUAGAAAAUGGAAUCAUUCACCAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-250.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -269.21

Frequency: 0.0000

Diversity: 178.53

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((...(((((..(((((((....)))))))...(((..((((((((.........((((...(((((..((((((((((....(((((((((((((((((..((.((.......)).))..))))))).....)))))))....))).(.((((((.(((.......)))...)))))).)........))))))))))...)))))...)))).((((((((((.(....((....(..(((((((((((((..(.((((((.(((((((..(((((((.((((((((...(((....(((.........)))....)))....))).....)))))))))).))..)))....)))).)))))).)....))))))))....)))))..)...))....).))))))))))...((((.((((((...)))))).)))).(((((((((((((((((((.((....(((((((........))))))).....(((.((((.........((....((((((((.....((.((.(((((((...((((..........))))))))).)).)).))......))))))))...)))))))))...((((((((((((....)))))))....)))))......(((((.((((.(.((.........)).).)))))))))........(((((..(((((..(((((..(((......(((((((..........((((.........)))).......)))))))........)))....))))).))))).....)))))..................((..((((........))))..)).....)))))))))))))..))).)))))......)))))))))))..)))))....)))(((((...........((((..(((((.((.((((.....)))).))..((((...))))((((.......))))))))).)))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((...(((((..(((((((....)))))))...(({.,((((((((.........((((...(((((..((((((((((....{((((((((((((((((..((.((.......)).))..))))))).....))))))),...))}.(,{(((((.(((.......}}}...)}}}}),),,,,,.,.))))))))))...)))))...)))).((((((((((.,....{{{{..{..((((((((((((({,,.((((((.(((((((..{((((((,((((({{{...(((....(({.........)))....))}....))).....)))))))))),))..)))....)))).)))))).)}},.}}))))))....)))))..)...)}....}.))))))))))...((((.((((((...)))))).)))).((((((((((((((((((((((....{((({((,,.,,,,,|}}}}||,,...(((.((((.........((....((((((((.....((.((.(((((({..{((((..........))))))))).)).)).))......))))))))...))))))))).}|||{,{,||||||.,,.))||||||{..,{{.|{,....,..}}}.,,}}|}|},...........|{{{(((({{{..{{....{,((({.(((((..(((((..((({{...{(({((((..........{{{{..,.....,))))....,|,||}}|,,..,...}.}))....))))).)))))...}}))}}|......,,,,,....}}.,}}}||||}}},....|||,..,,.}}}.)))))))))))))..))).)))))......)))))))))))..)))))....)))(((((,,.........{{((..{{{{{.((.((((.....)))).))..((((...)))){{{{.......}}}}}}})).)))})))))