Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PREX2_0004500
Sequence Length
2153 nt
GC Content
0.3846
GAUAAAAAGAAAUAAUAAAGGAACAGCCAGGUGUGGUGGCUUAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGUGGGUGGAUCACCUGAGGUCGGGAGUUUGAGACCUGCCUGACCGACAUGGAGAAACCCCGUCUCUUCUAAAAAUAUAAAAUUAGCUGGGCGUGGUGGCAUGCCUGUAAUCCUAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCGCUUUCCAGGAGGCGGAGGUUGUGGCGAGCCAAUAUCGUGCCAUUGCACUCCAGGCUGGGCAAGAAGAGUGAAACUCCAUUUCAAAAAAAAAGAAGAAAUAAUAAAGGAAAAUGUCUAAAAUUUGCAAUACAAAGAUAAUCAAAUUAAUAUAAAAAAACUUUCUGAAUAAUUCCCCAUUUUGGAAGUUUGAGUUGUCGUUGUAGGUGUUAGUUGUCAUUUUAAUUUAAAUUUUUACAAUUGACCAGAGAAACUAUUAUCAGUGAUUAUUGUGGAAAUAUGAAAUUUAAAAUUAAUGUUCUAAAUUUUAAAUAUGAAACAUUAAAACUAGAAGCAUUGAGUUAAACAAAAAUUAGAAAUUUACUCCAGAUUUAAAGAAUCUUGAUAUAAUUGAAACUGAAAGUCUCUUGCAGAGCACACAUAUAGAUCUUUAUGGAAAACGUCCUUUUUCAUUUUUUUCUUUUUUUGGUCCAACUCAGUGCAUUAGUUAUGAUAGAUUAGGUUGUAAAAACAAAUAGACUAUAAUAUUUAUAAUGGCUCAAAAUAGACAUUUCUGUGCAUCUCCCACCACAGUCCGAUACUCGUGUCCAACUCAGGGGGCAGCUUUCCUCUGUUGAUGAUUCAGGGCCCAGGCUCCUCCCAUCUUGUGGCUCCUCUUCAGUUCUAGUGGCCAGUGCUUGUGUUAAGAAUUGCCUUUGUCACUAGUUGUAUAAUCUUGAUGGGCAUGCUAUAAACACUUAUUUAAUUAGCUAGAGUGCCUUUGCCAACUUCUAAUAAAUAGGGUGAAAGGCUCUGUGGAAAGUUGCUCCCUUUAAAUAAUUUUUCUCUUUUUAUUUCUUUUCUUUUCUCCAUCCUAGGGGUGGAUAUAUAAAUUGAGACCUGCUAAAAAUUUAGACAAUUUCAUGUACUUUGUGCCUGUGGAGGCUGUUUUUCCCACAUACUGAGGAAAAAGAGAACAAAGAAAGAGAAAUUAUAAUUGUUAACAUUAUGAAUUAAUUUGAAGUCAUCUCCUUUCAACAUGACAUAGGUGACAUGUAUUCUAUACGCUUGUGUAUGUACACAACACACCUGGAAGGAGACACAGAAUCUCUUAACAGUGGUUCUGUCUGCUCAGACUGAUCGGGGGAAACUGGGGGGUUAGGGGCCCUCCAAUCAGUGUAUAACUAUCUCUACUGCUUGCACUUUAGCCUGUGCAUAGCUUGCUUCUUAAAAUAAAAACAACCAUAAUUGUAAGUCGAAAAAUAAUUAUUUACAGAAGUGUCAACCAAGUAAGCAGACAUUAAUUGCAUUUCUCCUGACUUAGGGGUCCAACAUCACUGACACCUGCACUGAAAUGCUAAUGUGUGGAGUCUUACUGAAAAUUUCUUCUGGAAAUAUUCAAGAACGGGUGUUUUUUCUUUUCGAUAAUCUUUUGGUGUACUGCAAAAGAAAACACAGACGGUUGAAGAACAGCAAGGCAUCUACAGAUGGACAUCGGUACCUUUUUCGUGGCCGGAUCAACACGGAGGUGAUGGAAGUGGAGAAUGUGGAUGAUGGCACCGCUGAUUUCCAUAGCAGUGGACACAUUGUUGUUAAUGGAUGGAAGAUACAUAACACAGCAAAAAAUAAAUGGUUUGUUUGUAUGGCAAAAACACCUGAAGAGAAGCAUGAAUGGUUUGAAGCUAUUUUGAAAGAAAGAGAACGGCGGAAAGGUUUAAAAUUAGGAAUGGAGCAAGAUACCUGGGUCAUGAUCUCUGAACAGGGUGAGAAACUUUAUAAAAUGAUGUGCAGACAAGGAAAUCUGAUCAAAGACCGAAAGAGAAAACUGACUACGUUCCCUAAAUGCUUUCUUGGAAGCGAAUUUGUGUCAUGGCUGUUGGAAAUUGGAGAGAUUCACAGGCCUGAGGAAGGCGUGCACUUGGGACAAGCAUUAUUAGAAAAUGGAAUCAUUCACCAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-561.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -603.50
Frequency: 0.0000
Diversity: 456.14
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
............((((((.(......((((((((...(((....))).((..((((((....)))))).))(.((((((.....)))))).)(((((((((........)).)))))))((.((((((......((.(((((((...............(((.(((.(((((((.((((..(((((((.(((.((.(((((((.((..(....)..))))))))).)).))))).))))).)))).)))).....((((....)))).))).))).))).)))))))))...)))))).))..........................(((((((((.((((((...............)))))).........((((((((.((((........)))).)))))))).....((((((((((((((((...(((.......((((.(((((((((((.((.((..((........))..)).))))))))))))).))))((((((((((.........)))))))))).......((((.((((((..((((((((((..((.((((..(((((.....((.((((((...)))))).)).................((((((...)))).)).((((........))))(((((......))))).....)))))..)))).))..)))))))))).)))))).))))........((((....))))...)))..))))))))))))))))......)))))))))(((((.((((((((((((((((.(((((((((.((((....((((((((.((((((.(((((...((((.(((((((.....(((((((....((..(((((..((((((..(((((.(((.(((..((((((((...(((((..(((((..((((......(((..((((((((((................))))....))))))....)))......))))....))))))))))((((((............((((((((....(((((((((((..(((((........(((((((...))))))).........(((((..((((((....)))).)).)))))..........((((....))))..(((((((((.....)).))))))))))))...)))))))))))(((((((.......)))))))....))))))))...(((((((((((((((.((((((((....(....)....)))))))))))))............))))))))))))))))...))))))))..))).))).)))))..))))))..)))))..)))))))))....)))))))..))))(((.....)))..((((...((((((((........))))).))).((((((((.........((((......))))...............((((..((((((.........((((((((.((((((...(((((((...((...((((.(((..........))).))))))..))))))))))))).))....))))))........))))))..))))........(((((((((((.((.........(((((((........))))))).....(((.((((.........((....((((((((.....((.((.(((((((...((((..........))))))))).)).)).))......))))))))...)))))))))...((((((((((((....)))))))....)))))......(((((.((((.(.((.........)).).))))))))))).)))))))))))..)))))))).((((((((...))))))))........))))))))).))))))...........((((((.((..((...(((.((((.(((((((((.(((((((.....))))..........))).))))...........)))))..))))...)).)....))..)).)))))).....)))))))))))).))))....)))))..))))).)))....))).))))).)))))((((.....))))..))))))))......).))))))....((((.........)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
............{,,{,,.,...,,{(((((((({,,(((....|||,,,..((((({....})))))|}}|,((((((.....})))))..(((((((((........)).)))))))..|{{{{,|.,,{||{{{(((({,,.............{{((({((({((..,,|}|}}},.,..,{{{}|||,{(,(({{{{|,||,.{.,,,}..}}}})))))}))})))}}.)))),,||||{|||.....,{|||,,,.)))),,,.)))),),)..,..|||{{{..,||||{{{|..........................(((((((((.,{((((...........,...}}}}}}.........{(((((((.((((........)))).)))))))|{{{,.{{((((((((((((((...(((,{(((({((((.(((((((((({,{(.((..((........))..)).)}))))))))))).)))},,||}}}|{(((((({,,..,,,.....,..},}}))))}.((((((..((((((((((..{(,((((..(((((.....((.((((((...)))))).))............,,...({((({...)))).}}.{{{{........)}}|(((({......))))),....}))))..)))),}}..)))))))))).)))))).,,,,....,..,(({{...,))}}...)))..))))))))))))))))}),...)))))))))(((((.((((((((((((((((.(((((((((.((((....((((((((.((((((.(((({..,((((.(((((((.....(((((((....((..(((((..((((((,,(((((.(((.(((..((((((((..,((((,.{(((,,,{,{,.......|||}}|||||,((({,,,,......|||,..}}}}....|}||||,,|,|,},,,,,,,,,},}}}))),))))))((((((............(((((((({{,.(((((((((({.,(({(((({{{{,.(((((((...))))))).........(((((..{{((((....)))).}}.))))).,,,,...,,({{(,,,,}}}}....{{{{|||,....,),)))))))))))).,,))))))))))){((((({,,....,))))))),,}.})))))))...((((((((((((((,,((((((((...,(,,...,}},)))))))))))))............))))))))))))))))...))))))))..))).))).))))).,))))))..)))))..)))))))))....)))))))..))))|({.....}},.,((((...((((((((........))))).))).((((((((.........{{{{......||||...............{{{(..((((((.........((((((((.((((((...(((((((...{(...((((.(((..........))).)))))}..))))))))))))).))....))))))........)))))).,)))},,......(((((((((((.{{,,,{,,,..(((((((........))))))}.....(((.((((.........((....((((((((.....((.((.(((((({..{((((..........))))))))).)).)).))......))))))))...))))))))).,|{(((((((((((....)))))))},...}}}}}}}},.{{{((,{{((.({({,........}}.)})))))))))}}.)))))))))))..)))))))).((((((({...})))))))........))))))))).))))))........{((((((((.{(,,{{...,{(.((((.(((((((((.{((,,((.....,,}},.........))}.)))).........,,)))))..))))...,}.,....})}.)}.)))))),))}.}))))))))))).))))....)))))..))))),,))....))).))))).)))))((((.....)))),{||,}}}}}.....,),)},}},,.,,}}}}}.)}}}}}.,}}),
Back