Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PREX2_0006100

Sequence Length

2673 nt

GC Content

0.4235

GUUUAAAAUUAGGAAUGGAGCAAGAUACCUGGGUCAUGAUCUCUGAACAGGGUGAGAAACUUUAUAAAAUGAUGUGCAGACAAGGAAAUCUGAUCAAAGACCGAAAGAGAAAACUGACUACGUUCCCUAAAUGCUUUCUUGGAAGCGAAUUUGUGUCAUGGCUGUUGGAAAUUGGAGAGAUUCACAGGCCUGAGGAAGGCGUGCACUUGGGACAAGCAUUAUUAGAAAAUGGAAUCAUUCACCAUGUUACUGAUAAACAUCAAUUCAAACCAGAACAGAUGUUAUAUAGAUUUCGCUAUGAUGAUGGAACAUUUUAUCCAAGAAAUGAGAUGCAGGACGUGAUUUCAAAGGGUGUAAGAUUAUAUUGUCGUCUUCAUAGCCUUUUUACUCCAGUGAUAAGAGAUAAAGAUUACCAUUUAAGGACCUACAAAUCUGUGGUCAUGGCCAACAAACUGAUAGACUGGUUAAUUGCACAGGGAGAUUGCCGCACCAGAGAAGAGGCAAUGAUAUUUGGCGUUGGACUCUGUGACAAUGGAUUUAUGCACCAUGUCCUUGAAAAAAGCGAAUUCAAAGAUGAACCCCUACUUUUCCGUUUUUUUUCGGAUGAGGAAAUGGAGGGAUCAAAUAUGAAACAUCGACUUAUGAAACAUGACUUAAAAGUUGUGGAAAAUGUUAUAGCUAAGUCAUUAUUGAUUAAAUCCAAUGAAGGCAGCUAUGGCUUUGGAUUAGAAGACAAAAAUAAAGUUCCAAUAAUAAAGUUGGUAGAAAAGGGAUCUAAUGCUGAGAUGGCUGGCAUGGAAGUCGGGAAAAAGAUUUUUGCUAUUAAUGGUGACCUAGUUUUUAUGAGACCUUUCAAUGAAGUGGAUUGCUUCCUGAAAUCGUGUUUAAACAGCAGAAAACCUCUAAGAGUUCUUGUGAGCACAAAGCCAAGAGAGACAGUGAAAAUUCCAGAUUCAGCUGAUGGACUUGGCUUCCAGAUCCGGGGAUUUGGCCCUUCUGUUGUGCAUGCUGUAGGAAGAGGAACUGUGGCUGCAGCAGCUGGUCUUCACCCUGGACAGUGCAUUAUCAAGGUGAAUGGAAUCAAUGUCAGCAAAGAGACACAUGCCAGUGUCAUUGCACACGUUACAGCCUGCAGGAAGUACAGGCGGCCAACGAAGCAAGAUUCCAUACAAUGGGUUUAUAAUAGCAUUGAGAGUGCUCAAGAAGACCUUCAAAAAUCUCACUCCAAGCCCCCUGGAGAUGAAGCAGGGGAUGCUUUUGACUGUAAAGUAGAAGAGGUUAUUGACAAAUUCAACACUAUGGCCAUCAUUGAUGGGAAGAAGGAGCAUGUGAGUCUGACAGUGGACAAUGUCCACCUGGAAUAUGGUGUCGUGUAUGAGUACGACAGCACAGCUGGCAUCAAGUGCAAUGUGGUGGAAAAGAUGAUUGAGCCCAAAGGUUUCUUCAGCUUAACUGCCAAGAUUCUUGAAGCCCUGGCUAAAAGUGAUGAGCAUUUUGUACAAAACUGUACCAGCCUAAAUUCUCUAAAUGAAGUGAUUCCUACUGACCUUCAGAGUAAAUUCAGUGCCCUUUGCAGUGAAAGAAUUGAACACCUAUGUCAGAGAAUAUCCAGUUAUAAAAAGUUUUCUCGUGUACUGAAGAAUAGGGCCUGGCCUACUUUUAAACAGGCCAAAUCUAAAAUCUCCCCACUGCACAGCAGUGAUUUCUGCCCUACCAACUGCCAUGUCAAUGUGAUGGAAGUUUCUUAUCCCAAAACAUCAACCUCUUUGGGAAGUGCAUUUGGUGUUCAGUUGGAUAGCAGGAAGCAUAAUUCUCAUGAUAAAGAAAACAAAUCUUCGGAGCAAGGGAAACUGAGCCCUAUGGUGUACAUUCAGCACACCAUCACAACCAUGGCGGCCCCUUCAGGUCUGUCUCUGGGACAGCAGGAUGGCCAUGGUCUCAGGUAUCUGCUAAAAGAAGAAGACUUAGAAACCCAAGACAUCUAUCAGAAACUGCUGGGCAAACUUCAGACUGCACUGAAAGAGGUGGAGAUGUGUGUUUGUCAAAUAGAUGACCUUCUGUCUUCAAUAACAUAUUCUCCUAAAUUAGAACGUAAGACAUCAGAGGGCAUAAUACCAACAGACAGUGACAAUGAGAAGGGAGAAAGAAACAGCAAACGGGUAUGUUUUAAUGUAGCAGGAGAUGAACAGGAAGAUUCUGGUCAUGACACCAUCAGCAACAGAGACUCUUACAGUGACUGCAACAGCAAUAGGAAUUCCAUCGCCUCCUUCACCAGCAUCUGCAGCAGCCAGUGCAGCUCGUAUUUCCACAGUGAUGAAAUGGACUCAGGUGAUGAACUUCCCUUAAGUGUUCGCAUAUCUCAUGAUAAACAGGACAAGAUACAUAGUUGCCUUGAGCAUCUUUUCAGCCAGGUGGAUUCAAUUACCAAUCUCCUAAAAGGGCAGGCUGUUGUGAGGGCCUUUGACCAAACCAAGUAUCUCACUCCAGGCCGAGGAUUGCAAGAAUUUCAACAGGAAAUGGAACCAAAGCUGAGUUGUCCAAAAAGGCUACGGCUUCAUAUCAAGCAAGAUCCUUGGAAUCUUCCCAGCAGCGUCCGGACUCUUGCUCAGAACAUCAGGAAAUUUGUUGAAGAGGUAAAGUGUAGGCUACUCCUGGCUCUUCUUGAAUAUUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-717.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -768.86

Frequency: 0.0000

Diversity: 891.64

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(..........((..(((((..((((((.(((((((((((((((.....(((((((....))))).......((..((((........))))..))....))...))))....(((.(((((((((((....(((((....))))).......((((((.((((((((.......(((((....(((((((((((..(((......(((((((......((((((((.((((.........)))).)).))))))((((((..(((......)))..))))))...........(((((((.(((((...(((((((((......((((((.((.....))))))))...)).))))))).......))))).))))))).((((((.(((((((((...........)))))..(((((((((....((((((((.((((((((((((.((((........))))....((.((((...((((((.............))))))....)))))))))))...))))))).)))))))).........)))))))))..((((((.((((.(..(((.(((((((((.((((........)))).)))....))).))).)))..).))))...))).)))......(((((((....)))))))......(((((((((..(((.((((((........)))))).))))))))))))..)))).))))))...........)))))))......(((((((((...(((((((...((((((((.((((.(((((...(((........)))((((.((((((((((((.((..(((((...))))).(((((..(((((.....))))).)))))..(((((.........((.(((((((..(((.((((.(((((((.((((((((.....(((((((.........)))).))).....)))))))).....(((((((....((((...((((..((((.(((((((.........)))))))))))))))..))))....)))))))(((((((((((.((..((.(((((((((((((..((((...(((((......))))).))))..)))))...(((((.........))))).((.......))..)))))))).)).....)).))))).))))))...)))))))..)))).)))...............((((((((((.........))))))..))))...(((....)))...))))))).)).........)))))...)).)))))))))))).)))).....))))).)))).....((((((...))))))(((((...((.(((((((......))))))).)).(((((((.(((((.......((((((..(((.(((..(((((....)))))..))).)))..)))))).....))))).)))..)))).((((((.....))))))(((((....)))))........(((((((.......(((.(((((.((((...))))))....((((.(((.....))).))))......)))))).......))))))).))))).............))))(((((.((.(((.((((...((((((..........))))))..))))...)))...)).)))))))))..)))))))...)))))))))((((((....((((((((..........(((((((...........))))))).(((((((.((.((((((((.....((..((((.....((((........)))).......))))...))......))))))))))...)))))))..........))))))))..)))))).))).))))))))))))))))....(((((((((((.....((((..(((.((((................)))).)))..))))..))))).....))))))(((((((..((.(((.((((......)))).)).).)).)))))))......(((.(((((((((((.....((...((((........)))).)))))))...)))))))))....))))))).).))))))......)))))....((((((((......)).)))))).)))))))))........(((((...)))))))))))))...........(((((.(((((((((....(((....)))...((((...((((((((..((((....((((((((((.((....)).))).)))..........))))...))))...))))))))...))))......(((((...((((....))))....)))))........((.(((.....))).))...(((((.((((........))))....((((...))))..)))))))))))))).)))))......))).))))))..)))))..))(((((((.((((.((((......((.(((((.((..((((..............))))..)).))))).)).....)))).)))).))))))).(((((...(((.((.(((.....)))...)).)))....)))))(((((.((.((((.....))))..)).))))))((((....))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(,,,.......{{..{{((({,((({{(,(((((({{{{(((((,.,{,{(((,{{...||||......,..{(,.((((........}))).,)}..,,}}...,}}}....||{||{{{{{{{,,,...,(((((....}))))},,|,,|{||||{,((((((((...{{(((({({{{{{{({((((,,{,.,|||.{((.((((({,,..,..,(((({{.,.((((,,,,.....}}}|,||,|||}}}{(((((..(((......)))..)))))).,.|,{,...,(((((((.(((((...{(((((({(..,,,,({({{(.{,....,)})))))}..,}},|||}}}}.......))))).)))))))|||||||{,,},}}}}},,}.}.....}}}}.}|,|{{((((((..,,({{((({{.((((((((((((.{{((,......}))))....((.((((...((((((.,.........,.))))))....})))))))))).,,}}))))).})))))),.,}...,,,)))))))},..((((((.((((.{..(((.(((({{{{{.((((,,,,....}})}.)))},,,))),))).)))..}.))))...))).)))......(((((((....)))))))......(((((((((..(((.((((((........)))))).)))))))))))),{(({{........,..........,}||||,......|||||{{,...,|||{||||.|(((({{{,{(((((({.{((((((........)))))}||(((({{{{{{((.(((,(({{{{{{((({,,(((((..({{((,,...}}})),|}}}}.,{({{,...{{{{{{(({.,,({{,..{,({(({{,,||||,,.((((((((.....(((({{(.........))},}))).....)))))))),{{{{((,{{{|}}}}||,,.}}||||}}|||||{(({({(|,|,{.,,.||||||||||}|||||{||||{{{{||||||,{{{{{{{,,,|||,||||,((((((((,,(((..((((...(((((......))))).))))..,||||...(((((.........))))).,,.}}}}..}},.)))))))).},..{{{{{{.,,,,,|||||}..,))))),,..,)))})}{{{{.{{{{{(.....{(((((((((.........))))))..)))|{,.{((....))).,,,)))))).))}}.....,,,..||||,}|{||||}}|))))).,,{{{(({{{||||{{{|{{..((((((((...)))))},)).....((.(((((((......))))))).)}.((({(((.(((((.......((((((..(((.(((..(((((....)))))..))).)))..)))))).....))))).)))..)))).((((((.....))))))(((((....))))).,},,....|||||,....},,|||,|||||.{{{,...)))),,.....(((((..(((((((..(({{{((.(((.....((.(((((((((((...((({,((,...,{....}}..}}})))).{{{.{,,((({((,,,,.........}))))),..}}}..........((((((...)))))).,{{{{||,,|,{{((((({(((,..,,{{{{||||..,,..,,..(((((((...........))))))).{{|||||||}||{,|}}}})),,,}))))},,,,,.}))))).))))).))....))).))))))..)))))))..)))))|{{|{((((({{.,.....,.,,.}}},.,,.,}))))),)))|{||||,,||||||||,|,|..((((((||(({..,,,{(((..(((.((({,,......,,....,,)))).)))..)))).,}},}},....))))))(((((((..{(.{((.((((......)))).)).}.}}.)))))))......(((.(((((((((((.....,,...((((........)))).))))))}..,)))))))))....}}}}}))})}},})),....}}})}},....(((((({{......)}.))))))..|||,||||..,.{{..,((({.,.|||||.,,,|||,..,,))}....))))).}))}}.}}.}..}|||.}}}||..,.((,,.,})|},}}})))))}}}}})},,|}|)|}}}}}},,,})}},)},},,}}}}}},}}.,))},,,}}||,,||||||},.,.,}}}},...,|||||},.{{||,,,,))}),,}})),)}......,,}}))))),,,}}},,},}}})}}},,,|}||}}},..,}}}}))),}|||...,)))}}|||||,}|}||})},}},}}}.....,}).)})))),.))))),.))(((((((.((((.((((......((.(((((.{{..((((,,,({.........)))).,)),))))).))..,..}))).)))).)))))))}||||||,.{||}|,.|||}}}},.,|.,.,,.}}}...,}}}}|(((((.{{.{({{.,,..}})},,)).))))))||||,,..})}}