Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PREX2_0010400
Sequence Length
2204 nt
GC Content
0.4437
GACAGUGAAAAUUCCAGAUUCAGCUGAUGGACUUGGCUUCCAGAUCCGGGGAUUUGGCCCUUCUGUUGUGCAUGCUGUAGGAAGAGGAACUGUGGCUGCAGCAGCUGGUCUUCACCCUGGACAGUGCAUUAUCAAGGUGAAUGGAAUCAAUGUCAGCAAAGAGACACAUGCCAGUGUCAUUGCACACGUUACAGCCUGCAGGAAGUACAGGCGGCCAACGAAGCAAGAUUCCAUACAAUGGGUUUAUAAUAGCAUUGAGAGUGCUCAAGAAGACCUUCAAAAAUCUCACUCCAAGCCCCCUGGAGAUGAAGCAGGGGAUGCUUUUGACUGUAAAGUAGAAGAGGUUAUUGACAAAUUCAACACUAUGGCCAUCAUUGAUGGGAAGAAGGAGCAUGUGAGUCUGACAGUGGACAAUGUCCACCUGGAAUAUGGUGUCGUGUAUGAGUACGACAGCACAGCUGGCAUCAAGUGCAAUGUGGUGGAAAAGAUGAUUGAGCCCAAAGGUUUCUUCAGCUUAACUGCCAAGAUUCUUGAAGCCCUGGCUAAAAGUGAUGAGCAUUUUGUACAAAACUGUACCAGCCUAAAUUCUCUAAAUGAAGUGAUUCCUACUGACCUUCAGAGUAAAUUCAGUGCCCUUUGCAGUGAAAGAAUUGAACACCUAUGUCAGAGAAUAUCCAGUUAUAAAAAGUUUUCUCGUGUACUGAAGAAUAGGGCCUGGCCUACUUUUAAACAGGCCAAAUCUAAAAUCUCCCCACUGCACAGCAGUGAUUUCUGCCCUACCAACUGCCAUGUCAAUGUGAUGGAAGUUUCUUAUCCCAAAACAUCAACCUCUUUGGGAAGUGCAUUUGGUGUUCAGUUGGAUAGCAGGAAGCAUAAUUCUCAUGAUAAAGAAAACAAAUCUUCGGAGCAAGGGAAACUGAGCCCUAUGGUGUACAUUCAGCACACCAUCACAACCAUGGCGGCCCCUUCAGGUCUGUCUCUGGGACAGCAGGAUGGCCAUGGUCUCAGGUAUCUGCUAAAAGAAGAAGACUUAGAAACCCAAGACAUCUAUCAGAAACUGCUGGGCAAACUUCAGACUGCACUGAAAGAGGUGGAGAUGUGUGUUUGUCAAAUAGAUGACCUUCUGUCUUCAAUAACAUAUUCUCCUAAAUUAGAACGUAAGACAUCAGAGGGCAUAAUACCAACAGACAGUGACAAUGAGAAGGGAGAAAGAAACAGCAAACGGGUAUGUUUUAAUGUAGCAGGAGAUGAACAGGAAGAUUCUGGUCAUGACACCAUCAGCAACAGAGACUCUUACAGUGACUGCAACAGCAAUAGGAAUUCCAUCGCCUCCUUCACCAGCAUCUGCAGCAGCCAGUGCAGCUCGUAUUUCCACAGUGAUGAAAUGGACUCAGGUGAUGAACUUCCCUUAAGUGUUCGCAUAUCUCAUGAUAAACAGGACAAGAUACAUAGUUGCCUUGAGCAUCUUUUCAGCCAGGUGGAUUCAAUUACCAAUCUCCUAAAAGGGCAGGCUGUUGUGAGGGCCUUUGACCAAACCAAGUAUCUCACUCCAGGCCGAGGAUUGCAAGAAUUUCAACAGGAAAUGGAACCAAAGCUGAGUUGUCCAAAAAGGCUACGGCUUCAUAUCAAGCAAGAUCCUUGGAAUCUUCCCAGCAGCGUCCGGACUCUUGCUCAGAACAUCAGGAAAUUUGUUGAAGAGGUAAAGUGUAGGCUACUCCUGGCUCUUCUUGAAUAUUCAGAUAGUGAGACACAGCUCCGUAGAGACAUGGUUUUCUGCCAGACUCUUGUGGCCACUGUCUGUGCCUUCUCUGAGCAGCUCAUGGCGGCCUUGAACCAGAUGUUUGACAACAGCAAGGAAAAUGAGAUGGAAACUUGGGAAGCCAGCAGGAGGUGGCUGGACCAGAUAGCGAAUGCAGGUGUUCUUUUUCACUUUCAGUCACUUCUGUCACCAAACUUGACAGAUGAACAAGCCAUGUUAGAAGAUACACUGGUUGCACUAUUUGAUUUGGAAAAGGUUUCCUUUUACUUUAAACCAUCAGAAGAGGAACCUCUGGUUGCAAAUGUUCCUCUUACAUAUCAAGCAGAAGGAAGUCGGCAAGCUCUGAAAGUUUACUUCUACAUUGAUAGUUAUCAUUUUGAACAACUUCCUCAACGGCUGAAAAAUGGAGGAGGGUUUAAAAUUCAUCCUGUUCUUUUUGCACAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-624.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -666.59
Frequency: 0.0000
Diversity: 674.12
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((...(((((......((((((((((((((((((((((((.(((((((((((.(((((((((((((..(.((((..(((((.((..(((((...))))))))))))..)))).)..))))......(((((....(((((((...(((....((((((((((((....(((.((((...((((...(((((.........)))))....))))..)))))))(((((.(((((((((....((((..(((((..((.((((...((((((.........((.((.((((((((((.........))))))..))))..)).))..........)))))).))))))..)))))..))))))))..))))))))))........)))))))((.(((.((((((((...))))).))).....((.(((((((......))))))).)).(((((((.(((((.......((((((..(((.(((..(((((....)))))..))).)))..)))))).....))))).)))..)))).((((((.....))))))(((((....)))))))).))....)))))...)))..))))))).....))))).........((((((..(((((((..((((.((.(((.....((.(((((((((((...((((.(((...((....))..))))))).....((((((.((((((..........))))))...............((((((...))))))......))))))..((((.((((.........)))).)))).....(((((((...........))))))).((((.((((.(((((....))))).))))..)))).)))))).))))).))....))).))))))..)))))))..))))))....(((((((.(.....).))))))).....(((.(((((((......)).)))))..))).))))))))).))))).)))))).)).)))))......)))).............)))))...))))))))......))))).....(((((......)))))......((((((((((..(((....(((((......)))))...)))..))))).))))).....(((((.(((((...((((((.((.........(((((.((((((.....((((((((((((((.((.((((((....)))))...(((.((((..(.((...((((.(.(((((....(((.....)))....))))).))))).)).)..)))).)))......((((...((((((((..((((....((((((((((.((....)).))).)))..........))))...))))...))))))))...)))).....((((((((.(((((...(((...((((.(((.........))).))))...)))..(((((((.((((........)))).(((((((.....(((...(((..((((((...((((.......))))..))))))..))).(((((((((((..(((((((.....))))).......((((((((((.........)))).))))))....))..)))..))))))))....(((((((...((((((...(((((((..(((((((.((.....((((.((((((...(((.((((.....))))))))))))).))))..(((((((((.(.((((.......((((...((((.....))))..)))))))).)))))))))).(((.((..((((...)))).)).)))......)).)))))))......)))))))....)).)))).....))))))))))...))))))))))))))..))))))))))))).).))))))))))).))))).)))))))))))..(((((.....((((((....((((((((........))).)))))....)))))).)))))....(((((((((((.(((...........(((((((((...((....))...))))))))).......))).))))))))))).))...))))))...))))))))))...((((....))))((((((((..(((((((...............)))))))))))))))))))..)))))(((.......)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((,((....,((((......((((((((((((((((((((((((.((((({(((((.(((((((((((((,,(,((((.,(((({.((.,(((((,.,))))||||}}||,,|}|}.}..}}}}....,,{((((,|,,(((((({.{,({{,,..{{{((((({{{{..}||||.||||...((((...(((((.........)))))....))))..))},}}|||||{.{{{{(((((,...,,(({,(({,,,}||}|,,,..,|||||({,,.,,{{{(,.,,.{(((((((((.........))))))..)))|,,,{{{....))).,,.)))))).)))),,..,}}},..}}}}}}||,{|}}})))))},.,.,,|.}}}}}}},{,{{,.((((((((...)))))},)).....((.(((((((......))))))).)).((({(((.(((((.......((((((..(((.(((..(((((....)))))..))).)))..)))))).....))))).)))..)))).((((((.....))))))(((((....))))),}}.,.....}}}}}...})).,)))))))...}.}))}),,},,....,(((((..(((((((..(({{{((.(((.....((.(((((((((((...((({,(({...,{....}}..))})))).{{{.{,,((({((,,,,.........}))))),..}}}..........((((((...)))))).,{{{{||,,|,{{(((({{(((..,,,,{{,}}||..,,.,},..(((((((...........))))))).,|||}||||}|||,|}}}}))},,}))))),,,,,.)))))).))))).))....))).))))))..)))))))..)))))|,,,,(((((((.{.....}.))))))}.....{{|.||{((|(,.....)).)})})..})).))))))))).))))).}))))).)).)))))......,,,}......,.,,...)))))...))))))))......))))|,..,{{((({..,.,.)))},.,.}}}((((((((((,,(((....(((((......))))}.,.}}}..))))}||)))).....{{{({.(({{{,,.{((({(|||......,,.{{{{{.((((((..{{{({{({((((((((((((.(,,{{,.,..})))},..(((.((((..{.((...((({,{.{((((....(({.....)))....))))).})))).)}.}..)}|}.}}}{{.,,.((,,.{|{(((((((||||{{||,|{,,{{({,||.||,..}))}},|,,|,,|||||,,,,,.}),,,}}}},,.|||}}}},..,|||||...,{({(((,,.(((({,,,}}},..,,||,|{{........||||||}||{{{,{{{.{{{{((({((,(({{,....,,,,}}}|||||....,|||,{(((({{(((((({{{(,{(.......}}}}..}}}}}}..,))})}(((((((.((((.((((......({.{((({.{{..((((,,,({.........)))).,)),))))}.))..,..}))).)))).))))))){{{{..,|,||,|,...,{((((((((,,,.,,({.....{{{{,((((({...(((,,{{{.,,,.}}))}))))))}}.}}},..(((((((((.{.(((({.,,.,,((((,..{{{{,,,,,))}}}.}}}))))).)))))))))).,||},,})))))))})))),))))))},}},.}},}}))))},,,,,,}},}})}...}))}))))},..,)}})))))}},.,}}}})})))})}}},,,}}}.))},}})).).))))))))))).))))))))))))))))}..{{{{,...,,((((({....((((((((........))).)))))....)))))).}))))...,(({{{{{{{{{.{{,.........,,(((((((((.,.((....)).,.)))))))))...,,,,||}.|||||}}}}||,|,...}}))))...)))})))))}..,||||,...,,}|((((((((..(((((((...............)))))))))))))))),,,,,)))))(((.......)))
Back