Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PREX2_0010500

Sequence Length

2319 nt

GC Content

0.4420

GACAGUGAAAAUUCCAGAUUCAGCUGAUGGACUUGGCUUCCAGAUCCGGGGAUUUGGCCCUUCUGUUGUGCAUGCUGUAGGAAGAGGAACUGUGGCUGCAGCAGCUGGUCUUCACCCUGGACAGUGCAUUAUCAAGGUGAAUGGAAUCAAUGUCAGCAAAGAGACACAUGCCAGUGUCAUUGCACACGUUACAGCCUGCAGGAAGUACAGGCGGCCAACGAAGCAAGAUUCCAUACAAUGGGUUUAUAAUAGCAUUGAGAGUGCUCAAGAAGACCUUCAAAAAUCUCACUCCAAGCCCCCUGGAGAUGAAGCAGGGGAUGCUUUUGACUGUAAAGUAGAAGAGGUUAUUGACAAAUUCAACACUAUGGCCAUCAUUGAUGGGAAGAAGGAGCAUGUGAGUCUGACAGUGGACAAUGUCCACCUGGAAUAUGGUGUCGUGUAUGAGUACGACAGCACAGCUGGCAUCAAGUGCAAUGUGGUGGAAAAGAUGAUUGAGCCCAAAGGUUUCUUCAGCUUAACUGCCAAGAUUCUUGAAGCCCUGGCUAAAAGUGAUGAGCAUUUUGUACAAAACUGUACCAGCCUAAAUUCUCUAAAUGAAGUGAUUCCUACUGACCUUCAGAGUAAAUUCAGUGCCCUUUGCAGUGAAAGAAUUGAACACCUAUGUCAGAGAAUAUCCAGUUAUAAAAAGUUUUCUCGUGUACUGAAGAAUAGGGCCUGGCCUACUUUUAAACAGGCCAAAUCUAAAAUCUCCCCACUGCACAGCAGUGAUUUCUGCCCUACCAACUGCCAUGUCAAUGUGAUGGAAGUUUCUUAUCCCAAAACAUCAACCUCUUUGGGAAGUGCAUUUGGUGUUCAGUUGGAUAGCAGGAAGCAUAAUUCUCAUGAUAAAGAAAACAAAUCUUCGGAGCAAGGGAAACUGAGCCCUAUGGUGUACAUUCAGCACACCAUCACAACCAUGGCGGCCCCUUCAGGUCUGUCUCUGGGACAGCAGGAUGGCCAUGGUCUCAGGUAUCUGCUAAAAGAAGAAGACUUAGAAACCCAAGACAUCUAUCAGAAACUGCUGGGCAAACUUCAGACUGCACUGAAAGAGGUGGAGAUGUGUGUUUGUCAAAUAGAUGACCUUCUGUCUUCAAUAACAUAUUCUCCUAAAUUAGAACGUAAGACAUCAGAGGGCAUAAUACCAACAGACAGUGACAAUGAGAAGGGAGAAAGAAACAGCAAACGGGUAUGUUUUAAUGUAGCAGGAGAUGAACAGGAAGAUUCUGGUCAUGACACCAUCAGCAACAGAGACUCUUACAGUGACUGCAACAGCAAUAGGAAUUCCAUCGCCUCCUUCACCAGCAUCUGCAGCAGCCAGUGCAGCUCGUAUUUCCACAGUGAUGAAAUGGACUCAGGUGAUGAACUUCCCUUAAGUGUUCGCAUAUCUCAUGAUAAACAGGACAAGAUACAUAGUUGCCUUGAGCAUCUUUUCAGCCAGGUGGAUUCAAUUACCAAUCUCCUAAAAGGGCAGGCUGUUGUGAGGGCCUUUGACCAAACCAAGUAUCUCACUCCAGGCCGAGGAUUGCAAGAAUUUCAACAGGAAAUGGAACCAAAGCUGAGUUGUCCAAAAAGGCUACGGCUUCAUAUCAAGCAAGAUCCUUGGAAUCUUCCCAGCAGCGUCCGGACUCUUGCUCAGAACAUCAGGAAAUUUGUUGAAGAGGUAAAGUGUAGGCUACUCCUGGCUCUUCUUGAAUAUUCAGAUAGUGAGACACAGCUCCGUAGAGACAUGGUUUUCUGCCAGACUCUUGUGGCCACUGUCUGUGCCUUCUCUGAGCAGCUCAUGGCGGCCUUGAACCAGAUGUUUGACAACAGCAAGGAAAAUGAGAUGGAAACUUGGGAAGCCAGCAGGAGGUGGCUGGACCAGAUAGCGAAUGCAGGUGUUCUUUUUCACUUUCAGUCACUUCUGUCACCAAACUUGACAGAUGAACAAGCCAUGUUAGAAGAUACACUGGUUGCACUAUUUGAUUUGGAAAAGGUUUCCUUUUACUUUAAACCAUCAGAAGAGGAACCUCUGGUUGCAAAUGUUCCUCUUACAUAUCAAGCAGAAGGAAGUCGGCAAGCUCUGAAAGUUUACUUCUACAUUGAUAGUUAUCAUUUUGAACAACUUCCUCAACGGCUGAAAAAUGGAGGAGGGUUUAAAAUUCAUCCUGUUCUUUUUGCACAAGCACUAGAGAGCAUGGAAGGAUAUUAUUACAGAGACAAUGUUUCUGUGGAAGAAUUUCAAGCUCAGAUAAAUGCAGCCUCACUGGAAAAGGUCAAACAGUACAACCAGAAGCUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-656.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -701.86

Frequency: 0.0000

Diversity: 731.95

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..(((((((...(((((......((((((((((((((((((((((((.(((((((((((.(((((((((((((..(.((((..(((((.((..(((((...))))))))))))..)))).)..))))......(((((....(((((((...(((....((((((((((((....(((.((((...((((...(((((.........)))))....))))..)))))))(((((.(((((((((....((((..(((((..((.((((...((((((.........((.((.((((((((((.........))))))..))))..)).))..........)))))).))))))..)))))..))))))))..))))))))))........)))))))((.(((.((((((((...))))).))).....((.(((((((......))))))).)).(((((((.(((((.......((((((..(((.(((..(((((....)))))..))).)))..)))))).....))))).)))..)))).((((((.....))))))(((((....)))))))).))....)))))...)))..))))))).....))))).........((((((..(((((((..((((.((.(((.....((.(((((((((((...((((.(((...((....))..))))))).....((((((.((((((..........))))))...............((((((...))))))......))))))..((((.((((.........)))).)))).....(((((((...........))))))).((((.((((.(((((....))))).))))..)))).)))))).))))).))....))).))))))..)))))))..))))))....(((((((.(.....).))))))).....(((.(((((((......)).)))))..))).))))))))).))))).)))))).)).)))))......)))).............)))))...))))))))......))))).....)))..))))..((((..(((((((((((((((..(((....(((((......)))))...)))..))))).))))).....(((((.(((((...((((((.((.........(((((.((((((.....((((((((((((((.((.((((((....)))))...(((.((((..(.((...((((.(.(((((....(((.....)))....))))).))))).)).)..)))).)))......((((...((((((((..((((....((((((((((.((....)).))).)))..........))))...))))...))))))))...)))).....((((((((.(((((...(((...((((.(((.........))).))))...)))..(((((((.((((........)))).(((((((.....(((...(((..((((((...((((.......))))..))))))..))).(((((((((((..(((((((.....))))).......((((((((((.........)))).))))))....))..)))..))))))))....(((((((...((((((...(((((((..(((((((.((.....((((.((((((...(((.((((.....))))))))))))).))))..(((((((((.(.((((.......((((...((((.....))))..)))))))).)))))))))).(((.((..((((...)))).)).)))......)).)))))))......)))))))....)).)))).....))))))))))...))))))))))))))..))))))))))))).).))))))))))).))))).)))))))))))..(((((.....((((((....((((((((........))).)))))....)))))).)))))....(((((((((((.(((...........(((((((((...((....))...))))))))).......))).))))))))))).))...))))))...))))))))))...((((....)))).(((((((..(((((((...............))))))))))))))((((.(((((((((((.(((....)))..)))))))).))).)))).....(((((((((...)))))))))(((....)))..((..........)).))))).((((....(..(.....)..)..))))....))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

,.{{(({{,...{{({(.....,((((((((((((({({((((((({.((({{||{{((,((((((((((({({{({((({.,{(({,.||.,{{|||},}))))}}||||||,,|||}.,,,||||,...,,{(({(,,,{(((((({.{,({,,,,,,{{((((({{{{..}}|||.||||...((({...(((((.........))))).,..})))..))},))}|||||.{{,{(((((,...,,(({{(({,,,}||}|,,,..,|||||({{,.,{{{{(,.,,.{(((((((((.........))))))..)))|,,,{{{....))).,,.)))))).)))),...,}},,..||||||||{{|}|||}}||},.,.,,|,||||}}},{,{{,.((((((((...)))))},)).....((.(((((((......))))))).)).((({(((.(((((.......((((((..(((.(((..(((((....)))))..))).)))..)))))).....))))).)))..)))).((((((.....))))))(((((....))))),}}.,.....|}}}}...})}.,})})))),.,}.}))}),,},,....,(((((..(((((((..(({{{((.(((.....((.(((((((((((...((({,(({...,{....}}..))})))).{{{.{,,((({((,,,,.........}))))),..}}}..........((((((...)))))).,{{{{||,,|,{{(((({{(((..,,,,{{,}}||..,,.,},..(((((((...........))))))).,|||}||||}|||,|}}}}))},,}))))),,,,,.)))))).))))).))....))).))))))..)))))))..)))))|{,,,(((((((.{.....}.}}}))}}.....|||,||{|||(,.....)).}||||,.}}),)))))}})),))))).)))}|}.||,}|||}......,.}},...,,,.},..,)))))...}))}))))....,,))))}.....}}},.}})),,|||{..|,,||||}},|{{.{(((((({,,....(((.(((((((((((.....{{.,.((((........)))).))))))}..,})))))))).......|||||,|{{{||..|{{|||||{(({{{(({(((.(,,{{,.,,.})))},..{{{.{({(,.,,((..,((({.,.|||||.,,,|{{..,,.))),,..))}}},}}}}}.}|,|..||||,,,,{{.,,.((,..{{(((((((({{{{{{{{.{{{,{{(({,,.||,.,}))}},|,,|,{|{{{|,,.,,.}),,,}}}},,.|))))}},..,||||{...,(({(((,,.(((({{{{,,|,..,,{|.{{{........||||||}||{{{,{{{.{{{{((({(({(({{,....,,,,,}}|||||....,|||,{(((({,((((((,,{({{(.......}}}}..}}}}}}..,))}||(((((((.((((.((((,.....({.{((({.{{..((((,,,({.........)))).,)),))))}.))..}..}))).)))).))))))){{{{..,{{||{|,..,,{((((((((,,,.,,({.....{{{{,((((({...(((,,{({.,,,.}}))}))))))}}.))},..(((((((((.{.(((({.,,.,,((((,..{{{{,,,,,))}}}.}}}))))).)))))))))).,||},,}))))))}})))).))})))}}}}..}}.}}))))},.....,}},,}}...}))})))),,.,})}))))})||...)))))))))}))))}},,}}.)),,,)))})|}|}))})}}}).}))))})))}}}|||||,,......,)))))))},.}},..}}}),}}.,..,..,,,|{(((((,(,(,(((((((((((({{(({,,|||||,.,,.....,,.....(((((((((.,.((....)).,.))))))))),{.(((((({.(((((,,{{((((......))))...}},.))))).,.)))))),,....,,(((((((..(((((((...............))))))))))))))|{((.(((((((((((.(((....)))..)))))))).))).)))}....,(((((((((...)))))))))},,...,}))}}|,|||}}},..))})))},,.}}},...,))))}},.})}.}}}))))....))})