Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PREX2_0011700

Sequence Length

2118 nt

GC Content

0.4415

GAACUGUGGCUGCAGCAGCUGGUCUUCACCCUGGACAGUGCAUUAUCAAGGUGAAUGGAAUCAAUGUCAGCAAAGAGACACAUGCCAGUGUCAUUGCACACGUUACAGCCUGCAGGAAGUACAGGCGGCCAACGAAGCAAGAUUCCAUACAAUGGGUUUAUAAUAGCAUUGAGAGUGCUCAAGAAGACCUUCAAAAAUCUCACUCCAAGCCCCCUGGAGAUGAAGCAGGGGAUGCUUUUGACUGUAAAGUAGAAGAGGUUAUUGACAAAUUCAACACUAUGGCCAUCAUUGAUGGGAAGAAGGAGCAUGUGAGUCUGACAGUGGACAAUGUCCACCUGGAAUAUGGUGUCGUGUAUGAGUACGACAGCACAGCUGGCAUCAAGUGCAAUGUGGUGGAAAAGAUGAUUGAGCCCAAAGGUUUCUUCAGCUUAACUGCCAAGAUUCUUGAAGCCCUGGCUAAAAGUGAUGAGCAUUUUGUACAAAACUGUACCAGCCUAAAUUCUCUAAAUGAAGUGAUUCCUACUGACCUUCAGAGUAAAUUCAGUGCCCUUUGCAGUGAAAGAAUUGAACACCUAUGUCAGAGAAUAUCCAGUUAUAAAAAGUUUUCUCGUGUACUGAAGAAUAGGGCCUGGCCUACUUUUAAACAGGCCAAAUCUAAAAUCUCCCCACUGCACAGCAGUGAUUUCUGCCCUACCAACUGCCAUGUCAAUGUGAUGGAAGUUUCUUAUCCCAAAACAUCAACCUCUUUGGGAAGUGCAUUUGGUGUUCAGUUGGAUAGCAGGAAGCAUAAUUCUCAUGAUAAAGAAAACAAAUCUUCGGAGCAAGGGAAACUGAGCCCUAUGGUGUACAUUCAGCACACCAUCACAACCAUGGCGGCCCCUUCAGGUCUGUCUCUGGGACAGCAGGAUGGCCAUGGUCUCAGGUAUCUGCUAAAAGAAGAAGACUUAGAAACCCAAGACAUCUAUCAGAAACUGCUGGGCAAACUUCAGACUGCACUGAAAGAGGUGGAGAUGUGUGUUUGUCAAAUAGAUGACCUUCUGUCUUCAAUAACAUAUUCUCCUAAAUUAGAACGUAAGACAUCAGAGGGCAUAAUACCAACAGACAGUGACAAUGAGAAGGGAGAAAGAAACAGCAAACGGGUAUGUUUUAAUGUAGCAGGAGAUGAACAGGAAGAUUCUGGUCAUGACACCAUCAGCAACAGAGACUCUUACAGUGACUGCAACAGCAAUAGGAAUUCCAUCGCCUCCUUCACCAGCAUCUGCAGCAGCCAGUGCAGCUCGUAUUUCCACAGUGAUGAAAUGGACUCAGGUGAUGAACUUCCCUUAAGUGUUCGCAUAUCUCAUGAUAAACAGGACAAGAUACAUAGUUGCCUUGAGCAUCUUUUCAGCCAGGUGGAUUCAAUUACCAAUCUCCUAAAAGGGCAGGCUGUUGUGAGGGCCUUUGACCAAACCAAGUAUCUCACUCCAGGCCGAGGAUUGCAAGAAUUUCAACAGGAAAUGGAACCAAAGCUGAGUUGUCCAAAAAGGCUACGGCUUCAUAUCAAGCAAGAUCCUUGGAAUCUUCCCAGCAGCGUCCGGACUCUUGCUCAGAACAUCAGGAAAUUUGUUGAAGAGGUAAAGUGUAGGCUACUCCUGGCUCUUCUUGAAUAUUCAGAUAGUGAGACACAGCUCCGUAGAGACAUGGUUUUCUGCCAGACUCUUGUGGCCACUGUCUGUGCCUUCUCUGAGCAGCUCAUGGCGGCCUUGAACCAGAUGUUUGACAACAGCAAGGAAAAUGAGAUGGAAACUUGGGAAGCCAGCAGGAGGUGGCUGGACCAGAUAGCGAAUGCAGGUGUUCUUUUUCACUUUCAGUCACUUCUGUCACCAAACUUGACAGAUGAACAAGCCAUGUUAGAAGAUACACUGGUUGCACUAUUUGAUUUGGAAAAGGUUUCCUUUUACUUUAAACCAUCAGAAGAGGAACCUCUGGUUGCAAAUGUUCCUCUUACAUAUCAAGCAGAAGGAAGUCGGCAAGCUCUGAAAGUUUACUUCUACAUUGAUAGUUAUCAUUUUGAACAACUUCCUCAACGGCUGAAAAAUGGAGGAGGGUUUAAAAUUCAUCCUGUUCUUUUUGCACAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-590.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -632.04

Frequency: 0.0000

Diversity: 623.43

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((((((((..((((((..(((((.((.............)).)))))(((((((((((((..((((...(((((......))))).))))..)))))...(((((.........))))).((.......))..)))))))).....((((((.....((((((...)))))).....))))))((((.((((((.....((((((((((.........))))))..))))...(((....)))....)))))).)))).................(((((...)))))...(((((((...((((......((((((((...))))).))).....((.(((((((......))))))).)).(((((((.(((((.......((((((..(((.(((..(((((....)))))..))).)))..)))))).....))))).)))..)))).((((((.....))))))(((((....))))).........(((.......)))(.((((((((((((...)))).......(((((..(((((((..((((.((.(((.....((.(((((((((((...((((.(((...((....))..))))))).....((((((.((((((..........))))))...............((((((...))))))......))))))..((((.((((.........)))).)))).....(((((((...........))))))).((((.((((.(((((....))))).))))..)))).)))))).))))).))....))).))))))..)))))))..)))))((((((((((......................))))))).)))((((((..((((((((.(((..(((((((((((.....((((..(((.((((................)))).)))..))))..))))).....))))))(((((((..((.(((.((((......)))).)).).)).)))))))......(((.(((((((((((.....((...((((........)))).)))))))...)))))))))....)))..)))))).....))..)))))).....((((((((......)).))))))..(((.((((..(.((...((((.(.(((((....(((.....)))....))))).))))).)).)..)))).)))....)))))))).).)))))))))))))))))..)))))))....(((.((..(((((((.....))).))))..)).))).(((.((......)))))....(((((...((((....))))....))))).....))))))).)((((.(((...........(((.(((((........))))))))((((((((((((((..((((((...((((.......))))..))))))..))).(((((((((((..(((((((.....))))).......((((((((((.........)))).))))))....))..)))..))))))))...((((((((...((((((...(((((((..(((((((.((.....((((.((((((...(((.((((.....))))))))))))).))))..(((((((((.(.((((.......((((...((((.....))))..)))))))).)))))))))).(((.((..((((...)))).)).)))......)).)))))))......)))))))....)).)))).....))))))))(((((........)))))....((((((((.((.(((((........))))).)).))...(((((((.......)))))))......((((((((........))).))))).......((((..(((..(((((........)))))...)))))))(((((((((...((....))...)))))))))...(((((((.(((((..((((((......))))...))..))))).).))))))))))))(((((((((..(((((((...............))))))))))))))))....)))))))))))))).))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((,(((((((({(,,(((((({{((((({(,..{{{{{{,...,}}.|}||,((((((((,,(((..((((...(((((......))))).))))..,||||...(((((.........))))).,,.,}}}..}},.)))))))).....((((((.....((((({...}))))).....}))))}((((.((((((.....{(((((((((.........))))))..)))|{,.{((....))).,,.)))))).))))......,...,,{{{|{(((((..,||}||..,({((((({{{{,{({{{{..({((((((...)))))},)).....((.(((((((......))))))).)}.(({{(((.(((((.......((((((..(((.(((..(((((....)))))..))).)))..)))))).....))))).)))..)))).((((((.....))))))(((((....))))).,,.,....,{{{{.....}},|||,|||||.||{,}}.)))}.......(((((..(((((((..(({{{((.(((.....((.(((((((((((...((({,(({...,{....}}..}}})))).{{{.{,,((({((,,,,.........}))))),..}}}..........((((((...)))))).,{{{{||,,|,{{((((({(((...,,{{{{||||..,,..,,..(((((((...........))))))).{{||}||||}||{,|}}}})),,,}))))},,,,,.)))))).))))).))....))).))))))..)))))))..)))))(((((((((({{............,.,..,,.})))))).))){{{,{{.,{,((((({.,,|},||||{{|||||}}}}}||((.,(((.(((,,,......,},..,}})))).))),.}}}}.,||,,}|,...})))))||{,,{|,.{{.|,|}||||}..,}.))))})).|,|,,||||||,......(((.(((((((((((.....,,...((((........)))).))))))}..,)))))))))....,,.}}))))),..}),....||||||,,...(((((({{......)}.))))))..{((.((((..{.((...((({,{.{((((....(({.....)))....))))).))))).)).}..)))).))}{{.,|.{{....))}}.)))))))))))))))..))))})),}}}((({(({{(.(({{{{,...||{,||||..}|{|||.(((,((.,,,..}}|||...{(((((,,.((((....)))}....|}}||,....}}}}}))|}||{{.(({,,{,(((((((,(({({,......}}}}.||{{{({....,||{,{((((,,((((((..,{{{{.......|}}},.}}}}}}..}}}|||(((((((,({{(.((((,.....||.||{{{.{{..(((({,,({.........)))).,))}))}}}.))..},.}})),)))),}}}}|||(({{...{{{{{{...,{{((((((((,{{,{,((.....{{{{,((((((...(((.,{({.,,,.}}))}))))))}).)))}..(((((((((.{.(((({.,,.,,((((,..{{{{,,,,,))}}}.}}}))))).)))))))))).{||,,|}}||||}},}))}.)),)))},.}..}},)))))))},,..,}))}}}}...,}},}})},....}}||}}||||,,{,}}}}|}})))}},.,}|||,|}||}|}}|||||}}},,,.})}}})}}}}))}}}(((((((.......))))))),,,,,,.,,,,|}|,.}.}}}})),.,))))})})),||||{,.|({,{((((|..}}},,,.}}},...}})))}}(((((((((.,.((....)).,.))))))))),{.((((((,.(((((.,{,((((......))))...}),.))))).,.))))))},....{{{{{(({{..{{{{{{{...,,,,,,,....,|||}||||}}}}}}}}..,}}}}})))|{|.,},.})))