Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PREX2_0012300

Sequence Length

2096 nt

GC Content

0.4346

CAAGAUUCCAUACAAUGGGUUUAUAAUAGCAUUGAGAGUGCUCAAGAAGACCUUCAAAAAUCUCACUCCAAGCCCCCUGGAGAUGAAGCAGGGGAUGCUUUUGACUGUAAAGUAGAAGAGGUUAUUGACAAAUUCAACACUAUGGCCAUCAUUGAUGGGAAGAAGGAGCAUGUGAGUCUGACAGUGGACAAUGUCCACCUGGAAUAUGGUGUCGUGUAUGAGUACGACAGCACAGCUGGCAUCAAGUGCAAUGUGGUGGAAAAGAUGAUUGAGCCCAAAGGUUUCUUCAGCUUAACUGCCAAGAUUCUUGAAGCCCUGGCUAAAAGUGAUGAGCAUUUUGUACAAAACUGUACCAGCCUAAAUUCUCUAAAUGAAGUGAUUCCUACUGACCUUCAGAGUAAAUUCAGUGCCCUUUGCAGUGAAAGAAUUGAACACCUAUGUCAGAGAAUAUCCAGUUAUAAAAAGUUUUCUCGUGUACUGAAGAAUAGGGCCUGGCCUACUUUUAAACAGGCCAAAUCUAAAAUCUCCCCACUGCACAGCAGUGAUUUCUGCCCUACCAACUGCCAUGUCAAUGUGAUGGAAGUUUCUUAUCCCAAAACAUCAACCUCUUUGGGAAGUGCAUUUGGUGUUCAGUUGGAUAGCAGGAAGCAUAAUUCUCAUGAUAAAGAAAACAAAUCUUCGGAGCAAGGGAAACUGAGCCCUAUGGUGUACAUUCAGCACACCAUCACAACCAUGGCGGCCCCUUCAGGUCUGUCUCUGGGACAGCAGGAUGGCCAUGGUCUCAGGUAUCUGCUAAAAGAAGAAGACUUAGAAACCCAAGACAUCUAUCAGAAACUGCUGGGCAAACUUCAGACUGCACUGAAAGAGGUGGAGAUGUGUGUUUGUCAAAUAGAUGACCUUCUGUCUUCAAUAACAUAUUCUCCUAAAUUAGAACGUAAGACAUCAGAGGGCAUAAUACCAACAGACAGUGACAAUGAGAAGGGAGAAAGAAACAGCAAACGGGUAUGUUUUAAUGUAGCAGGAGAUGAACAGGAAGAUUCUGGUCAUGACACCAUCAGCAACAGAGACUCUUACAGUGACUGCAACAGCAAUAGGAAUUCCAUCGCCUCCUUCACCAGCAUCUGCAGCAGCCAGUGCAGCUCGUAUUUCCACAGUGAUGAAAUGGACUCAGGUGAUGAACUUCCCUUAAGUGUUCGCAUAUCUCAUGAUAAACAGGACAAGAUACAUAGUUGCCUUGAGCAUCUUUUCAGCCAGGUGGAUUCAAUUACCAAUCUCCUAAAAGGGCAGGCUGUUGUGAGGGCCUUUGACCAAACCAAGUAUCUCACUCCAGGCCGAGGAUUGCAAGAAUUUCAACAGGAAAUGGAACCAAAGCUGAGUUGUCCAAAAAGGCUACGGCUUCAUAUCAAGCAAGAUCCUUGGAAUCUUCCCAGCAGCGUCCGGACUCUUGCUCAGAACAUCAGGAAAUUUGUUGAAGAGGUAAAGUGUAGGCUACUCCUGGCUCUUCUUGAAUAUUCAGAUAGUGAGACACAGCUCCGUAGAGACAUGGUUUUCUGCCAGACUCUUGUGGCCACUGUCUGUGCCUUCUCUGAGCAGCUCAUGGCGGCCUUGAACCAGAUGUUUGACAACAGCAAGGAAAAUGAGAUGGAAACUUGGGAAGCCAGCAGGAGGUGGCUGGACCAGAUAGCGAAUGCAGGUGUUCUUUUUCACUUUCAGUCACUUCUGUCACCAAACUUGACAGAUGAACAAGCCAUGUUAGAAGAUACACUGGUUGCACUAUUUGAUUUGGAAAAGGUUUCCUUUUACUUUAAACCAUCAGAAGAGGAACCUCUGGUUGCAAAUGUUCCUCUUACAUAUCAAGCAGAAGGAAGUCGGCAAGCUCUGAAAGUUUACUUCUACAUUGAUAGUUAUCAUUUUGAACAACUUCCUCAACGGCUGAAAAAUGGAGGAGGGUUUAAAAUUCAUCCUGUUCUUUUUGCACAAGCACUAGAGAGCAUGGAAGGAUAUUAUUACAGAGACAAUGUUUCUGUGGAAGAAUUUCAAGCUCAGAUAAAUGCAGCCUCACUGGAAAAGGUCAAACAGUACAACCAGAAGCUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-579.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -621.06

Frequency: 0.0000

Diversity: 620.15

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..((((.((((...)))))))).....(((((((((((((...(((((.((((......((((((.(((((((((((((.........))))))..))))....((((....(((.((((((.(((((.........((((.((((((((((((.((((((..(.((((.(((((((((....((((((...))))))(((....((((((((((((.((.......))))))(((((((.(((((.......((((((..(((.(((..(((((....)))))..))).)))..)))))).....))))).)))..)))).((((((.....))))))(((((....)))))........(((((((.......(((.(((((.((((...))))))....((((.(((.....))).))))......)))))).......))))))).(((.((((((((((.....(((((...(((.....((((((.((((((..........))))))...............((((((...))))))......))))))....((((((((....((((((((..........(((((((...........))))))).(((((((.((.((((((((.....((..((((.....((((........)))).......))))...))......))))))))))...)))))))..........))))))))..)))))))).((((((..((((((((.(((..(((((((((((.....((((..(((.((((................)))).)))..))))..))))).....))))))(((((((..((.(((.((((......)))).)).).)).)))))))......(((.(((((((((((.....((...((((........)))).)))))))...)))))))))....)))..)))))).....))..)))))).........)))...)))))....))))..)))))).))).((((.(((((...))))).))))))))))))......))))))))).....((..(((((...((...((((...........))))......))...)))))..))....))))))).).))))))))))))))....((((((((((....((((.........(((((...((((....))))....)))))........))))))).))))..))).....))))))))...))))).)))..))).))).....))))((((((((..((........))....(((((((((...((.((((((((((((.((((.((((......((.(((((.((..((((..............))))..)).))))).)).....)))).)))).)))))))(((..(((...........((((((((.....(((.....((((.((((((...(((.((((.....))))))))))))).))))..(((((((((.(.((((.......((((...((((.....))))..)))))))).))))))))))..)))..)))))))))))..))).))))).))...)))))))))))))))))..)))...))))))......((((..(((((.(....).)))))...))))...((....)))))).)))))...))))))))))....(((((((.......)))))))..((((.....))))..........(((((((.(((.((((((((((((((((...)))))).))............(((((((((...((....))...)))))))))((.(((((((.(((((..((((((......))))...))..))))).).))))))))......(((((((..(((((((...............))))))))))))))((((.(((((((((((.(((....)))..)))))))).))).)))).....(((((((((...)))))))))(((....)))..(((((......)).)))...........)))))))).))).)))))))..)))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

...{{.{((({...}))))|}}.....{((((((((((((...(((((.((((,({,.,(((((,.{{{,{((((((((.........))))))..)))|{,.{((....))),|,,}}|||},||||....{{{{.{(((.{(((((((((((.(((((({,(,((((.,{,{(((((,.{{((((((...))))))|}|.....((,(((((((......})))))).)},(({{(((.(((((.......((((((..(((.(((..(((((....)))))..))).)))..)))))).....))))).))),,)))).((((((.....))))))(((((....)))))..,,,....,{({{,....|||{,{,{{{{{,{({{...))))}}.....(((((..(((((((..(({{{((.(((.....((.(((((((((((...((({,(({...,{....}}..}}})))).{{{.{,,((({((,,,,.........}))))),..,},..........((((((...)))))).,{{{{||,,|,{{((((({(((,..,,{{{{||||..,,..,,..(((((((...........))))))).{{|||||||}||{,|}}}})),,,}))))},,,,,.}))))).))))).))....))).))))))..)))))))..))))){{{{{((((({{.,.....,.,,.},,,.,,.,}))))),))}((((((..({((((({.{{|,.((((((|{(({..,,,((((..(((.((({,........,....,,)))).)))..)))).,}},}),....))))))(((({((..((.{((.((((......}))}.}}.|,|}.}}|}|}}......(((.(((((((((((.....,{...((((........)))).))))))}..,}))))))))....}},.,)))))}.,}}..,..}}}))},,...(((((({{......}}.))))))..{{|.{{{{,,|,((...((({.{.||||{..,,|||,,,,,)}}....))))),)))}}.}}.}..}|||.}}}||..,,||,..,}},}.}}})))))),,..|||,||{||.,.,,,,})))})))}.}.))))))))))))))..,,||.||,{||||,},},,,,,,,....{(((((,,.((((,...}}}}..,.||}||,........|}}}}}}||||,,|||.|{{,||||{|||||||,,,,.})).}}|||||....,|||,|(((({{(({{((,.,{,,{.,,....||||,,|||,,,,,.|||||(((((((.((((.((((......((.(((((.{{..((((,,,({.........)))).,)),))))).))..,..}))).)))).))))))){{{,..,{{{{,|,...,{((((((((,,,.,,({.....{{{{,((((({,..(({,,{{{.,,,.}}))}))))))}},}}},..(((((((((.{.(((({.,,.{,((((,..{{{{,,,,,))}}}.}}}))))).}))))))))).,||},,})))))))}}))},))})))}},)}.,,})))))))},,,,}})),.)),...))))))}....,||||,.{|(((.(....).))))),,.}}))...||,,,})))))).)))))...)))))))))),.,.(((((((.......))))))).}{{{,.....}||}..........(((((((.(((.(((((((({{{({(((,..}}}}}|.},...........,(((((((((.,.((....)).,.))))))))),{.(((((({.(((((,,{{((((......))))...}}..))))).,.))))))},....,,(((((((..(((((((...............))))))))))))))|{((.(((((((((((.(((....)))..)))))))).))).)))}.....(((((((((...)))))))))|,,...,}}}..{{{{{......)),))),....,}}...)))))))).))).)))))))..)))...