Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PRKCI_0000700

Sequence Length

781 nt

GC Content

0.4366

GGAUAUCAUGAUAACACAUUUUGAACCUUCCAUCUCCUUUGAGGGCCUUUGCAAUGAGGUUCGAGACAUGUGUUCUUUUGACAACGAACAGCUCUUCACCAUGAAAUGGAUAGAUGAGGAAGGAGACCCGUGUACAGUAUCAUCUCAGUUGGAGUUAGAAGAAGCCUUUAGACUUUAUGAGCUAAACAAGGAUUCUGAACUCUUGAUUCAUGUGUUCCCUUGUGUACCAGAACGUCCUGGGAUGCCUUGUCCAGGAGAAGAUAAAUCCAUCUACCGUAGAGGUGCACGCCGCUGGAGAAAGCUUUAUUGUGCCAAUGGCCACACUUUCCAAGCCAAGCGUUUCAACAGGCGUGCUCACUGUGCCAUCUGCACAGACCGAAUAUGGGGACUUGGACGCCAAGGAUAUAAGUGCAUCAACUGCAAACUCUUGGUUCAUAAGAAGUGCCAUAAACUCGUCACAAUUGAAUGUGGGCGGCAUUCUUUGCCACAGGAACCAGUGAUGCCCAUGGAUCAGUCAUCCAUGCAUUCUGACCAUGCACAGACAGUAAUUCCAUAUAAUCCUUCAAGUCAUGAGAGUUUGGAUCAAGUUGGUGAAGAAAAAGAGGCAAUGAACACCAGGGAAAGUGGCAAAGCUUCAUCCAGUCUAGGUCUUCAGGAUUUUGAUUUGCUCCGGGUAAUAGGAAGAGGAAGUUAUGCCAAAGUACUGUUGGUUCGAUUAAAAAAAACAGAUCGUAUUUAUGCAAUGAAAGUUGUGAAAAAAGAGCUUGUUAAUGAUGAUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-196.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -215.82

Frequency: 0.0000

Diversity: 294.33

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((...(((((.(((((((((((((((((((.((......)).))..........)))))))))))..))))))...((((((.((.....((((((..(((...........)))..))).)))...))))).))).......(((...((((((...((((.(((((((.(((...))))))...)))).)))).))))))))).)))))...)))(((((..........(((((.((.((((..((((.(((.........))).....(((((..((((((((((....((((..((((...((((((...)).))))...........)))).))))....)))))))...((((((.....)))))))))...)))))))))..)).)))).))))).......(((((...((((.(((((..(((((((....(((.(((((..(((((((......)))))(.((((.....)))).)..((((((..(((((..((((((.....)))))))))))(((........)))((((((....((((...((((((((((((.((......(((((.((((((..........(((((..((..(((........))).))..)))))..)))).)).)))))......)).))))))).(((........))).)))))...))))......)))))))))))).................))..)))))))).......)))))))..))))).))))...))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.,.,{((((,({{(((((((((((((((({(.((.,....))))|,....,....))))))))))}.,)))))|,{{(({{{,,{,{{{,{{(((((,((((...,}||.,..|||||},,|({{..,,,{{,..,,..,|,}|||,.,|{(((({,||({|..{{(({,|.((||,|}))}},...,,}}.}}}},||)))}|||}}}}}},|{|||(({((({.((((...,{{||||{.{{((,,((((,(({...,,....}}},}}}.(((((..((((((((((..{{{{((,,((({...((((((...))},))}......,,,,.}))).))))..,.)))))))...((((((.....)))))))))...)))))))}),})),},)),})}}}....,{|(({{...||||..{||||},|{{{{|{,..,{{(({,,{{,{{,((({,.,,,,,||||||,{(({.,,,.})}}.,.|{,,.{{{,{{(({.,((((((.....)))))))}}}}))).}}.,},,}}}|,,||,..,}}|}|,..,,,,||||,,,.,}}))}))})}||}.,|}},))))}}....,}}}}},.,,,||||,||},,...(((((.((((((.{{,{(((.{(((({...}))))}.)))),,.(((........))).)}.)))))).)))))...,,)))}},))}||,||......,,{,|,||,..|||.|||{{{....}))))}}},.,}))},))))}.,),))))))}.