Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PRKCI_0000900
Sequence Length
1602 nt
GC Content
0.4238
GGAUAUCAUGAUAACACAUUUUGAACCUUCCAUCUCCUUUGAGGGCCUUUGCAAUGAGGUUCGAGACAUGUGUUCUUUUGACAACGAACAGCUCUUCACCAUGAAAUGGAUAGAUGAGGAAGGAGACCCGUGUACAGUAUCAUCUCAGUUGGAGUUAGAAGAAGCCUUUAGACUUUAUGAGCUAAACAAGGAUUCUGAACUCUUGAUUCAUGUGUUCCCUUGUGUACCAGAACGUCCUGGGAUGCCUUGUCCAGGAGAAGAUAAAUCCAUCUACCGUAGAGGUGCACGCCGCUGGAGAAAGCUUUAUUGUGCCAAUGGCCACACUUUCCAAGCCAAGCGUUUCAACAGGCGUGCUCACUGUGCCAUCUGCACAGACCGAAUAUGGGGACUUGGACGCCAAGGAUAUAAGUGCAUCAACUGCAAACUCUUGGUUCAUAAGAAGUGCCAUAAACUCGUCACAAUUGAAUGUGGGCGGCAUUCUUUGCCACAGGAACCAGUGAUGCCCAUGGAUCAGUCAUCCAUGCAUUCUGACCAUGCACAGACAGUAAUUCCAUAUAAUCCUUCAAGUCAUGAGAGUUUGGAUCAAGUUGGUGAAGAAAAAGAGGCAAUGAACACCAGGGAAAGUGGCAAAGCUUCAUCCAGUCUAGGUCUUCAGGAUUUUGAUUUGCUCCGGGUAAUAGGAAGAGGAAGUUAUGCCAAAGUACUGUUGGUUCGAUUAAAAAAAACAGAUCGUAUUUAUGCAAUGAAAGUUGUGAAAAAAGAGCUUGUUAAUGAUGAUGAGGAUAUUGAUUGGGUACAGACAGAGAAGCAUGUGUUUGAGCAGGCAUCCAAUCAUCCUUUCCUUGUUGGGCUGCAUUCUUGCUUUCAGACAGAAAGCAGAUUGUUCUUUGUUAUAGAGUAUGUAAAUGGAGGAGACCUAAUGUUUCAUAUGCAGCGACAAAGAAAACUUCCUGAAGAACAUGCCAGAUUUUACUCUGCAGAAAUCAGUCUAGCAUUAAAUUAUCUUCAUGAGCGAGGGAUAAUUUAUAGAGAUUUGAAACUGGACAAUGUAUUACUGGACUCUGAAGGCCACAUUAAACUCACUGACUACGGCAUGUGUAAGGAAGGAUUACGGCCAGGAGAUACAACCAGCACUUUCUGUGGUACUCCUAAUUACAUUGCUCCUGAAAUUUUAAGAGGAGAAGAUUAUGGUUUCAGUGUUGACUGGUGGGCUCUUGGAGUGCUCAUGUUUGAGAUGAUGGCAGGAAGGUCUCCAUUUGAUAUUGUUGGGAGCUCCGAUAACCCUGACCAGAACACAGAGGAUUAUCUCUUCCAAGUUAUUUUGGAAAAACAAAUUCGCAUACCACGUUCUCUGUCUGUAAAAGCUGCAAGUGUUCUGAAGAGUUUUCUUAAUAAGGACCCUAAGGAACGAUUGGGUUGUCAUCCUCAAACAGGAUUUGCUGAUAUUCAGGGACACCCGUUCUUCCGAAAUGUUGAUUGGGAUAUGAUGGAGCAAAAACAGGUGGUACCUCCCUUUAAACCAAAUAUUUCUGGGGAAUUUGGUUUGGACAACUUUGAUUCUCAGUUUACUAAUGAACCUGUCCAGCUCACUCCAGAUGACGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-427.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -462.70
Frequency: 0.0000
Diversity: 537.31
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((....(((((((((((((((((((.((......)).))..........)))))))))))..))))))..((((....))))....((((((((((...)))).....)))))).((((((((.(((....(((((((((((...(((((.((((....)))).)))))(((((((...((((((.....((((.(.((...)).).))))))))))...((((......))))(((((.(((((((((((.((((((((((....(((.....)))(((((((....((((..((((...((((((...)).))))...........)))).))))....)))))))...((((((.....))))))........((((((((((((((((((((.....(((......)))......)))))))......((((((((((...(((.(((((......)))))(.((((.....)))).).((((..(.((.((..(((((.((((.............)))))))))..))..)).)..)))).....((((...((.((....)).)).)))).....(((((...................))))))))...)))))...))))).....)))))))))))))))))))..)))).)))).((((........((((((((..(((((.......))))).(((((..........))))).......(((((....)))))........((((...((((((.((.(((((...(((((((((.((((((.(......).)))))).......)))))))))))))))).))))))))))(((.(((.((((((.....))))))))).)))((((((((.....(((((.(((((.(((...)))..)))))))))).....)))))))).))))))))........)))).((((((........))))))(((((.....((((((((((((......)).))))))))))...)))))......))))))).))))).....(((((((.((((.(((((....((((((..((.(((.((((((...((((.(((.((.(((((.............))))))).))).))))..)))))))))((((...........))))..........)).)))))).....))))))))).)))))))))))))).)))))))))))))).)..)))))))...))))))).(((((((....((((((((((.........))).)).)))))..(((((((....))))))).............((((((((((((((((((((.....))))...(((((..((.(((((.......))))).))..)))))((.(((((.((((((((.....)))))...((((...)))).)))))))).))((((((........))))))...)))))))....)))..)))))).)))))...............(((((((....(((.(((((((....(((...)))(((((....))))).))))))).))))))))))....))
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(((((((.,,.{(((((((((((((((({(.((.,....))))|.....,....))))))))))}.,)))))).,,,{|....|},....,(({(({((((...})))...,,})))}}.((((((((.(((....(((((((((({..{(((((.((((....)))).)))))|{(((((,..((((((.....((((.{.,{...}}.}.))))))))))...((((......}))}(((((.((((((((,,..,{{{.,,{{,.|||,(({{{..|||(((((((..{{{{(({,((({...(({(((...))},)}},,,..,.,,,.}))).})))..,.)))))))...((((((.....))))))}}}...}}}})|||{{{|{,,,}}||||.,....,,{(({{,.,|{||,.{{||||}|{{{{{{,..,(((({{,,,.,{{((({{......}))}}|,|{{{.,,,.}))}.,.|{,,.{{|,{{(({.{((((((.....}))))})}}}|}}|.}}.,}..}}||{{||,.,,|||||,.,{{{{{{|{{{{,,|,|||||||||{{.,,{{{{{{,,,.....,,{{{..,,..|||}},.,...}||||}..}||||,,|,|||||,|}|||||||||,}}||||||,|{({........}}}.,|||}|||},}|{{{{..,,|}|})})),{{{{{..........)))))..}||,||||,{....|))))},}..,},}}|}}}},,,|||}||.(((((...(((((((((.((((((.(......).)))))).,.....}})))))))))))}})}}}||||||||(((.(({{((((((.....))))))))}.}}|((((((((.....(((((.(((({.(((...)))..}))))))))).,...)))))))),.,,,}}}},,,},.,.{({{(({,,,,..}}}|||||,.,||||||,}}..((((((((((((......))))))))))))).,}))}}}}},..)))))))).))))}...,,{(((({(,((((.({{{{..,.((((((,.{{,{({.((((((...{(((.{((.({{(((((.,.,.....,...}}})))).))).))))..)))))}}}|((((...........))))}.......,})}.)))))).....))))))))).))))))))))))},.}))))))))))))).)..)))))))...}}}}})),(((,,.((((((((({(((....(((((((({((({.,..,)}}|((((((....))))))}..........,.......,|,,,,,}}}.{{{{.....}))}.}))))))).{{,{,,,||||....,}}}|.,}..||||,{{.{||||||||{((((.....))))}...{{({...}))),))}}||}|.|}}|||...,,|,,...,))),}}}..})))))....,,,{||||.,,}}}},,.....,,.......(((((((....{((,(((((((....{{,...,}}{{{{,....})))}.))))))),))))))))))...}))
Back