Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PRKCI_0001100
Sequence Length
1006 nt
GC Content
0.4324
GAGGAUCACCUGAGGUCGGGCCAACAUGGAGAAACCCUGUCUCUACUAAAAGUACAAAAUUAGCUGGGCGUGGUAGUGCAUGCCUGUAAUCCCAGCUACUUGGGAGGCUAAGGUAGGAGAAUUGCUUGAACCCGAGAGAUGGAGGUUGCGGUGAGCCGAGAUCGUGCCAUUGCACUCUAGCCUGGGCAACAAUAGCAAAACUCCGUCUCAAAAAAAUUUUUUUUGUAGAGACAGGGUCUUGUUACAUUGUUGCCCAGGCUGGUCUUGAACUCCUGGCCUUAGCCAGGAGUUGAAUUCAACCAACUCUUUGGCUGAAUGUGUAGCCAAUGCUACUUCACCUAUUUAGAUAGCUGUAUUAUGGCUCCAAAGCUGAAAACUGAAAAAUUAAUAUUAACAGCCAGGCAUAGGGCUCAUGCCUGUAAUUCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGCAAGAGGAUUGCUUAGCCCAGGAGGUUGAGGCUGCAGUGAGCCAAGAUUGCACCACUGCACUCUAGCCUGGACCACAGAGUGAGACCCCAUCUCAAAAGAAAAAAGAAAAAGAAAAGACAAGAAAAGAAAAAAUUAACAGCACUUAGAAAAGGAAAGCUAAGUACCUCCAAGCAUAUCUAGUUUUGUAACUUAUAUAGUUUUCCUUUAUAAUGUUAAAACAUUAUAAUGUUAUAAUGUAAAGAACUUAUACAUUAUGAAUUAUUAUACAUUAUUACAUUAUUUAUAAUGUAAUGUAAAGAACUUCCUUUAACAUUUCUUUUGUUUUUGUUUUGUUUUGUUUUGAGAUGGAUCCUUGCUCUGUCGCCCAGGCUGGGGUGCAGUGGUGUGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCGACCUCCUGGGUUCAAGCGAUUGUCCUGCCUCAACCUCCCGAGUAGCUGGGAUUACAGACACCUGCCACCAUGCCCGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUGGGGUUUUGCAGUGUUGGCCAGGCUGGUCUCGAACUCCAGACGUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-494.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -512.14
Frequency: 0.0000
Diversity: 176.14
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.......)((((.(((.(((((((((...((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(.(((((.((((((((((((((((((((((((...((((((((.(((((((((((((((((((.(((.(((.((((((.((((....)).)))))))))))((((((((((((((((((((((.((((.(((((...((((....))))...))))).)))).))))))..))))))))))))))))..((.((((((((((....)))))))))).)).....))).))))).((.((((...(((((....))))))))))).........((((((...)))))).....((((......................))))(((((((.......)))))))...((((((....))))))(((((((.(((.....)))))))))).((((((((((((.(((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((.(.((((((((((...(((((((((((.((((((.(((((.((((((...............((((((....(((..((((((((((((.(((...(.((((.......)))).).....))).)))))))))))).))))))))).....(((((((((((((((((.........))))))))))..)))))))...((((((((((....))))))))))(((((......))))).....)))))).))))).))...)))).)))))))))))...)))))))))).).))))))))))))))))))))))))))).))))))))))).)))))))))))))))))))))))))).))))))))...)))))))))))))))))))))))).))..))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))...)))))))))....(((.........)))))).))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(,,.....}({{{,(((.(((((((((...((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(.(((((.((((((((((((((((((((((((.,.((((((((.(((((((((((((({((((.(((.((,{((((((.((((....)).))))))))))}((((((((((((((((((((((.((((.(((((..,((({....))))...))))).)))).)))))}.,))))))))))))))))..{(.((((((((((....)))))))))).)}..,..))).)))))|(({((||,..({(((,...}}}}},,||.|,,,..,,.,||{{|{...,}}})|,,,.,||||.....{{..........,,,..)))}(((((((.,....,)))))))...{{(({|....}))))}(((((({{(((.....)))))))))),((((((((((((.(((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((.(.((((((((((...(((((((((((.(((({{.(((({.{(((((,{,...,,,,,.....,,,,,....{{{..((((((((((((.(((....,((((.......)))),)...,,))}.)))))))))))),||||||},..|||||{(((({({((((((((.,....,|.|}}}})))))..,,},,}},,,|||{{{|{{{...,))))))}||{(((((......))))}.}})})))))),))))).)))}.}))).)))))))))))...)))))))))).).))))))))))))))))))))))))))).))))))))))).)))))))))))))))))))))))))).)))))))).,.)))))))))))))))))))))))).))..))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).,.))))))))).}}}|||,......},)|,}}}.})})
Back